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- PDB-8qp7: Crystal structure of Hepatitis C Virus E2 glycoprotein epitopeI 4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qp7
タイトルCrystal structure of Hepatitis C Virus E2 glycoprotein epitopeI 411-424 scaffold design 4CIL_04
要素Yop effector YopM,Internalin B
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Scaffold design / HCV Immunogen / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-based cell wall / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / heparin binding / lipid binding / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
LRR-containing bacterial E3 ligase, N-terminal / Type III secretion system leucine rich repeat protein / : / GW domain / GW domain superfamily / GW (Gly-Tryp) dipeptide domain / GW domain profile. / Listeria/Bacterioides repeat / Listeria-Bacteroides repeat domain superfamily / Listeria-Bacteroides repeat domain (List_Bact_rpt) ...LRR-containing bacterial E3 ligase, N-terminal / Type III secretion system leucine rich repeat protein / : / GW domain / GW domain superfamily / GW (Gly-Tryp) dipeptide domain / GW domain profile. / Listeria/Bacterioides repeat / Listeria-Bacteroides repeat domain superfamily / Listeria-Bacteroides repeat domain (List_Bact_rpt) / Leucine-rich repeat-containing adjacent domain / LRR adjacent / Internalin, N-terminal / Bacterial adhesion/invasion protein N terminal / : / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Internalin B / Yop effector YopM
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Nagarathinam, K. / Cramer, J.T. / Krey, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)KR 2880 / 3-1 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Hepatitis C Virus E2 glycoprotein epitopeI 411-424 scaffold design 4CIL_04
著者: Nagarathinam, K. / Krey, T. / Scheck, A. / Labuhn, M. / Stroeh, L.J. / Herold, E. / Veselkova, B. / Cramer, J.T. / Rosset, S. / Vollers, S.S. / Bankwitz, D. / Ballmaier, M. / Boening, H. / ...著者: Nagarathinam, K. / Krey, T. / Scheck, A. / Labuhn, M. / Stroeh, L.J. / Herold, E. / Veselkova, B. / Cramer, J.T. / Rosset, S. / Vollers, S.S. / Bankwitz, D. / Ballmaier, M. / Boening, H. / Roth, E. / Khera, T. / Ahsendorf, H. / Tune, S. / Dittrich-Breiholz, O. / Obleser, J. / Nassal, M. / Jaeck, H.M. / Pietschmann, T. / Correia, B.E.
履歴
登録2023年9月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Yop effector YopM,Internalin B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0691
ポリマ－33,0691
非ポリマー00
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.290, 31.670, 135.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.314, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Yop effector YopM,Internalin B / 4CIL_04


分子量: 33068.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The protein sequence is an insilico designed sequence using PDB ID 4CIL as the template which harbors one of the glycoprotein epitopes of HCV.
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
遺伝子: yopM, inlB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P74988, UniProt: P0DQD2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 25% (w/v) PEG 1500, 100 mM MMT buffer pH 9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.999995 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月15日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999995 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→30.06 Å / Num. obs: 16198 / % possible obs: 97.23 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 30.83 Å2 / CC1/2: 0.98 / CC star: 0.995 / Net I/σ(I): 9.85
反射 シェル解像度: 2.05→2.123 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.54 / Num. unique obs: 1652 / CC1/2: 0.323 / % possible all: 95.02

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3861精密化
Coot1.19_4092モデル構築
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→30.06 Å / SU ML: 0.2399 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.2322
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2617 807 5.03 %
Rwork0.2144 15239 -
obs0.2168 16046 97.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→30.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2084 0 0 127 2211
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00172119
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.46842887
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0409349
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038371
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.3280
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.180.29821320.24782468X-RAY DIFFRACTION95.87
2.18-2.350.31261340.25112516X-RAY DIFFRACTION97.53
2.35-2.580.32941340.25022538X-RAY DIFFRACTION97.77
2.58-2.960.33571340.24852547X-RAY DIFFRACTION98.42
2.96-3.720.24461360.20092573X-RAY DIFFRACTION98.19
3.72-30.060.21281370.1882597X-RAY DIFFRACTION95.86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0396583038042-0.00234491686741-0.02634530734460.09405427381720.01767972065430.02046228156760.1215603095090.0269247888451-0.1609650314070.07222307981890.0734967933592-0.1294546593630.1089227813920.1584036757350.7708180662650.454606056034-0.0780839638717-0.2305728082070.78324216063-0.06073519693340.39506146995722.64591507194.8723995241961.1709370148
20.106032780901-0.113429176864-0.02412098980620.447169110162-0.07100128173920.03455652464120.117166260171-0.485214823374-0.05059498831940.0462322080256-0.1368569177870.218722377128-0.2082475379550.2090987651470.005998941441380.332829550805-0.121786299468-0.02090064523070.717299225581-0.03242560125760.29041307494810.28382288622.2229406927961.8685494219
30.0853258594243-0.0143571433934-0.1043988064080.08127463889210.03244277976730.185469016117-0.0856171267428-0.482553355622-0.1275424113480.427957284078-0.0567533804860.0916204095858-0.2004663128920.034316153684-0.002783420145310.301160265845-0.04904463875340.01487146304850.539506602219-0.03594550242090.32948279522712.83923903964.8758657855352.3810060844
40.09832044425730.0279828893840.1211049705710.06423449505180.05847699294050.161994137521-0.04767210487070.1313433706380.1038996840350.04232748979610.0821982342472-0.2424966675640.07588253940090.08508252866550.001090932779040.278215573743-0.00701424603974-0.01906885670960.462437484084-0.04666926798150.33667281790511.42291729920.91517216702246.323470159
50.4084653212170.05557059728910.3993737908180.1892471711430.2239796701280.5466006875370.0548040246909-0.154393127212-0.0143527221834-0.0254198430995-0.0383307089840.05523670998590.0004547378124950.0712304689619-0.0001102043875540.231617462090.002688030414760.03270056950380.256045329469-0.03742271743310.344595416074.679828365793.0483157307133.1948498153
60.324404215484-0.2375178884130.0310503361570.2018237205250.009662474858130.5221713591820.07005440829030.09984555823090.0660974022745-0.0372317344817-0.0322158669844-0.0096427559287-0.0810660341856-0.03449684191959.72658295908E-50.301529128280.006874776880.007090778723030.229949349009-0.0379507078590.30647185554-1.9388935486816.778500398916.1432376523
70.376412644468-0.3152212176390.1102182705280.265565002599-0.07044485155330.2908601005690.1504849549790.03361705059290.1472184131870.0500864517907-0.1454968140180.126733824376-0.3321285224520.08588369429650.0002946061399910.337913916882-0.0214947643596-0.0002080271041370.219297799456-0.01432910313890.393174851421-1.713173460722.455225666514.3016484859
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 8 through 29 )8 - 291 - 19
22chain 'A' and (resid 30 through 49 )30 - 4920 - 39
33chain 'A' and (resid 50 through 80 )50 - 8040 - 66
44chain 'A' and (resid 81 through 102 )81 - 10267 - 88
55chain 'A' and (resid 103 through 190 )103 - 19089 - 176
66chain 'A' and (resid 191 through 243 )191 - 243177 - 229
77chain 'A' and (resid 244 through 288 )244 - 288230 - 274

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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