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- PDB-8qpx: Crystal structure of Geodia cydonium Immunoglobulin-like domain o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qpx
タイトルCrystal structure of Geodia cydonium Immunoglobulin-like domain of Receptor Tyrosine Kinase
要素Receptor tyrosine kinase (Fragment)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig-like / porifera / evolution
機能・相同性
機能・相同性情報


kinase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor tyrosine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Geodia cydonium (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lopez-Sagaseta, J. / Urdiciain, A.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesMargarita Salas スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesRYC-2017-21683 スペイン
引用
ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Unusual traits shape the architecture of the Ig ancestor molecule.
著者: Urdiciain, A. / Madej, T. / Wang, J. / Song, J. / Erausquin, E. / Youkharibache, P. / Lopez-Sagaseta, J.
#1: ジャーナル: Sci Rep / 年: 2025
タイトル: Severe deviation in protein fold prediction by advanced AI: a case study.
著者: Lopez-Sagaseta, J. / Urdiciain, A.
履歴
登録2023年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年4月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor tyrosine kinase (Fragment)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,40410
ポリマ－24,6231
非ポリマー1,7819
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Gel filtration assay supports the monomeric state for this protein
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint16 kcal/mol
Surface area11090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.910, 32.730, 92.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.820, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Receptor tyrosine kinase (Fragment)


分子量: 24623.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Remaining N-terminal GP motif from 3C site / 由来: (組換発現) Geodia cydonium (無脊椎動物) / 遺伝子: TK_2L
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O18431

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 105分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.85 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 26% w/v PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月22日
放射モノクロメーター: Si(111) channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40.91 Å / Num. obs: 47524 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 34.44 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Rpim(I) all: 0.023 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.247 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 3990 / CC1/2: 0.947 / Rpim(I) all: 0.157 / Χ2: 1 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimless1.12.15データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→40.91 Å / SU ML: 0.2881 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.6235
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2503 689 4.79 %
Rwork0.2218 13693 -
obs0.2232 14382 98.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→40.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1462 0 115 98 1675
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00211600
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49382176
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0463277
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0025263
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.7067273
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.260.30441160.24552721X-RAY DIFFRACTION98.47
2.26-2.490.27441490.24612705X-RAY DIFFRACTION98.55
2.49-2.850.32021410.24432695X-RAY DIFFRACTION98.51
2.85-3.590.24041460.23442733X-RAY DIFFRACTION98.39
3.59-40.910.22611370.19912839X-RAY DIFFRACTION98.45
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.31014388062 Å / Origin y: -9.79483222786 Å / Origin z: 6.9598198259 Å
111213212223313233
T0.229140543504 Å20.0204110317137 Å2-0.00815150925861 Å2-0.18552635165 Å20.0456994240931 Å2--0.301054612214 Å2
L1.92959501557 °2-0.351316551078 °2-2.10044387351 °2-0.993084261331 °21.56202104029 °2--8.53224428696 °2
S-0.119424114931 Å °-0.176259656685 Å °-0.0677227114585 Å °0.0638562980651 Å °0.0295905565269 Å °0.0938740332172 Å °0.0534235450837 Å °-0.267439173478 Å °0.0919454673605 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain A and resseq 134:407)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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