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- PDB-8qpf: Ammonium Transporter Amt1 from Shewanella denitrificans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qpf
タイトルAmmonium Transporter Amt1 from Shewanella denitrificans
要素Ammonium transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Ammonium Transporter Amt1
機能・相同性
機能・相同性情報


ammonium homeostasis / ammonium channel activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ammonium transporter / Ammonium transporter AmtB-like domain / Ammonium Transporter Family / Ammonium/urea transporter / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Ammonium transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella denitrificans (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Gschell, M. / Zhang, L. / Einsle, O. / Andrade, S.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)AN-676/3 ドイツ
German Research Foundation (DFG)GRK-2202 ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: How sensor Amt-like proteins integrate ammonium signals.
著者: Tobias Pflüger / Mathias Gschell / Lin Zhang / Volodymyr Shnitsar / Annas J Zabadné / Paul Zierep / Stefan Günther / Oliver Einsle / Susana L A Andrade /
要旨: Unlike aquaporins or potassium channels, ammonium transporters (Amts) uniquely discriminate ammonium from potassium and water. This feature has certainly contributed to their repurposing as ammonium ...Unlike aquaporins or potassium channels, ammonium transporters (Amts) uniquely discriminate ammonium from potassium and water. This feature has certainly contributed to their repurposing as ammonium receptors during evolution. Here, we describe the ammonium receptor Sd-Amt1, where an Amt module connects to a cytoplasmic diguanylate cyclase transducer module via an HAMP domain. Structures of the protein with and without bound ammonium were determined to 1.7- and 1.9-Ångstrom resolution, depicting the ON and OFF states of the receptor and confirming the presence of a binding site for two ammonium cations that is pivotal for signal perception and receptor activation. The transducer domain was disordered in the crystals, and an AlphaFold2 prediction suggests that the helices linking both domains are flexible. While the sensor domain retains the trimeric fold formed by all Amt family members, the HAMP domains interact as pairs and serve to dimerize the transducer domain upon activation.
履歴
登録2023年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ammonium transporter
B: Ammonium transporter
C: Ammonium transporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,0663
ポリマ－219,0663
非ポリマー00
水3,639202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Ammonium transporter


分子量: 73021.875 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella denitrificans (バクテリア)
遺伝子: Sden_0766 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q12R70
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: homotrimer Amt1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Shewanella denitrificans (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 477507 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0059099
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.81512372
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.9561227
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.051440
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0071533

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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