PDB-8qns: Crystal structure of murine AIF bound to N-terminal domain of CHCHD4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qns

タイトル

Crystal structure of murine AIF bound to N-terminal domain of CHCHD4

要素

Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial
Mitochondrial intermembrane space import and assembly protein 40

キーワード

PROTEIN BINDING / apoptosis inducing factor / mitochondrial protein / FAD / NAD / protein complex / flavoprotein / Rossmann fold topology

機能・相同性

機能・相同性情報

: / peptidyl-cysteine oxidation / 'de novo' post-translational protein folding / electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase activity / regulation of apoptotic DNA fragmentation / 酸化還元酵素; その他が電子受容体 / positive regulation of cellular respiration / mitochondrial respiratory chain complex assembly / establishment of protein localization to mitochondrion / protein import into mitochondrial intermembrane space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.206 Å

データ登録者

Fagnani, E. / Milani, M.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: CHCHD4 binding affects the active site of apoptosis inducing factor (AIF): Structural determinants for allosteric regulation.
著者: Fagnani, E. / Cocomazzi, P. / Pellegrino, S. / Tedeschi, G. / Scalvini, F.G. / Cossu, F. / Da Vela, S. / Aliverti, A. / Mastrangelo, E. / Milani, M.

履歴

登録	2023年9月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8qns.ent.gz	611.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qns.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qns_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qns_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	8qns_validation.xml.gz	67.5 KB	表示
CIF形式データ	8qns_validation.cif.gz	90.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/8qns ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/8qns	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (3) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #5 - 2000年5月シトクロムc酸化酵素 (Cytochrome c Oxidase) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#153 - 2012年9月
ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex)
類似性 (3)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (3)
#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#5 - 2000年5月
シトクロムc酸化酵素 (Cytochrome c Oxidase)
類似性 (1)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial

D: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial

G: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial

J: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial

M: Mitochondrial intermembrane space import and assembly protein 40

N: Mitochondrial intermembrane space import and assembly protein 40

O: Mitochondrial intermembrane space import and assembly protein 40

P: Mitochondrial intermembrane space import and assembly protein 40

ヘテロ分子

247 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial

M: Mitochondrial intermembrane space import and assembly protein 40

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: cross-linking
61.8 kDa, 2 ポリマー
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2

D: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial

O: Mitochondrial intermembrane space import and assembly protein 40

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: cross-linking
61.8 kDa, 2 ポリマー
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3

G: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial

N: Mitochondrial intermembrane space import and assembly protein 40

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: cross-linking
61.8 kDa, 2 ポリマー
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4

J: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial

P: Mitochondrial intermembrane space import and assembly protein 40

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: cross-linking
61.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	110.087, 115.619, 192.727
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	A	125 - 612
2	1	1	A	125 - 612
3	2	2	A	127 - 611
4	2	2	A	127 - 611
5	3	3	A	128 - 610
6	3	3	A	128 - 610
7	4	4	A	127 - 612
8	4	4	A	127 - 612
9	5	5	A	128 - 610
10	5	5	A	128 - 610
11	6	6	A	128 - 610
12	6	6	A	128 - 610
13	7	7	A	2 - 18
14	7	7	A	2 - 18
15	8	8	A	3 - 18
16	8	8	A	3 - 18
17	9	9	A	3 - 19
18	9	9	A	3 - 19

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Global NCS restraints between domains: 1 2
2	Global NCS restraints between domains: 3 4
3	Global NCS restraints between domains: 5 6
4	Global NCS restraints between domains: 7 8
5	Global NCS restraints between domains: 9 10
6	Global NCS restraints between domains: 11 12
7	Global NCS restraints between domains: 13 14
8	Global NCS restraints between domains: 15 16
9	Global NCS restraints between domains: 17 18

#1: タンパク質	Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial / Programmed cell death protein 8 分子量: 57149.871 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Aifm1, Aif, Pdcd8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Z0X1, 酸化還元酵素; その他が電子受容体
#2: タンパク質・ペプチド	Mitochondrial intermembrane space import and assembly protein 40 分子量: 3162.486 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8VEA4
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.56 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20% PEG 6k, 100 mM Tris-HCl pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.96546 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96546 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.206→99.146 Å / Num. obs: 24919 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.303 / R_pim(I) all: 0.086 / R_rim(I) all: 0.315 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 3.206→3.483 Å / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 1.878 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1247 / CC_1/2: 0.656 / R_pim(I) all: 0.525 / R_rim(I) all: 1.951 / % possible all: 64.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.206→99.146 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.918 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.869 / SU B: 77.311 / SU ML: 0.598 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.863 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2844	1236	4.96 %	RANDOM
R_work	0.2325	23683	-	-
all	0.235	-	-	-
obs	-	24919	60.652 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.592 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.107 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.913 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.194 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.206→99.146 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14227	0	388	86	14701

