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- PDB-8qp6: Crystal structure of Hepatitis C Virus E1 glycoprotein epitope 31... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qp6

タイトル

Crystal structure of Hepatitis C Virus E1 glycoprotein epitope 314-324 scaffold design 1W4K_08 in complex with neutralizing antibody F(ab) fragment IGH526

要素

1W4K_08
F(ab) IGH526

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Scaffold protein / HCV Immunogen / Complex

生物種

Pyrobaculum aerophilum (古細菌)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Nagarathinam, K. / Krey, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Epitope-focused immunogens targeting the hepatitis C virus glycoproteins induce broadly neutralizing antibodies.
著者: Nagarathinam, K. / Scheck, A. / Labuhn, M. / Stroh, L.J. / Herold, E. / Veselkova, B. / Tune, S. / Cramer, J.T. / Rosset, S. / Vollers, S.S. / Bankwitz, D. / Ballmaier, M. / Boning, H. / ...

履歴

登録	2023年9月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qp6.cif.gz	849.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qp6.ent.gz	572.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qp6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8qp6_validation.pdf.gz	527.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qp6_full_validation.pdf.gz	544.9 KB	表示
XML形式データ	8qp6_validation.xml.gz	67.8 KB	表示
CIF形式データ	8qp6_validation.cif.gz	86.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/8qp6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/8qp6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8qp7C C: 同じ文献を引用 (文献)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: 1W4K_08

B: F(ab) IGH526

G: 1W4K_08

C: F(ab) IGH526

D: 1W4K_08

E: F(ab) IGH526

H: F(ab) IGH526

I: F(ab) IGH526

F: F(ab) IGH526

J: 1W4K_08

K: F(ab) IGH526

L: F(ab) IGH526

435 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.320, 121.760, 234.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "B" and (resid 2 through 13 or (resid 14...
d_2	ens_1	(chain "H" and (resid 2 through 5 or (resid 6...
d_1	ens_2	(chain "C" and (resid 4 through 27 or (resid 28...
d_2	ens_2	(chain "I" and ((resid 4 and (name N or name...
d_1	ens_3	(chain "E" and (resid 2 through 5 or (resid 6...
d_2	ens_3	(chain "K" and (resid 2 through 11 or (resid 12...
d_1	ens_4	(chain "F" and (resid 4 through 115 or (resid 116...
d_2	ens_4	(chain "L" and (resid 4 through 170 or (resid 171...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	VAL	VAL	LYS	LYS	B	B	2 - 227	2 - 227
d_2	1	ens_1	VAL	VAL	LYS	LYS	H	G	2 - 227	2 - 227
d_1	1	ens_2	LEU	LEU	LEU	LEU	C	D	4 - 112	272 - 380
d_1	2	ens_2	GLN	GLN	GLU	GLU	C	D	114 - 216	382 - 484
d_2	1	ens_2	LEU	LEU	GLU	GLU	I	H	4 - 216	272 - 484
d_1	1	ens_3	VAL	VAL	LYS	LYS	E	F	2 - 227	2 - 227
d_2	1	ens_3	VAL	VAL	LYS	LYS	K	K	2 - 227	2 - 227
d_1	1	ens_4	LEU	LEU	THR	THR	F	I	4 - 215	272 - 483
d_2	1	ens_4	LEU	LEU	THR	THR	L	L	4 - 215	272 - 483

