PDB-8qnu: Metarhizium robertsii Woronin body major protein (HEX-1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qnu

タイトル

Metarhizium robertsii Woronin body major protein (HEX-1)

要素

Woronin body major protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / self-assembly / natively crystallizing / HEX-1 / Woronin Body Major Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of translational elongation / translation elongation factor activity / ribosome binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Metarhizium robertsii (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Boger, J. / Redecke, L.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Comparison of different HEX-1 proteins
著者: Boger, J. / Redecke, L.

履歴

登録	2023年9月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qnu.cif.gz	88.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qnu.ent.gz	55 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qnu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qnu_validation.pdf.gz	421.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qnu_full_validation.pdf.gz	423.1 KB	表示
XML形式データ	8qnu_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	8qnu_validation.cif.gz	12.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/8qnu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/8qnu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Woronin body major protein

23.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.650, 57.650, 198.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22
Space group name Hall	P6₅2(x,y,z+1/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+1/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+2/3 #10: -y,-x,-z+1/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+5/6

#1: タンパク質	Woronin body major protein 分子量: 23305.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Metarhizium robertsii (菌類) / 遺伝子: MAA_00782 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: E9EN82
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.73 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: in cell 詳細: MrHEX-1 crystallized spontaneously in living T. ni High Five cells after recombinant expression using the baculovirus expression system (DH10EmBacY)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→66.1 Å / Num. obs: 21819 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 880.6 % / B_iso Wilson estimate: 28.05 Å² / CC_1/2: 0.9988 / Net I/σ(I): 21.92
反射シェル	解像度: 1.72→1.73 Å / Num. unique obs: 1065 / CC_1/2: 0.2594
Serial crystallography sample delivery	手法: fixed target

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
CrystFEL		データ削減
CrystFEL		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.72→49.93 Å / SU ML: 0.205 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.7655
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2241	3026	7.75 %
R_work	0.192	36020	-
obs	0.1945	21620	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.72→49.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1156	0	0	93	1249

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0057	1177
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8392	1593
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	185
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0056	202
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.2625	159

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.72-1.75	0.3825	134	0.3961	1564	X-RAY DIFFRACTION	94.7
1.75-1.78	0.3387	134	0.3367	1605	X-RAY DIFFRACTION	99.31
1.78-1.81	0.342	138	0.2848	1651	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.81-1.84	0.2494	139	0.2551	1633	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.87	0.2787	133	0.2262	1650	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.91	0.2306	133	0.2104	1638	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.95	0.2214	140	0.2053	1653	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2	0.2105	139	0.1849	1649	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2-2.05	0.1692	140	0.1825	1609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.11	0.2182	139	0.1881	1643	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.11-2.17	0.2388	139	0.1829	1640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.24	0.2237	138	0.1823	1653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.32	0.217	138	0.1868	1660	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.32-2.41	0.2376	141	0.1814	1625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.52	0.2451	136	0.1983	1642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.65	0.2661	137	0.2035	1625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.82	0.2752	139	0.1959	1649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-3.04	0.2271	141	0.2059	1657	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.34	0.2268	134	0.2013	1644	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.82	0.222	140	0.1747	1645	X-RAY DIFFRACTION	100
3.83-4.81	0.1874	131	0.148	1643	X-RAY DIFFRACTION	100
4.82-49.93	0.1994	143	0.2017	1642	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.90942394039	1.80511439938	3.59550536958	2.13297112487	0.356928767745	7.9408460192	0.0646777024969	-0.243912472792	-0.250056930134	-0.0806511687612	0.286342380808	-0.250917306737	-1.12308999845	-0.342064195155	-0.285244907701	0.836918827488	0.18116126846	0.025489786008	0.543022446084	0.0331948384153	0.798037716236	32.6481688188	42.663286111	50.3950988295
2	3.74226212726	1.20356013571	2.25381972647	1.83555380592	0.337789489537	2.49031241848	-0.0890497442394	-0.0703271615605	0.174158243822	0.0955056181164	-0.114408453107	-0.0336854390424	-0.195410067885	0.144907999054	0.203076995581	0.158105554956	-0.0287897717815	0.00347731800849	0.169495875506	0.00145643501764	0.149804229258	34.0586332023	28.5644384852	39.8333770411
3	6.37210023242	-2.45823740581	1.3108348658	7.4820312931	0.611829977237	3.59306090762	-0.168275843574	-0.19031002916	-0.193393188604	0.199729675829	0.131948662203	0.0144296553865	0.0701565654135	0.0368257261963	0.0513161727991	0.16006086754	0.00673318143422	0.0144754827543	0.213626559224	0.00696858975672	0.199218676611	8.83741474281	27.3077860237	36.5612083015

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 31 )	1 - 31	1 - 9
2	2	chain 'A' and (resid 32 through 103 )	32 - 103	10 - 81
3	3	chain 'A' and (resid 104 through 172 )	104 - 172	82 - 150

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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