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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qph | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Lymantria dispar CPV14 polyhedra 14 crystals | ||||||
要素 | Polyhedrin | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Polyhedrin / GTP binding | ||||||
機能・相同性 | Cypovirus polyhedrin / Cypovirus polyhedrin / GTP binding / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Polyhedrin 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Lymantria dispar (マイマイガ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.34 Å | ||||||
データ登録者 | Trincao, J. / Warren, A. / Crawshaw, A. / Sutton, G. / Stuart, D. / Evans, G. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: VMXm - sub-micron microfocus beamline for macromolecular crystallography at Diamond Light Source 著者: Warren, A.J. / Trincao, J. / Crawshaw, A.D. / Beale, E. / Duller, G. / Stallwood, A. / Lunnon, M. / Littlewood, R. / Prescott, A. / Foster, A. / Smith, N. / Rehm, G. / Gayadeen, S. / Bloomer, ...著者: Warren, A.J. / Trincao, J. / Crawshaw, A.D. / Beale, E. / Duller, G. / Stallwood, A. / Lunnon, M. / Littlewood, R. / Prescott, A. / Foster, A. / Smith, N. / Rehm, G. / Gayadeen, S. / Bloomer, C. / Alianelli, L. / Laundy, D. / Sutter, J. / Cahill, L. / Evans, G. #1: ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2015 タイトル: Polyhedra structures and the evolution of the insect viruses. 著者: Ji, X. / Axford, D. / Owen, R. / Evans, G. / Ginn, H.M. / Sutton, G. / Stuart, D.I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qph.cif.gz | 124.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qph.ent.gz | 79.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qph.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8qph_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8qph_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8qph_validation.xml.gz | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8qph_validation.cif.gz | 19.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/8qph ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/8qph | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8qqcC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 11||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28723.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lymantria dispar (マイマイガ) / 遺伝子: pod 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q91IE3 |
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#2: 化合物 | ChemComp-GTP / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 22 % / 解説: Cubic |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: in cell / pH: 7.5 / 詳細: In vivo |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: VMXm / 波長: 0.5814 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月29日 |
放射 | モノクロメーター: Horizontal Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.5814 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.34→72.97 Å / Num. obs: 39736 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 43.3 % / Biso Wilson estimate: 16.59 Å2 / CC1/2: 0.867 / Net I/σ(I): 9.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.34→1.388 Å / 冗長度: 15.6 % / Num. unique obs: 4090 / CC1/2: 0.302 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.34→72.97 Å / SU ML: 0.2022 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.0633 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.34→72.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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