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2
ens_3
ens_4

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.999938535994, -0.0084755088526, 0.00714772584683), (-0.00846788606888, 0.999963546122, 0.00109605333526), (-0.00715675489425, 0.00103545983931, -0.999973853999)	0.719874744756, -0.527473401376, -120.909347932
2	given	(-0.999839770816, -0.0144060408144, -0.0106253791711), (-0.0144762042098, 0.999873719299, 0.00655629213914), (0.0105295871787, 0.00670905678848, -0.999922055138)	-0.775785347324, -0.251574946297, -120.615383634
3	given	(0.999220710338, 0.0386213735117, 0.00814625921783), (0.0386301714187, -0.999253147883, -0.000925365639008), (0.00810443627491, 0.00123933590114, -0.999966390515)	36.8341920235, 0.73228903942, -3.7918843903
4	given	(0.999931522932, 0.0105674698309, 0.00502772597318), (0.0105862691873, -0.999937016962, -0.00372733342877), (0.00498802082816, 0.00378030305246, -0.999980414287)	36.036593193, -0.171834768731, -3.6657769145
5	given	(0.999711624842, 0.0231236870612, -0.00647782769346), (0.023091411821, -0.999720785865, -0.00501368219858), (-0.00659195381059, 0.00486265419021, -0.999966449807)	36.0210781155, 0.0606340944918, -3.98073843656
6	given	(-0.258794217315, 0.574805784052, 0.776288518338), (0.476298784119, 0.775108337049, -0.415146400785), (-0.840336254919, 0.262307789548, -0.47437285147)	79.0150726688, 56.3500772175, 18.209700009

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要素

#1: タンパク質	1W4K_08 分子量: 6400.279 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum aerophilum (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Gold
#2: 抗体	F(ab) IGH526 分子量: 51216.461 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M Ammonium acetate 0.1 M BIS-Tris 5.5 25 % w/v PEG 3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 1.0007 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月15日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0007 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→48.63 Å / Num. obs: 64890 / % possible obs: 99.41 % / 冗長度: 13.6 % / B_iso Wilson estimate: 70.17 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.18
反射シェル	解像度: 2.593→2.686 Å / 冗長度: 13.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.74 / Num. unique obs: 6325 / CC_1/2: 0.564 / % possible all: 97.58

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18_3861	精密化
Coot	1.18_3861	モデル構築
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.18_3861	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.59→48.63 Å / SU ML: 0.5097 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.7645
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2731	3227	5 %
R_work	0.2319	61368	-
obs	0.234	64595	99.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59→48.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13205	0	0	7	13212

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0018	13528
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5834	18513
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0433	2150
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0053	2364
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.5016	1898

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	B	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.599720302044
ens_2	d_2	D	C	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.489200723176
ens_3	d_2	F	E	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.369864925819
ens_4	d_2	I	F	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.358455549361

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.59-2.63	0.4789	128	0.4564	2484	X-RAY DIFFRACTION	95.09
2.63-2.67	0.4398	141	0.4227	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.47
2.67-2.72	0.4126	136	0.385	2605	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.72-2.76	0.4395	140	0.3835	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.76-2.81	0.4008	138	0.3412	2622	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.81-2.87	0.3863	140	0.33	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.87-2.93	0.4234	139	0.317	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.93-2.99	0.3648	140	0.3206	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.99-3.06	0.3485	137	0.3059	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.28
3.06-3.14	0.3672	140	0.3054	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.33
3.14-3.22	0.3341	136	0.3107	2626	X-RAY DIFFRACTION	99.46
3.22-3.32	0.3471	142	0.2884	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.36
3.32-3.42	0.2989	138	0.2702	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.42-3.55	0.3012	140	0.249	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.55-3.69	0.299	140	0.2485	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.5
3.69-3.85	0.2886	142	0.2386	2686	X-RAY DIFFRACTION	99.58
3.86-4.06	0.2685	141	0.2156	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.82
4.06-4.31	0.2237	142	0.184	2695	X-RAY DIFFRACTION	99.79
4.31-4.64	0.1958	141	0.1631	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.72
4.65-5.11	0.2186	143	0.165	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.79
5.11-5.85	0.221	144	0.1823	2725	X-RAY DIFFRACTION	99.86
5.85-7.37	0.2406	145	0.2235	2765	X-RAY DIFFRACTION	99.9
7.37-48.63	0.2374	154	0.1991	2890	X-RAY DIFFRACTION	99.25

