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- PDB-8qpo: E. coli NfsB with the unnatural amino acid p-nitrophenylalanine a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qpo
タイトルE. coli NfsB with the unnatural amino acid p-nitrophenylalanine at position 124.
要素Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Nitroreductase / unnatural aminoacid
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors, with NAD or NADP as acceptor / 6,7-dihydropteridine reductase / 2,4,6-trinitrotoluene catabolic process / 6,7-dihydropteridine reductase activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / 酸化還元酵素 / FMN binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase NfsB-like / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Day, M.A. / White, S.A. / Hyde, E.I.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: E. coli NfsB with unnatural amino acids at position 124.
著者: Day, M.A. / White, S.A. / Searle, P.F. / Hyde, E.I.
履歴
登録2023年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
B: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
C: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
D: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
E: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
F: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
G: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
H: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,69323
ポリマ－195,6298
非ポリマー4,06415
水4,990277
1
A: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
B: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9386
ポリマ－48,9072
非ポリマー1,0314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9190 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area17310 Å2
2
C: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
G: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8795
ポリマ－48,9072
非ポリマー9723
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9030 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area17180 Å2
3
D: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
E: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9386
ポリマ－48,9072
非ポリマー1,0314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9160 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area17280 Å2
4
F: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
H: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9386
ポリマ－48,9072
非ポリマー1,0314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9200 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area17270 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)58.231, 138.552, 121.609
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase / Dihydropteridine reductase / FMN-dependent nitroreductase


分子量: 24453.607 Da / 分子数: 8 / 変異: F124(PPN), 5 aa tag / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Unnatural aminoacid p-nitrophenylalanine at position 124
由来: (組換発現) Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)
株: DH5a / 遺伝子: nfsB, dprA, nfnB, nfsI, ntr, b0578, JW0567 / プラスミド: pBAD-NTR-124TAG, pDule-PPN
詳細 (発現宿主): pBAD-NTR-124TAG expresses NfsB with an amber codon at position 124, pDule-PPN contains a uppressor tRNA/aminoacyl-tRNA synthetase pair incorporating PPN at the stop codon
発現宿主: Escherichia coli (strain K12 / DH10B) (大腸菌)
株 (発現宿主): DH10B
参照: UniProt: P38489, 酸化還元酵素, 6,7-dihydropteridine reductase
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.95 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 100 mM sodium acetate, pH 4.6, 15% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→29.71 Å / Num. obs: 47766 / % possible obs: 98.21 % / 冗長度: 3.72 % / Rsym value: 0.146 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.741→2.812 Å / 冗長度: 3.68 % / Num. unique obs: 3160 / Rsym value: 0.562 / % possible all: 88.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0411精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.74→29.71 Å / SU B: 22.544 / SU ML: 0.227 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.305 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20078 2002 4 %RANDOM
Rwork0.17045 ---
obs0.17169 47766 98.18 %-
原子変位パラメータBiso mean: 10.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.88 Å20 Å20.19 Å2
2--0.33 Å20 Å2
3---0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.74→29.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13440 0 276 279 13995
LS精密化 シェル解像度: 2.741→2.812 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 132 -
Rwork0.268 3160 -
obs--88.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.87590.12170.33531.66880.27762.596-0.042500.15190.0624-0.0056-0.0284-0.53390.20870.04810.3274-0.0373-0.05330.1190.00860.15711.478-21.33123.27
21.55630.20290.07141.36510.08992.7803-0.00280.0580.0991-0.0195-0.02260.1453-0.3148-0.20220.02540.20570.01-0.03660.13790.01130.1389-8.437-27.53412.363
31.8682-0.09050.06611.50180.21732.3191-0.06160.05580.186-0.10950.04380.0484-0.3117-0.13570.01770.2801-0.0024-0.04190.19280.02640.159614.521-29.12363.547
41.7505-0.19350.01141.7616-0.49592.37580.03710.0037-0.111-0.1125-0.0554-0.07940.27130.14690.01830.2372-0.0317-0.01440.16280.00060.133314.18115.40825.553
51.7224-0.235-0.00322.1696-0.57091.9941-0.0463-0.0754-0.1360.08020.12410.27110.2454-0.2414-0.07780.2806-0.0465-0.00750.19640.02720.18723.65913.06337.359
62.1905-0.1656-0.64171.44290.14572.8421-0.17380.1209-0.32840.0063-0.02990.13210.4269-0.30490.20360.2678-0.04550.06230.1529-0.01960.216120.772-55.25825.528
72.0244-0.1366-0.08762.18130.17911.7961-0.0462-0.01460.2490.09670.0744-0.2563-0.2710.2087-0.02830.3157-0.005-0.05690.1956-0.00950.225924.931-26.84675.518
82.7484-0.2479-0.3331.9540.28282.5106-0.11630.2538-0.4347-0.1478-0.0213-0.08440.5970.03830.13760.3686-0.03210.10520.1405-0.05040.232730.735-61.44714.695
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 217
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 217
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 217
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 217
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 217
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 217
7X-RAY DIFFRACTION7G2 - 217
8X-RAY DIFFRACTION8H2 - 217

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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