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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qpx | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Geodia cydonium Immunoglobulin-like domain of Receptor Tyrosine Kinase | |||||||||
要素 | Receptor tyrosine kinase (Fragment) | |||||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / Ig-like / porifera / evolution | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cell adhesion molecule binding / phosphorylation / cell-cell adhesion / cell-cell junction / kinase activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Geodia cydonium (無脊椎動物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Lopez-Sagaseta, J. / Urdiciain, A. | |||||||||
資金援助 | スペイン, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of Geodia cydonium Immunoglobulin-like domain of Receptor Tyrosine Kinase 著者: Lopez-Sagaseta, J. / Urdiciain, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qpx.cif.gz | 115.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qpx.ent.gz | 72.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qpx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8qpx_validation.pdf.gz | 869 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8qpx_full_validation.pdf.gz | 869.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8qpx_validation.xml.gz | 10.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8qpx_validation.cif.gz | 14.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/8qpx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/8qpx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 24623.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Remaining N-terminal GP motif from 3C site / 由来: (組換発現) Geodia cydonium (無脊椎動物) / 遺伝子: TK_2L 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O18431 |
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-糖 , 2種, 2分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 3種, 105分子
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.85 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 26% w/v PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月22日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97926 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→40.91 Å / Num. obs: 47524 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 34.44 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Rpim(I) all: 0.023 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 17.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.247 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 3990 / CC1/2: 0.947 / Rpim(I) all: 0.157 / Χ2: 1 / % possible all: 98.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→40.91 Å / SU ML: 0.2881 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.6235 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→40.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 9.31014388062 Å / Origin y: -9.79483222786 Å / Origin z: 6.9598198259 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: (chain A and resseq 134:407) |