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.07371612838	0.548679486734	-0.913073249596	3.07691782567	3.66088855099	5.52110449281	-1.17426124662	0.333075856336	-1.01025233733	-0.297507432425	0.514341177458	-0.465241728044	2.55078287562	0.3368248159	-1.11668457077	0.761295902993	-0.210742855053	0.060350378975	0.710570636302	-0.013851514414	0.712390880278	-22.073841989	-27.4231358209	-59.0182738125
2	0.63701180085	-0.379618323829	0.796482959364	0.344923472713	-0.942544676286	3.03120894393	0.525956385581	0.423016195087	-0.759198178215	-0.597306405854	0.967045054615	-1.06049094365	0.451125009622	0.0568855372438	4.34152853763	1.66600033898	-0.29316519543	0.345683966952	0.103860253218	-0.402281617032	0.933691820802	-26.3371595024	-34.7369011323	-54.0248333089
3	6.53126191218	-2.80970358892	-5.42538730454	3.09195417904	3.6255522339	5.39378145924	-0.518244018194	2.57752093431	-2.05101138856	-1.32881305873	-1.67543695676	-2.19598317413	1.57892437365	-0.521436851186	-0.249396300359	2.59582190452	0.107945618497	-0.274248462524	1.46665521501	-0.0239811720208	1.310475685	-24.7861382082	-39.7288912618	-45.4716041002
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51	-0.100994779097	-0.197849175497	0.507271330371	1.53372916451	0.670864131371	1.88106315957	-0.0739730051397	0.272649039368	-0.173487082391	0.234324160192	0.177570197995	-0.158108703259	0.118657385169	0.126696927663	-0.000711444355616	0.788548160686	-0.129271669525	0.0264172435994	0.941176380484	0.000180104107238	0.791232811123	9.48509890115	1.37666066046	19.1782740365
52	2.52789870624	1.07473555771	0.998458675891	1.70873600778	-1.67545124794	3.03854980833	0.112672392835	-0.0291668317279	-0.515992530254	0.0881042411664	-0.357840214021	-0.353396033663	0.363373574408	1.04054034244	-0.000116541333656	0.77293875369	0.0427747082982	-0.022212373272	1.19001371573	0.0774045314533	0.801163872174	13.7076827077	-6.22853234207	1.70079124213
53	1.4285764001	1.46501730567	0.4124510619	1.30070960077	0.555180237611	0.273989935296	-0.471779106872	-0.0934924853328	-0.517405718734	-0.218227435967	-0.36999453837	-0.00891051533158	1.1115133132	0.62262041699	-0.00412652887593	0.892884895254	0.315501954475	-0.0275485661544	1.00913970454	0.111285092323	0.953600741963	14.3118015378	-14.9822142659	4.90653621911

