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- PDB-8qpd: Structure of thioredoxin m from pea -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qpd
タイトルStructure of thioredoxin m from pea
要素Thioredoxin M-type, chloroplastic
キーワードPLANT PROTEIN / STRUCTURE FROM CYANA 2.1 / redox process
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase activity / enzyme activator activity / chloroplast
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Thioredoxin M-type, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (エンドウ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Neira, J.L. / Camara Artigas, A.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Generalitat ValencianaCAICO/2021/0135 スペイン
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Three-dimensional solution structure, dynamics and binding of thioredoxin m from Pisum sativum.
著者: Neira, J.L. / Palomino-Schatzlein, M. / Rejas, V. / Traverso, J.A. / Rico, M. / Lopez-Gorge, J. / Chueca, A. / Camara-Artigas, A.
履歴
登録2023年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin M-type, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9931
ポリマ－11,9931
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 300target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin M-type, chloroplastic


分子量: 11992.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P48384

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
121isotropic12D 1H-1H TOCSY
232isotropic13D HN(CA)CB
242isotropic13D HNCO
252isotropic13D HNCA
262isotropic13D HBHA(CO)NH

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution12.0 mM Thioredoxin m from pea sativum, 90% H2O/10% D2O1H_sample90% H2O/10% D2O
solution22.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] Thioredoxin m from pea sativum, 90% H2O/10% D2O13C,15N_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2.0 mMThioredoxin m from pea sativumnatural abundance1
2.0 mMThioredoxin m from pea sativum[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
10.050 mM1H_sample5.91 atm303 K
20.050 mM13C,15N_sample5.91 atm303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyGoddardchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
SparkyGoddardpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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