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- PDB-8qqb: Crystal structure of protein kinase CK2 catalytic subunit in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qqb
タイトルCrystal structure of protein kinase CK2 catalytic subunit in complex with a Dibromo Dihydro Dibenzofuranone derivative
要素Casein kinase II subunit alpha
キーワードTRANSFERASE / protein kinase CK2 casein kinase II catalytic subunit CK2alpha dibenzofuranone inhibitors
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Maturation of hRSV A proteins / Sin3-type complex ...regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Maturation of hRSV A proteins / Sin3-type complex / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / : / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Signal transduction by L1 / Hsp90 protein binding / PML body / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / positive regulation of protein catabolic process / kinase activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / rhythmic process / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / double-strand break repair / positive regulation of cell growth / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / negative regulation of translation / protein stabilization / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / DNA damage response / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Casein Kinase 2, subunit alpha / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Casein kinase II subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Werner, C. / Niefind, K. / Jose, J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)NI 643/11-1 ドイツ
引用
ジャーナル: Acs Pharmacol Transl Sci / 年: 2024
タイトル: Discovery of 7,9-Dibromo-dihydrodibenzofuran as a Potent Casein Kinase 2 (CK2) Inhibitor: Synthesis, Biological Evaluation, and Structural Studies on E- / Z -Isomers.
著者: Rumler, H. / Schmithals, C. / Werner, C. / Bollacke, A. / Aichele, D. / Gotz, C. / Niefind, K. / Wunsch, B. / Jose, J.
#1: ジャーナル: Pharmaceuticals (Basel) / 年: 2018
タイトル: A pi-Halogen Bond of Dibenzofuranones with the Gatekeeper Phe113 in Human Protein Kinase CK2 Leads to Potent Tight Binding Inhibitors.
著者: Schnitzler, A. / Gratz, A. / Bollacke, A. / Weyrich, M. / Kucklaender, U. / Wuensch, B. / Goetz, C. / Niefind, K. / Jose, J.
#2: ジャーナル: Mol Cell Biochem / 年: 2011
タイトル: Identification of novel CK2 inhibitors with a benzofuran scaffold by novel non-radiometric in vitro assays.
著者: Gratz, A. / Kucklaender, U. / Bollig, R. / Goetz, C. / Jose, J.
履歴
登録2023年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22025年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Casein kinase II subunit alpha
B: Casein kinase II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,25215
ポリマ－83,3712
非ポリマー1,88113
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area30450 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)128.242, 128.242, 124.547
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 2 through 258 or resid 260 through 402 or resid 403))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 2 through 258 or resid 260 through 402 or resid 403))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-IDBeg label alt-IDEnd label alt-ID
d_11SERILEA1 - 257
d_12LYSGLNA259 - 330
d_13EDOEDOB
d_14W32W32DBB
d_21SERILEF1 - 257
d_22LYSGLNF259 - 330
d_23EDOEDOG
d_24W32W32IBB

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.00405317796316, -0.999989465139, 0.00215438150348), (0.997981826973, 0.00390849489528, -0.0633797814664), (0.0633706933801, 0.00240692312239, 0.997987155199) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.00405317796316, -0.999989465139, 0.00215438150348), (0.997981826973, 0.00390849489528, -0.0633797814664), (0.0633706933801, 0.00240692312239, 0.997987155199)
ベクター: -62.7759349298, 63.4531318669, 32.32792218)

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要素

#1: タンパク質 Casein kinase II subunit alpha


分子量: 41685.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68400
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-WJE / (4~{Z})-7,9-bis(bromanyl)-8-oxidanyl-4-(phenylazanylmethylidene)-1,2-dihydrodibenzofuran-3-one


分子量: 463.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H13Br2NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Initial drops were prepared by mixing two parts of a solution of 5 mg per mL CK2alpha1-335 including 1 mM 12c together with one part of the reservoir solution containing 30 % (weight per ...詳細: Initial drops were prepared by mixing two parts of a solution of 5 mg per mL CK2alpha1-335 including 1 mM 12c together with one part of the reservoir solution containing 30 % (weight per volume), PEG8000, 0.2 M (NH4)2SO4, and 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5. Crystallization was induced by microseeding.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→57.01 Å / Num. obs: 29856 / % possible obs: 60.72 % / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 41.27 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.318 / Rpim(I) all: 0.095 / Rrim(I) all: 0.332 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.26→2.341 Å / Rmerge(I) obs: 3.726 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 209 / CC1/2: 0.647 / Rpim(I) all: 1.106 / Rrim(I) all: 3.889 / % possible all: 4.32

