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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qq1 | ||||||||||||
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タイトル | SpNOX dehydrogenase domain, mutant F397W in complex with Flavin adenine dinucleotide (FAD) | ||||||||||||
![]() | Oxidoreductase | ||||||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Streptococcus pneumoniae NADPH Oxidase (spNOX) Reactive oxygen species (ROS) membrane protein electron transfer oxidative stress | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Humm, A.S. / Dupeux, F. / Vermot, A. / Petit-Harleim, I. / Fieschi, F. / Marquez, J.A. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: X-ray structure and enzymatic study of a bacterial NADPH oxidase highlight the activation mechanism of eukaryotic NOX. 著者: Petit-Hartlein, I. / Vermot, A. / Thepaut, M. / Humm, A.S. / Dupeux, F. / Dupuy, J. / Chaptal, V. / Marquez, J.A. / Smith, S.M.E. / Fieschi, F. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 292.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 236.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 45.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8qq5C ![]() 8qq7C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25643.154 Da / 分子数: 3 / 変異: F397W / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Flavin Adenin dinucleotide 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ndoR / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-BR / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.5 % 解説: typical crystal shape are elongated hexagon, 150 micrometr lenght 80 micrometer wide. |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Crystals Obtained at the HTX Facility, EMBL Grenoble 17% w/v PEG3350, 0.1M BIS-TRIS Propane pH6.5, 0.2M Sodium bromide. Automatic harvesting and cryocooling with CrystalDirect |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月6日 / 詳細: Vertical CRL / Horizontal elliptical mirror |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.941→58.944 Å / Num. obs: 57719 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 13.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 21.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.941→1.974 Å / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 1.829 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2772 / CC1/2: 0.723 / Rpim(I) all: 0.372 / % possible all: 95.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 38.64 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.22 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.941→36.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.941→1.96 Å
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精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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