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- PDB-8qoy: Capsular polysaccharide synthesis multienzyme of Actinobacillus P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qoy
タイトルCapsular polysaccharide synthesis multienzyme of Actinobacillus Pleuropneumoniae serotype 3
要素TagF-like capsule polymerase Cps3D
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Bacterial protein
機能・相同性
機能・相同性情報


CDP-glycerol glycerophosphotransferase activity / teichoic acid biosynthetic process / glycosyltransferase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CDP-glycerol glycerophosphotransferase / CDP-glycerol glycerophosphotransferase, C-terminal domain / CDP-glycerol glycerophosphotransferase, N-terminal domain / : / CDP-Glycerol:Poly(glycerophosphate) glycerophosphotransferase / Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat profile. ...CDP-glycerol glycerophosphotransferase / CDP-glycerol glycerophosphotransferase, C-terminal domain / CDP-glycerol glycerophosphotransferase, N-terminal domain / : / CDP-Glycerol:Poly(glycerophosphate) glycerophosphotransferase / Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TagF-like capsule polymerase Cps3D
類似検索 - 構成要素
生物種Actinobacillus pleuropneumoniae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Di Domenico, V. / Litschko, C. / Schulze, J. / Bethe, A. / Cifuente, J.O. / Marina, A. / Budde, I. / Mast, T.A. / Sulewska, M. / Berger, M. ...Di Domenico, V. / Litschko, C. / Schulze, J. / Bethe, A. / Cifuente, J.O. / Marina, A. / Budde, I. / Mast, T.A. / Sulewska, M. / Berger, M. / Buettner, F. / Gerardy-Schahn, R. / Fiebig, T. / Guerin, M.E.
資金援助 スペイン, ドイツ, 2件
組織認可番号
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)PID2022-138694OB-I00 スペイン
German Research Foundation (DFG)412824531 ドイツ
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / : 2024
タイトル: Transition transferases prime bacterial capsule polymerization.
著者: Litschko, C. / Di Domenico, V. / Schulze, J. / Li, S. / Ovchinnikova, O.G. / Voskuilen, T. / Bethe, A. / Cifuente, J.O. / Marina, A. / Budde, I. / Mast, T.A. / Sulewska, M. / Berger, M. / ...著者: Litschko, C. / Di Domenico, V. / Schulze, J. / Li, S. / Ovchinnikova, O.G. / Voskuilen, T. / Bethe, A. / Cifuente, J.O. / Marina, A. / Budde, I. / Mast, T.A. / Sulewska, M. / Berger, M. / Buettner, F.F.R. / Lowary, T.L. / Whitfield, C. / Codee, J.D.C. / Schubert, M. / Guerin, M.E. / Fiebig, T.
履歴
登録2023年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TagF-like capsule polymerase Cps3D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,3934
ポリマ-134,1361
非ポリマー2583
36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Physiological dimer confirmed with SEC experiment.
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area300 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area46940 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)207.911, 207.911, 93.659
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Space group name HallP32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 TagF-like capsule polymerase Cps3D


分子量: 134135.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinobacillus pleuropneumoniae (バクテリア)
遺伝子: cps3D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S0ETM3
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 1.6 M magnesium sulphate heptahydrate, 0.1 M MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.67 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.67 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→41.55 Å / Num. obs: 46791 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 62.5 % / Biso Wilson estimate: 54.33 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 9.23
反射 シェル解像度: 3→3.107 Å / Num. unique obs: 4630 / CC1/2: 0.936

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→41.55 Å / SU ML: 0.3766 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.1214
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2208 2297 4.91 %
Rwork0.1826 44454 -
obs0.1845 46751 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→41.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8480 0 11 20 8511
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028707
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.489411781
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04111260
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041517
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.09311148
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.070.28361580.27972714X-RAY DIFFRACTION99.97
3.07-3.140.32251550.25252748X-RAY DIFFRACTION99.83
3.14-3.210.33621300.25112776X-RAY DIFFRACTION99.97
3.21-3.30.29411220.2512792X-RAY DIFFRACTION99.93
3.3-3.40.28321580.23292709X-RAY DIFFRACTION99.93
3.4-3.510.2641540.20792764X-RAY DIFFRACTION99.9
3.51-3.630.26051440.20112752X-RAY DIFFRACTION99.97
3.63-3.780.23471480.1832751X-RAY DIFFRACTION99.9
3.78-3.950.23821660.17422734X-RAY DIFFRACTION99.93
3.95-4.160.1911390.16462785X-RAY DIFFRACTION99.97
4.16-4.420.15661280.14962794X-RAY DIFFRACTION100
4.42-4.760.17071270.14452804X-RAY DIFFRACTION100
4.76-5.240.19321230.15522810X-RAY DIFFRACTION100
5.24-5.990.21651570.17962793X-RAY DIFFRACTION100
5.99-7.540.20591230.18162842X-RAY DIFFRACTION100
7.55-41.550.16681650.14842886X-RAY DIFFRACTION99.38
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -66.401205265 Å / Origin y: -55.359835971 Å / Origin z: 7.70951849694 Å
111213212223313233
T0.388299117015 Å20.0631679916384 Å20.0252859318659 Å2-0.466690774974 Å2-0.0108810878476 Å2--0.40587241979 Å2
L0.406661785631 °2-0.232046300253 °20.104926863865 °2-0.260247770459 °2-0.071539159408 °2--0.131927718212 °2
S-0.01297425348 Å °-0.0379577880898 Å °0.0822992441933 Å °0.0242818506002 Å °0.0288819919718 Å °-0.0309781348374 Å °-0.0369450463777 Å °0.016685646817 Å °0.00828706591665 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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