PDB-8qqh: Structure of beta-galactosidase from Desulfurococcus amyloliticus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qqh

タイトル

Structure of beta-galactosidase from Desulfurococcus amyloliticus

要素

Beta-galactosidase

キーワード

HYDROLASE / beta-galactosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

vacuole / beta-galactosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Desulfurococcus amylolyticus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Samygina, V.R. / Kil, Y. / Sergeev, R.S. / Rychkov, G.N.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: The archaeal highly thermostable GH35 family beta-galactosidase Da beta Gal has a unique seven domain protein fold.
著者: Kil, Y. / Pichkur, E.B. / Sergeev, V.R. / Zabrodskaya, Y. / Myasnikov, A. / Konevega, A.L. / Shtam, T. / Samygina, V.R. / Rychkov, G.N.

履歴

登録	2023年10月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qqh.cif.gz	420.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qqh.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qqh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qqh_validation.pdf.gz	446.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qqh_full_validation.pdf.gz	469.1 KB	表示
XML形式データ	8qqh_validation.xml.gz	69.7 KB	表示
CIF形式データ	8qqh_validation.cif.gz	96.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/8qqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/8qqh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Beta-galactosidase

BBB: Beta-galactosidase

226 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.227, 140.763, 207.773
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Beta-galactosidase 分子量: 113245.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfurococcus amylolyticus (古細菌) 遺伝子: DKAM_0402 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8D3P7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG3350, 0.1M NaCitrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 128459 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 12.5 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 2.15→2.19 Å / Num. unique obs: 5710 / CC_1/2: 0.75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 4.842 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.169 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2114	6351	4.963 %
R_work	0.1654	121616	-
all	0.168	-	-
obs	-	127967	98.397 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.007 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.008 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.14 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.148 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15709	0	0	451	16160

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	16120
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	14968
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.643	1.643	21918
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.255	1.57	34604
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.196	5	1937
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.234	21.277	885
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.422	15	2706
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.712	15	125
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	2011
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	17961
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3602
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	2585
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	14231
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	7522
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	7994
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	626
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.053	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.17	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.223	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.507	4.178	7757
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.506	4.178	7756
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.864	6.258	9691
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.864	6.259	9692
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.436	4.672	8363
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.436	4.673	8364
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.618	6.794	12227
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.618	6.795	12228
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.352	46.147	17254
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.356	46.116	17201

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.15-2.205	0.308	405	0.264	8027	0.266	9336	0.822	0.837	90.3171	0.243
2.205-2.264	0.296	444	0.248	8097	0.25	9063	0.845	0.866	94.2403	0.222
2.264-2.328	0.254	407	0.211	8276	0.213	8869	0.896	0.91	97.9028	0.185
2.328-2.398	0.245	459	0.191	8143	0.194	8602	0.921	0.932	100	0.166
2.398-2.474	0.236	406	0.184	7962	0.187	8368	0.924	0.938	100	0.158
2.474-2.558	0.227	401	0.175	7673	0.178	8074	0.934	0.947	100	0.152
2.558-2.652	0.234	382	0.179	7421	0.181	7803	0.928	0.947	100	0.156
2.652-2.757	0.236	365	0.177	7222	0.18	7588	0.934	0.948	99.9868	0.156
2.757-2.875	0.261	370	0.186	6883	0.189	7253	0.921	0.939	100	0.165
2.875-3.01	0.238	338	0.181	6633	0.184	6971	0.936	0.946	100	0.163
3.01-3.166	0.245	341	0.179	6280	0.182	6621	0.922	0.946	100	0.166
3.166-3.348	0.223	306	0.185	6011	0.187	6317	0.943	0.953	100	0.175
3.348-3.567	0.217	291	0.188	5683	0.19	5975	0.947	0.957	99.9833	0.181
3.567-3.835	0.217	283	0.172	5307	0.174	5590	0.947	0.961	100	0.166
3.835-4.173	0.2	245	0.148	4941	0.15	5187	0.959	0.97	99.9807	0.146
4.173-4.621	0.169	238	0.12	4495	0.123	4733	0.971	0.978	100	0.121
4.621-5.254	0.131	216	0.106	4069	0.107	4285	0.981	0.985	100	0.107
5.254-6.246	0.183	184	0.142	3528	0.144	3712	0.966	0.973	100	0.141
6.246-8.154	0.216	145	0.157	2905	0.16	3050	0.953	0.965	100	0.158
8.154-15	0.157	122	0.135	2030	0.136	2152	0.978	0.981	100	0.144

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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