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- PDB-8qqf: TBC1D23 PH domain complexed with STX16 TLY motif -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qqf
タイトルTBC1D23 PH domain complexed with STX16 TLY motif
要素
  • Syntaxin-16
  • TBC1 domain family member 23
キーワードENDOCYTOSIS / Tether / vesicle-coat / endosome to golgi transport / snare
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle tethering to Golgi / Golgi cisterna / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Intra-Golgi traffic / vesicle fusion / vesicle docking / SNARE complex / SNAP receptor activity / embryonic brain development / endocytic recycling ...vesicle tethering to Golgi / Golgi cisterna / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Intra-Golgi traffic / vesicle fusion / vesicle docking / SNARE complex / SNAP receptor activity / embryonic brain development / endocytic recycling / retrograde transport, endosome to Golgi / syntaxin binding / endomembrane system / vesicle-mediated transport / SNARE binding / trans-Golgi network membrane / intracellular protein transport / trans-Golgi network / brain development / synaptic vesicle membrane / neuron projection development / cytoplasmic vesicle / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TBC1 domain family member 23 / TBC1 domain family member 23, C-terminal domain / TBC1 domain family member 23 C-terminal / Domain in Tre-2, BUB2p, and Cdc16p. Probable Rab-GAPs. / Rab-GTPase-TBC domain / Rab-GTPase-TBC domain superfamily / Rab-GTPase-TBC domain / TBC/rab GAP domain profile. / Syntaxin / Syntaxin, N-terminal domain ...TBC1 domain family member 23 / TBC1 domain family member 23, C-terminal domain / TBC1 domain family member 23 C-terminal / Domain in Tre-2, BUB2p, and Cdc16p. Probable Rab-GAPs. / Rab-GTPase-TBC domain / Rab-GTPase-TBC domain superfamily / Rab-GTPase-TBC domain / TBC/rab GAP domain profile. / Syntaxin / Syntaxin, N-terminal domain / SNARE domain / Syntaxin/epimorphin, conserved site / Syntaxin / Syntaxin / epimorphin family signature. / SNARE / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Syntaxin-16 / TBC1 domain family member 23
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Kaufman, J.G. / Owen, D.J.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N013433/1 英国
Wellcome Trust207455/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Cargo selective vesicle tethering: The structural basis for binding of specific cargo proteins by the Golgi tether component TBC1D23.
著者: Cattin-Ortola, J. / Kaufman, J.G.G. / Gillingham, A.K. / Wagstaff, J.L. / Peak-Chew, S.Y. / Stevens, T.J. / Boulanger, J. / Owen, D.J. / Munro, S.
履歴
登録2023年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TBC1 domain family member 23
C: TBC1 domain family member 23
B: Syntaxin-16
D: Syntaxin-16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,89912
ポリマ－31,1484
非ポリマー7518
水2,414134
1
A: TBC1 domain family member 23
B: Syntaxin-16
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, demonstrated direct binding in a 1:1 stoichiometry, mass spectrometry, experiements discovered an interaction between these proteins, microscopy, live cell ...根拠: isothermal titration calorimetry, demonstrated direct binding in a 1:1 stoichiometry, mass spectrometry, experiements discovered an interaction between these proteins, microscopy, live cell imaging reveiled structurally designed point mutations that ablate interaction in ITC affect the localisation of cargos such as STX16 and CPD in vivo
  • 15.8 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7644
ポリマ－15,5742
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area7570 Å2
手法PISA
2
C: TBC1 domain family member 23
D: Syntaxin-16
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, demonstrated direct binding in a 1:1 stoichiometry, mass spectrometry, experiements discovered an interaction between these proteins, microscopy, live cell ...根拠: isothermal titration calorimetry, demonstrated direct binding in a 1:1 stoichiometry, mass spectrometry, experiements discovered an interaction between these proteins, microscopy, live cell imaging reveiled structurally designed point mutations that ablate interaction in ITC affect the localisation of cargos such as STX16 and CPD in vivo
  • 16.1 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1358
ポリマ－15,5742
非ポリマー5616
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area8010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.159, 134.159, 123.542
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)

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要素

#1: タンパク質 TBC1 domain family member 23 / HCV non-structural protein 4A-transactivated protein 1


分子量: 13989.394 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TBC1D23, NS4ATP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NUY8
#2: タンパク質・ペプチド Syntaxin-16 / Syn16


分子量: 1584.601 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14662
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.3 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.8M Potassium phosphate dibasic, 0.1M HEPES/NaOH pH 7.5, 0.8M Sodium phosphate monobasic and 1% 1,2-Butandiol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.997 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→200 Å / Num. obs: 14895 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 32.7 % / Biso Wilson estimate: 47.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 2.19→2.48 Å / 冗長度: 82.9 % / Num. unique obs: 745 / CC1/2: 0.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_svn+SVN精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.19→67.08 Å / SU ML: 0.2828 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.1825
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2565 751 5.04 %RANDOM
Rwork0.2142 14136 --
obs0.2163 14887 43.22 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→67.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2116 0 43 134 2293
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00882203
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9712963
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0545327
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074365
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6779820
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.19-2.360.5379170.3877357X-RAY DIFFRACTION5.54
2.36-2.590.2959290.3396711X-RAY DIFFRACTION10.96
2.59-2.970.34621080.33081588X-RAY DIFFRACTION24.9
2.97-3.740.31022480.2454638X-RAY DIFFRACTION70.96
3.74-67.080.22293490.19026842X-RAY DIFFRACTION99.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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