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 5 through 19 )	A	A	5 - 19	1 - 15
2	2	chain 'A' and (resid 20 through 36 )	A	A	20 - 36	16 - 22
3	3	chain 'A' and (resid 37 through 44 )	A	A	37 - 44	23 - 30
4	4	chain 'B' and (resid 2 through 18 )	B	B	2 - 18	1 - 17
5	5	chain 'B' and (resid 19 through 40 )	B	B	19 - 40	18 - 39
6	6	chain 'B' and (resid 41 through 65 )	B	B	41 - 65	40 - 64
7	7	chain 'B' and (resid 66 through 84 )	B	B	66 - 84	65 - 83
8	8	chain 'B' and (resid 85 through 124 )	B	B	85 - 124	84 - 123
9	9	chain 'B' and (resid 125 through 147 )	B	B	125 - 147	124 - 139
10	10	chain 'B' and (resid 148 through 216 )	B	B	148 - 216	140 - 208
11	11	chain 'B' and (resid 217 through 228 )	B	B	217 - 228	209 - 220
12	12	chain 'G' and (resid 5 through 9 )	G	C	5 - 9	1 - 5
13	13	chain 'G' and (resid 10 through 19 )	G	C	10 - 19	6 - 15
14	14	chain 'C' and (resid 4 through 106 )	C	D	4 - 106	1 - 103
15	15	chain 'C' and (resid 107 through 193 )	C	D	107 - 193	104 - 190
16	16	chain 'C' and (resid 194 through 216 )	C	D	194 - 216	191 - 213
17	17	chain 'D' and (resid 5 through 9 )	D	E	5 - 9	1 - 5
18	18	chain 'D' and (resid 10 through 22 )	D	E	10 - 22	6 - 18
19	19	chain 'E' and (resid 2 through 124 )	E	F	2 - 124	1 - 123
20	20	chain 'E' and (resid 125 through 227 )	E	F	125 - 227	124 - 219
21	21	chain 'H' and (resid 2 through 18 )	H	G	2 - 18	1 - 17
22	22	chain 'H' and (resid 19 through 40 )	H	G	19 - 40	18 - 39
23	23	chain 'H' and (resid 41 through 52 )	H	G	41 - 52	40 - 51
24	24	chain 'H' and (resid 53 through 84 )	H	G	53 - 84	52 - 83
25	25	chain 'H' and (resid 85 through 100 )	H	G	85 - 100	84 - 99
26	26	chain 'H' and (resid 101 through 147 )	H	G	101 - 147	100 - 139
27	27	chain 'H' and (resid 148 through 170 )	H	G	148 - 170	140 - 162
28	28	chain 'H' and (resid 171 through 188 )	H	G	171 - 188	163 - 180
29	29	chain 'H' and (resid 189 through 216 )	H	G	189 - 216	181 - 208
30	30	chain 'H' and (resid 217 through 227 )	H	G	217 - 227	209 - 219
31	31	chain 'I' and (resid 4 through 25 )	I	H	4 - 25	1 - 22
32	32	chain 'I' and (resid 26 through 51 )	I	H	26 - 51	23 - 48
33	33	chain 'I' and (resid 52 through 64 )	I	H	52 - 64	49 - 61
34	34	chain 'I' and (resid 65 through 119 )	I	H	65 - 119	62 - 115
35	35	chain 'I' and (resid 120 through 193 )	I	H	120 - 193	116 - 189
36	36	chain 'I' and (resid 194 through 216 )	I	H	194 - 216	190 - 212
37	37	chain 'F' and (resid 3 through 25 )	F	I	3 - 25	1 - 23
38	38	chain 'F' and (resid 26 through 106 )	F	I	26 - 106	24 - 104
39	39	chain 'F' and (resid 107 through 135 )	F	I	107 - 135	105 - 133
40	40	chain 'F' and (resid 136 through 215 )	F	I	136 - 215	134 - 213
41	41	chain 'J' and (resid 5 through 9 )	J	J	5 - 9	1 - 5
42	42	chain 'J' and (resid 10 through 19 )	J	J	10 - 19	6 - 15
43	43	chain 'J' and (resid 20 through 36 )	J	J	20 - 36	16 - 24
44	44	chain 'J' and (resid 37 through 44 )	J	J	37 - 44	25 - 32
45	45	chain 'K' and (resid 2 through 18 )	K	K	2 - 18	1 - 17
46	46	chain 'K' and (resid 19 through 124 )	K	K	19 - 124	18 - 123
47	47	chain 'K' and (resid 125 through 227 )	K	K	125 - 227	124 - 219
48	48	chain 'L' and (resid 4 through 25 )	L	L	4 - 25	1 - 22
49	49	chain 'L' and (resid 26 through 78 )	L	L	26 - 78	23 - 75
50	50	chain 'L' and (resid 79 through 95 )	L	L	79 - 95	76 - 92
51	51	chain 'L' and (resid 96 through 124 )	L	L	96 - 124	93 - 121
52	52	chain 'L' and (resid 125 through 203 )	L	L	125 - 203	122 - 200
53	53	chain 'L' and (resid 204 through 215 )	L	L	204 - 215	201 - 212

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