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万見
- PDB-8qo5: Conserved Structures and Dynamics in 5-Proximal Regions of Betaco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qo5
タイトルConserved Structures and Dynamics in 5-Proximal Regions of Betacoronavirus RNA Genomes
要素SARS-CoV-2-SL5
キーワードVIRUS / RNA structure / 5-proximal region / Coronavirus / Cryo-EM
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å
データ登録者Moura, T.R. / Purta, E. / Bernat, A. / Baulin, E. / Mukherjee, S. / Bujnicki, J.M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science Centre ポーランド
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: Conserved structures and dynamics in 5'-proximal regions of Betacoronavirus RNA genomes.
著者: Tales Rocha de Moura / Elżbieta Purta / Agata Bernat / Eva M Martín-Cuevas / Małgorzata Kurkowska / Eugene F Baulin / Sunandan Mukherjee / Jakub Nowak / Artur P Biela / Michał Rawski / ...著者: Tales Rocha de Moura / Elżbieta Purta / Agata Bernat / Eva M Martín-Cuevas / Małgorzata Kurkowska / Eugene F Baulin / Sunandan Mukherjee / Jakub Nowak / Artur P Biela / Michał Rawski / Sebastian Glatt / Fernando Moreno-Herrero / Janusz M Bujnicki /
要旨: Betacoronaviruses are a genus within the Coronaviridae family of RNA viruses. They are capable of infecting vertebrates and causing epidemics as well as global pandemics in humans. Mitigating the ...Betacoronaviruses are a genus within the Coronaviridae family of RNA viruses. They are capable of infecting vertebrates and causing epidemics as well as global pandemics in humans. Mitigating the threat posed by Betacoronaviruses requires an understanding of their molecular diversity. The development of novel antivirals hinges on understanding the key regulatory elements within the viral RNA genomes, in particular the 5'-proximal region, which is pivotal for viral protein synthesis. Using a combination of cryo-electron microscopy, atomic force microscopy, chemical probing, and computational modeling, we determined the structures of 5'-proximal regions in RNA genomes of Betacoronaviruses from four subgenera: OC43-CoV, SARS-CoV-2, MERS-CoV, and Rousettus bat-CoV. We obtained cryo-electron microscopy maps and determined atomic-resolution models for the stem-loop-5 (SL5) region at the translation start site and found that despite low sequence similarity and variable length of the helical elements it exhibits a remarkable structural conservation. Atomic force microscopy imaging revealed a common domain organization and a dynamic arrangement of structural elements connected with flexible linkers across all four Betacoronavirus subgenera. Together, these results reveal common features of a critical regulatory region shared between different Betacoronavirus RNA genomes, which may allow targeting of these RNAs by broad-spectrum antiviral therapeutics.
履歴
登録2023年9月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年4月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SARS-CoV-2-SL5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5431
ポリマ－46,5431
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: RNA鎖 SARS-CoV-2-SL5


分子量: 46543.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
参照: GenBank: MN908947.3

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 / タイプ: VIRUS / 詳細: in vitro transcription / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: synthetic construct (人工物)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: YES / 単離: OTHER / タイプ: VIROID
天然宿主生物種: synthetic construct
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM KCl, 50 mM NaCl
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHepes1
250 mMsodium chlorideNaCl1
350 mMPotassium chlorideKCl1
試料濃度: 1.18 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2100 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4粒子像選択
4cryoSPARC4CTF補正
10cryoSPARC4初期オイラー角割当
11cryoSPARC4最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29234 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0023437
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4955354
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.7081737
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.023725
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.003145

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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