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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qrl | ||||||
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タイトル | mt-SSU assembly intermediate in GTPBP8 knock-out cells, state 2 | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Mitochondria / Assembly / GTPBP8 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 rRNA (cytosine-N4-)-methyltransferase activity / mitochondrial ribosome binding / mitochondrial ribosome assembly / positive regulation of mitochondrial translation / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / rRNA base methylation / negative regulation of mitotic nuclear division / mitochondrial small ribosomal subunit ...rRNA (cytosine-N4-)-methyltransferase activity / mitochondrial ribosome binding / mitochondrial ribosome assembly / positive regulation of mitochondrial translation / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / rRNA base methylation / negative regulation of mitotic nuclear division / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / positive regulation of proteolysis / ribosomal small subunit binding / Mitochondrial protein degradation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / apoptotic signaling pathway / small ribosomal subunit rRNA binding / cell junction / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / nuclear membrane / cell population proliferation / tRNA binding / mitochondrial inner membrane / rRNA binding / ribosome / mitochondrial matrix / structural constituent of ribosome / translation / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / GTP binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å | ||||||
データ登録者 | Valentin Gese, G. / Cipullo, M. / Rorbach, J. / Hallberg, B.M. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: GTPBP8 plays a role in mitoribosome formation in human mitochondria. 著者: Miriam Cipullo / Genís Valentín Gesé / Shreekara Gopalakrishna / Annika Krueger / Vivian Lobo / Maria A Pirozhkova / James Marks / Petra Páleníková / Dmitrii Shiriaev / Yong Liu / ...著者: Miriam Cipullo / Genís Valentín Gesé / Shreekara Gopalakrishna / Annika Krueger / Vivian Lobo / Maria A Pirozhkova / James Marks / Petra Páleníková / Dmitrii Shiriaev / Yong Liu / Jelena Misic / Yu Cai / Minh Duc Nguyen / Abubakar Abdelbagi / Xinping Li / Michal Minczuk / Markus Hafner / Daniel Benhalevy / Aishe A Sarshad / Ilian Atanassov / B Martin Hällberg / Joanna Rorbach / 要旨: Mitochondrial gene expression relies on mitoribosomes to translate mitochondrial mRNAs. The biogenesis of mitoribosomes is an intricate process involving multiple assembly factors. Among these ...Mitochondrial gene expression relies on mitoribosomes to translate mitochondrial mRNAs. The biogenesis of mitoribosomes is an intricate process involving multiple assembly factors. Among these factors, GTP-binding proteins (GTPBPs) play important roles. In bacterial systems, numerous GTPBPs are required for ribosome subunit maturation, with EngB being a GTPBP involved in the ribosomal large subunit assembly. In this study, we focus on exploring the function of GTPBP8, the human homolog of EngB. We find that ablation of GTPBP8 leads to the inhibition of mitochondrial translation, resulting in significant impairment of oxidative phosphorylation. Structural analysis of mitoribosomes from GTPBP8 knock-out cells shows the accumulation of mitoribosomal large subunit assembly intermediates that are incapable of forming functional monosomes. Furthermore, fPAR-CLIP analysis reveals that GTPBP8 is an RNA-binding protein that interacts specifically with the mitochondrial ribosome large subunit 16 S rRNA. Our study highlights the role of GTPBP8 as a component of the mitochondrial gene expression machinery involved in mitochondrial large subunit maturation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qrl.cif.gz | 1.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qrl.ent.gz | 1.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qrl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8qrl_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8qrl_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8qrl_validation.xml.gz | 173 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8qrl_validation.cif.gz | 285.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/8qrl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/8qrl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 18439MC 8qrkC 8qrmC 8qrnC 8qu1C 8qu5C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 1種, 1分子 A
#1: RNA鎖 | 分子量: 306547.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 参照: GenBank: OM714795.1 |
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+28S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ01
-タンパク質 , 3種, 3分子 348
#29: タンパク質 | 分子量: 22395.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 参照: UniProt: Q9NWT8 |
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#30: タンパク質 | 分子量: 78648.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 参照: UniProt: Q96EY7 |
#31: タンパク質 | 分子量: 46184.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL15, METT5D1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: A6NJ78, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの |
-非ポリマー , 9種, 2239分子
#32: 化合物 | ChemComp-NAD / | ||||||||||||||
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#33: 化合物 | ChemComp-MG / #34: 化合物 | ChemComp-K / #35: 化合物 | ChemComp-ZN / | #36: 化合物 | #37: 化合物 | ChemComp-ATP / | #38: 化合物 | ChemComp-GDP / | #39: 化合物 | ChemComp-SAH / | #40: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: mtSSU assembly intermediate (State 2) / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1-#31 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
EM embedding | Material: Ice |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 48 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 435172 |
3次元再構成 | 解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 32577 / 対称性のタイプ: POINT |