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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qpm | ||||||
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タイトル | Structure of methylene-tetrahydromethanopterin reductase from Methanocaldococcus jannaschii | ||||||
![]() | 5,10-methylenetetrahydromethanopterin reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / methylene-tetrahydropterin reductase | ||||||
機能・相同性 | ![]() 5,10-methylenetetrahydromethanopterin reductase / coenzyme F420-dependent N5,N10-methenyltetrahydromethanopterin reductase activity / methanogenesis, from carbon dioxide / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / one-carbon metabolic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gehl, M. / Demmer, U. / Ermler, U. / Shima, S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mutational and structural studies of ( beta alpha ) 8 -barrel fold methylene-tetrahydropterin reductases utilizing a common catalytic mechanism. 著者: Gehl, M. / Demmer, U. / Ermler, U. / Shima, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 723.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 616.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8qpjC ![]() 8qplC ![]() 8qq8C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35836.656 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: mer, HA335_01095 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A832SYB5, 5,10-methylenetetrahydromethanopterin reductase #2: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.12 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 35% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 100 mM sodium acetate pH 4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→48.33 Å / Num. obs: 144127 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.864 Å / Rmerge(I) obs: 0.822 / Num. unique obs: 14203 / CC1/2: 0.503 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.33 Å
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