PDB-8qq9: human carbonic anhydrase I in complex with 1-benzyl-3-(1-hydroxy-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qq9

タイトル

human carbonic anhydrase I in complex with 1-benzyl-3-(1-hydroxy-3,4-dihydro-1H-benzo[c][1,2]oxaborinin-7-yl)thiourea

要素

Carbonic anhydrase 1

キーワード

LYASE / human carbonic anhydrase 1 / metalloenzyme / inhibitor / benzoxaborine / boro

機能・相同性

機能・相同性情報

hydro-lyase activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Angeli, A. / Ferraroni, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Benzoxaborinine, New Chemotype for Carbonic Anhydrase Inhibition: Ex Novo Synthesis, Crystallography, In Silico Studies, and Anti-Melanoma Cell Line Activity.
著者: Giovannuzzi, S. / Nikitjuka, A. / Angeli, A. / Smietana, M. / Massardi, M.L. / Turati, M. / Ronca, R. / Bonardi, A. / Nocentini, A. / Ferraroni, M. / Supuran, C.T. / Winum, J.Y.

履歴

登録	2023年10月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qq9.cif.gz	120.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qq9.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qq9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8qq9_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qq9_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8qq9_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	8qq9_validation.cif.gz	30.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/8qq9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/8qq9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8q6lC 8q7gC 8qhoC 8qkzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (1) #94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Carbonic anhydrase 1

BBB: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

58.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.878, 69.835, 120.735
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 1 / Carbonate dehydratase I / Carbonic anhydrase B / CAB / Carbonic anhydrase I / CA-I 分子量: 28906.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00915, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-WHK / 1-[1,1-bis(oxidanyl)-3,4-dihydro-2,1$l^{4}-benzoxaborinin-7-yl]-3-(phenylmethyl)thiourea 分子量: 329.202 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₈BN₂O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.35 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 28-31% PEG4000, 0.2 M Sodium acetate, 0.1 M Tris pH 9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.8731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→43.616 Å / Num. obs: 36671 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_rim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 20.6
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique obs: 2674 / CC_1/2: 0.954 / R_rim(I) all: 0.527 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→43.616 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 4.995 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.18 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2555	1824	4.981 %
R_work	0.2025	34793	-
all	0.205	-	-
obs	-	36617	99.855 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.399 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.791 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	2.861 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.071 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→43.616 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4028	0	48	98	4174

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	4196
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3679
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.583	1.64	5715
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.297	1.586	8602
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.129	5	514
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.362	23.786	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.803	15	659
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.948	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	531
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4821
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	861
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	814
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	3539
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	2011
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1800
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.087	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.187	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.048	3.792	2056
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.036	3.791	2055
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.996	5.675	2567
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.996	5.676	2568
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.325	4.039	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.324	4.039	2141
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.889	5.933	3147
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.888	5.933	3148
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.441	43.741	4536
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.441	43.743	4536

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.322	146	0.267	2524	X-RAY DIFFRACTION	99.5155
2.052-2.108	0.342	145	0.26	2422	X-RAY DIFFRACTION	99.7668
2.108-2.169	0.316	131	0.255	2402	X-RAY DIFFRACTION	99.6852
2.169-2.236	0.335	122	0.236	2352	X-RAY DIFFRACTION	99.7983
2.236-2.309	0.256	118	0.22	2248	X-RAY DIFFRACTION	99.8734
2.309-2.39	0.322	116	0.211	2193	X-RAY DIFFRACTION	99.8702
2.39-2.48	0.252	109	0.224	2117	X-RAY DIFFRACTION	99.9102
2.48-2.581	0.326	111	0.236	2049	X-RAY DIFFRACTION	99.9537
2.581-2.696	0.262	107	0.219	1969	X-RAY DIFFRACTION	99.9519
2.696-2.827	0.251	80	0.205	1887	X-RAY DIFFRACTION	99.9492
2.827-2.979	0.277	113	0.234	1789	X-RAY DIFFRACTION	100
2.979-3.16	0.252	85	0.225	1705	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.377	0.258	78	0.216	1607	X-RAY DIFFRACTION	100
3.377-3.647	0.263	81	0.213	1508	X-RAY DIFFRACTION	100
3.647-3.994	0.251	64	0.195	1405	X-RAY DIFFRACTION	100
3.994-4.462	0.23	62	0.166	1277	X-RAY DIFFRACTION	99.9254
4.462-5.148	0.18	48	0.161	1128	X-RAY DIFFRACTION	100
5.148-6.294	0.2	49	0.17	980	X-RAY DIFFRACTION	100
6.294-8.853	0.231	36	0.158	768	X-RAY DIFFRACTION	100
8.853-43.616	0.208	23	0.161	463	X-RAY DIFFRACTION	98.1818

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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