PDB-8qqa: human carbonic anhydrase II in complex with Bithionol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qqa

タイトル

human carbonic anhydrase II in complex with Bithionol

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / carbonic anhydrase 2 / inhibitor / metalloenzyme / bithionol / halogen bond

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.346 Å

データ登録者

Angeli, A. / Ferraroni, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Arch Pharm / 年: 2025
タイトル: Unprecedented carbonic anhydrase inhibition mechanism: Targeting histidine 64 side chain through a halogen bond.
著者: Paciotti, R. / Carradori, S. / Angeli, A. / D'Agostino, I. / Ferraroni, M. / Coletti, C. / Supuran, C.T.

履歴

登録	2023年10月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qqa.cif.gz	125.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qqa.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qqa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qqa_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qqa_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8qqa_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	8qqa_validation.cif.gz	23 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/8qqa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/8qqa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

30.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.380, 41.360, 72.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.558, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-B1T / 2,2'-sulfanediylbis(4,6-dichlorophenol) / ビチオノ-ル分子量: 356.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₆Cl₄O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.33 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.5 M sodium citrate, 50 mM Tris pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.346→70.06 Å / Num. obs: 49852 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 5.35 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_rim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 13.42
反射シェル	解像度: 1.35→1.38 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.622 / Mean I/σ(I) obs: 2.28 / Num. unique obs: 2329 / CC_1/2: 0.715 / R_rim(I) all: 0.711 / % possible all: 58.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.346→70.056 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.983 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / SU B: 1.853 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.052 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1641	2473	4.961 %
R_work	0.1162	47378	-
all	0.118	-	-
obs	-	49851	92.269 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.578 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.308 Å²	0 Å²	-0.194 Å²
2-	-	1.974 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.922 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.346→70.056 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2050	0	43	242	2335

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	2191
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1953
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.941	1.636	2985
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.542	1.589	4568
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.969	5	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.948	23.853	109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.98	15	357
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.102	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	264
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2591
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	446
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	395
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	1840
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	993
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.057	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.074	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.236	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.382	1.513	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.342	1.505	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.763	2.277	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.771	2.28	1303
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.714	1.982	1147
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.712	1.982	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.056	2.813	1677
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.055	2.813	1677
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.634	19.236	2426
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.515	19.056	2411
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.793	3	4144

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.346-1.381	0.289	104	0.253	2226	0.254	3974	0.882	0.881	58.6311	0.237
1.381-1.419	0.268	151	0.216	2703	0.219	3853	0.883	0.909	74.0722	0.199
1.419-1.46	0.223	181	0.151	3280	0.155	3775	0.938	0.959	91.6821	0.135
1.46-1.505	0.179	172	0.128	3298	0.131	3633	0.947	0.964	95.5134	0.112
1.505-1.554	0.165	179	0.107	3238	0.11	3551	0.963	0.975	96.2264	0.089
1.554-1.608	0.169	175	0.098	3134	0.102	3431	0.962	0.976	96.4442	0.082
1.608-1.669	0.179	162	0.092	3030	0.096	3307	0.964	0.977	96.5225	0.08
1.669-1.737	0.154	144	0.085	2969	0.088	3208	0.968	0.981	97.0387	0.075
1.737-1.814	0.15	158	0.091	2824	0.094	3065	0.975	0.981	97.292	0.083
1.814-1.903	0.165	144	0.095	2677	0.099	2915	0.964	0.982	96.7753	0.089
1.903-2.006	0.17	119	0.1	2603	0.102	2786	0.97	0.982	97.7028	0.097
2.006-2.127	0.167	126	0.11	2474	0.113	2654	0.968	0.979	97.9653	0.11
2.127-2.274	0.155	143	0.102	2291	0.105	2484	0.972	0.981	97.9871	0.107
2.274-2.456	0.146	114	0.098	2148	0.1	2329	0.973	0.982	97.1232	0.106
2.456-2.69	0.165	104	0.107	1995	0.11	2141	0.968	0.98	98.0383	0.12
2.69-3.007	0.163	107	0.121	1791	0.124	1936	0.968	0.975	98.0372	0.139
3.007-3.471	0.153	64	0.127	1631	0.128	1724	0.974	0.976	98.3179	0.15
3.471-4.249	0.137	46	0.111	1391	0.112	1465	0.984	0.984	98.0887	0.137
4.249-5.998	0.161	48	0.137	1066	0.138	1144	0.975	0.982	97.3776	0.185
5.998-70.056	0.163	32	0.175	609	0.174	653	0.964	0.967	98.1623	0.236

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関連情報:EMDBヘッダ

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