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- PDB-8qqc: Crystal structure of Lymantria dispar CPV14 polyhedra single crystal -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qqc
タイトルCrystal structure of Lymantria dispar CPV14 polyhedra single crystal
要素Polyhedrin
キーワードVIRAL PROTEIN / Polyhedrin / GTP binding
機能・相同性Cypovirus polyhedrin / Cypovirus polyhedrin / GTP binding / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Polyhedrin
機能・相同性情報
生物種Lymantria dispar (マイマイガ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Trincao, J. / Warren, A. / Crawshaw, A. / Sutton, G. / Stuart, D. / Evans, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: J.Synchrotron Radiat. / 年: 2024
タイトル: VMXm - A sub-micron focus macromolecular crystallography beamline at Diamond Light Source.
著者: Warren, A.J. / Trincao, J. / Crawshaw, A.D. / Beale, E.V. / Duller, G. / Stallwood, A. / Lunnon, M. / Littlewood, R. / Prescott, A. / Foster, A. / Smith, N. / Rehm, G. / Gayadeen, S. / ...著者: Warren, A.J. / Trincao, J. / Crawshaw, A.D. / Beale, E.V. / Duller, G. / Stallwood, A. / Lunnon, M. / Littlewood, R. / Prescott, A. / Foster, A. / Smith, N. / Rehm, G. / Gayadeen, S. / Bloomer, C. / Alianelli, L. / Laundy, D. / Sutter, J. / Cahill, L. / Evans, G.
#1: ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2015
タイトル: Polyhedra structures and the evolution of the insect viruses.
著者: Ji, X. / Axford, D. / Owen, R. / Evans, G. / Ginn, H.M. / Sutton, G. / Stuart, D.I.
履歴
登録2023年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyhedrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2713
ポリマ－28,7231
非ポリマー5472
水3,657203
1
A: Polyhedrin
ヘテロ分子

A: Polyhedrin
ヘテロ分子

A: Polyhedrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,8139
ポリマ－86,1703
非ポリマー1,6426
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
Buried area11660 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area34560 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)103.102, 103.102, 103.102
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Space group name HallI223
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y,-z,x
#5: z,-x,-y
#6: -y,z,-x
#7: -z,-x,y
#8: -z,x,-y
#9: y,-z,-x
#10: x,-y,-z
#11: -x,y,-z
#12: -x,-y,z
#13: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#14: z+1/2,x+1/2,y+1/2
#15: y+1/2,z+1/2,x+1/2
#16: -y+1/2,-z+1/2,x+1/2
#17: z+1/2,-x+1/2,-y+1/2
#18: -y+1/2,z+1/2,-x+1/2
#19: -z+1/2,-x+1/2,y+1/2
#20: -z+1/2,x+1/2,-y+1/2
#21: y+1/2,-z+1/2,-x+1/2
#22: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#23: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#24: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-579-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Polyhedrin


分子量: 28723.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lymantria dispar (マイマイガ) / 遺伝子: pod
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q91IE3
#2: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 22 % / 解説: Cubic
結晶化温度: 300 K / 手法: in cell / pH: 7.5 / 詳細: In vivo

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: VMXm / 波長: 0.5814 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月29日
放射モノクロメーター: Horizontal Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.5814 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→42.1 Å / Num. obs: 40615 / % possible obs: 90.69 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.911 / Rmerge(I) obs: 0.304 / Rpim(I) all: 0.146 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 2.02 % / Rmerge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 1275 / CC1/2: 0.356 / Rpim(I) all: 0.696 / % possible all: 57.69

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
DIALSデータ削減
xia2.multiplexデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→36.45 Å / SU ML: 0.2098 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.3356
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2566 3467 4.81 %Random selection
Rwork0.2291 68676 --
obs0.2304 40615 82.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 10.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→36.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1959 0 33 203 2195
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00362067
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88212818
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0868295
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071362
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4707291
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.320.3475780.34731509X-RAY DIFFRACTION45.64
1.32-1.340.3606970.34091669X-RAY DIFFRACTION50.26
1.34-1.360.3709960.34481792X-RAY DIFFRACTION54.47
1.36-1.380.3278650.34372000X-RAY DIFFRACTION59.46
1.38-1.40.39951320.33972088X-RAY DIFFRACTION64.25
1.4-1.420.34321170.33792246X-RAY DIFFRACTION66.77
1.42-1.450.39861050.33432307X-RAY DIFFRACTION69.59
1.45-1.480.36771260.33652412X-RAY DIFFRACTION73.35
1.48-1.510.38451100.32112609X-RAY DIFFRACTION76.83
1.51-1.540.32781570.30222626X-RAY DIFFRACTION80.76
1.54-1.580.33871590.29152900X-RAY DIFFRACTION88.1
1.58-1.620.27871220.2763082X-RAY DIFFRACTION91.96
1.62-1.660.27171200.2673134X-RAY DIFFRACTION93.34
1.66-1.710.29472040.26923133X-RAY DIFFRACTION95.62
1.71-1.760.3042230.26223171X-RAY DIFFRACTION97.19
1.77-1.830.30811650.26143209X-RAY DIFFRACTION97.6
1.83-1.90.28561440.23133308X-RAY DIFFRACTION98.07
1.9-1.990.2521540.22233248X-RAY DIFFRACTION97.87
1.99-2.090.23221460.22493201X-RAY DIFFRACTION96.82
2.09-2.220.22971740.19573158X-RAY DIFFRACTION96.05
2.22-2.390.21041530.19453225X-RAY DIFFRACTION96.02
2.4-2.630.20421680.23119X-RAY DIFFRACTION95.86
2.64-3.020.19271250.19073224X-RAY DIFFRACTION95.66
3.02-3.80.22151550.16663185X-RAY DIFFRACTION95.73
3.81-36.450.18611720.16833121X-RAY DIFFRACTION94.09

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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