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.26→57.01 Å / SU ML: 0.2472 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.1743
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2389 1454 4.87 %
Rwork0.2011 28402 -
obs0.2029 29856 60.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→57.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5576 0 102 165 5843
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00155897
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.43977990
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0418806
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00441020
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.07372197
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.681211775214 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.26-2.340.506790.3477195X-RAY DIFFRACTION4.19
2.34-2.430.3401180.2985350X-RAY DIFFRACTION7.61
2.43-2.540.3414250.2998610X-RAY DIFFRACTION13.17
2.54-2.670.3592630.30471384X-RAY DIFFRACTION29.6
2.67-2.840.29941380.29792714X-RAY DIFFRACTION58.24
2.84-3.060.28672000.26053998X-RAY DIFFRACTION85.59
3.06-3.370.29182450.2344695X-RAY DIFFRACTION100
3.37-3.860.252400.18224713X-RAY DIFFRACTION100
3.86-4.860.18222250.15874789X-RAY DIFFRACTION100
4.86-57.010.22152910.19144954X-RAY DIFFRACTION99.81
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.54906440797-1.896183547720.8051999161966.11467832144-2.466075810542.97610117167-0.0876754978192-0.170584259325-0.0127259238270.2098020792510.1312076088530.364032483079-0.215526413999-0.15379824676-0.07002267289520.2311194007170.01416891863940.0396959038940.319694701527-0.004152069433230.238234568659-49.35202732112.08608262737-13.4266287427
22.56547086713-1.04181517456-0.3250359736934.038484671710.8749333329941.798443856630.1447296033530.3352211142110.299165919751-0.578600555731-0.0697160845852-0.0592459489054-0.333696105421-0.0465069251612-0.08563026581480.3118419006690.02805085972810.01512674237510.3005982227810.06582024857450.2367072637-41.6564663039-2.23378475007-21.8058834564
33.37518018065-0.36272150852-1.027705043543.86249283835-0.1103491827673.46277680807-0.07580735202170.447307371514-0.227952298989-0.4501130771490.01001394999030.04585872612640.170235582286-0.2237719498580.05792339635620.3084893975490.0718799243665-0.02275798600420.276464031915-0.006933030352520.24288827924-39.2573146591-21.2165432018-26.957407756
44.946252139271.263658635052.157868387031.486473444750.6419722940552.369042415340.181797703772-0.334846886871-0.2837534398820.233874862236-0.1546247372460.09376286732280.242027444954-0.358478490153-0.02587066052830.3153832208980.005887073435110.06776682243250.3264097445620.01202750571930.222740749111-66.309439593215.123163100715.4791492352
53.0231241183.64398820666-3.430207250534.49582858111-4.337606134964.278642413-0.7314474312241.00195130632-0.199942307085-1.317539019560.163669074348-0.5155591127820.642713964094-0.4899942297350.5447729659910.736460856282-0.1117579728680.04096529486960.6961865427270.03211093736840.485886775388-65.891470594324.7968912889-0.878923779816
62.501556631530.449671115031-0.755296259572.52663147544-0.5595791023963.51528876028-0.008087786781970.3104788145970.0879177824769-0.2172225262140.08439923003-0.05024101501090.01499615473610.0386733889329-0.07400923638330.224853638754-0.0666522325034-0.001178827025480.288781393336-0.0004940622753360.244978487085-46.73381872625.54562978034.93538624793
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 87 )AA2 - 871 - 86
22chain 'A' and (resid 88 through 197 )AA88 - 19787 - 196
33chain 'A' and (resid 198 through 331 )AA198 - 331197 - 330
44chain 'B' and (resid 2 through 108 )BF2 - 1081 - 107
55chain 'B' and (resid 109 through 129 )BF109 - 129108 - 128
66chain 'B' and (resid 130 through 331 )BF130 - 331129 - 330

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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