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	14932
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	14311
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.204	1.655	20228
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.67	1.582	32917
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.535	5	1819
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.763	5	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.965	12.5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.478	10	2538
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.143	10	643
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	2230
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.537	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	17566
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	3434
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	3018
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.228	0.2	14487
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	7227
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	8197
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	339
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.023	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.238	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.288	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.607	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0	2	7315
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0	2	7315
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0	3.592	9121
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0	3.592	9122
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0	2.232	7617
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0	2.232	7618
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0	4.133	11107
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0	4.133	11108
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.461	21.186	16289
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.461	21.18	16287

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	tight positional; tight thermal	0.21856	0.08661
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	tight positional; tight thermal	0.21856	0.08661
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	tight positional; tight thermal	0.22047	0.08661
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	tight positional; tight thermal	0.22047	0.08661
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	tight positional; tight thermal	0.18758	0.08661
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	tight positional; tight thermal	0.18758	0.08661
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	tight positional; tight thermal	0.20329	0.08661
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	tight positional; tight thermal	0.20329	0.08661
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	tight positional; tight thermal	0.11847	0.08661
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	tight positional; tight thermal	0.11847	0.08661
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	tight positional; tight thermal	0.11696	0.08661
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	tight positional; tight thermal	0.11696	0.08661
7	13	A	X-RAY DIFFRACTION	tight positional; tight thermal	0.44928	0.07071
7	14	A	X-RAY DIFFRACTION	tight positional; tight thermal	0.44928	0.07071
8	15	A	X-RAY DIFFRACTION	tight positional; tight thermal	0.25785	0.07071
8	16	A	X-RAY DIFFRACTION	tight positional; tight thermal	0.25785	0.07071
9	17	A	X-RAY DIFFRACTION	tight positional; tight thermal	0.3255	0.07071
9	18	A	X-RAY DIFFRACTION	tight positional; tight thermal	0.3255	0.07071

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.206-3.289	0.363	8	0.324	157	0.326	2954	0.913	0.907	5.5856	0.323
3.289-3.379	0.404	12	0.313	382	0.316	2938	0.919	0.92	13.4105	0.305
3.379-3.477	0.235	27	0.319	614	0.316	2844	0.976	0.925	22.5387	0.313
3.477-3.584	0.362	42	0.295	854	0.298	2751	0.882	0.936	32.57	0.289
3.584-3.701	0.376	54	0.271	1016	0.276	2695	0.911	0.947	39.7032	0.261
3.701-3.831	0.339	73	0.282	1145	0.285	2573	0.916	0.941	47.3377	0.269
3.831-3.975	0.331	58	0.282	1349	0.284	2519	0.928	0.942	55.8555	0.261
3.975-4.138	0.296	71	0.258	1477	0.26	2417	0.938	0.954	64.0463	0.234
4.138-4.321	0.273	84	0.237	1580	0.239	2316	0.954	0.963	71.848	0.208
4.321-4.532	0.262	89	0.226	1641	0.228	2222	0.962	0.967	77.8578	0.198
4.532-4.776	0.273	78	0.212	1711	0.214	2126	0.948	0.969	84.1486	0.186
4.776-5.065	0.244	105	0.212	1688	0.214	1997	0.956	0.971	89.7847	0.185
5.065-5.414	0.311	95	0.224	1684	0.228	1904	0.936	0.966	93.4349	0.197
5.414-5.846	0.295	80	0.254	1689	0.256	1770	0.957	0.958	99.9435	0.221
5.846-6.402	0.32	72	0.242	1579	0.246	1651	0.928	0.965	100	0.221
6.402-7.154	0.38	77	0.252	1405	0.259	1482	0.93	0.963	100	0.232
7.154-8.254	0.268	69	0.215	1260	0.217	1329	0.943	0.971	100	0.201
8.254-10.091	0.211	71	0.169	1071	0.172	1142	0.974	0.983	100	0.175
10.091-14.197	0.252	37	0.179	865	0.182	902	0.957	0.982	100	0.193
14.197-99.146	0.27	34	0.299	516	0.297	551	0.934	0.933	99.8185	0.313

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1638	-0.9226	0.9236	5.4506	0.3303	3.678	-0.0813	-0.1841	0.1448	0.1937	0.0831	-0.1811	-0.2217	-0.0091	-0.0018	0.2185	-0.0705	-0.0455	0.0641	-0.013	0.0311	1.6104	23.59	44.8759
2	2.0549	0.047	-0.0642	3.1283	-0.3818	4.8605	0.2543	0.824	0.0484	-0.2606	0.0313	-0.4256	0.3338	0.5732	-0.2856	0.2186	0.1237	-0.004	0.4644	-0.0755	0.1378	2.9143	2.4699	3.4652
3	1.9594	-0.322	0.5807	2.81	-0.2613	3.5894	0.095	-0.7617	0.235	-0.0322	0.0268	-0.2454	-0.2483	-0.4811	-0.1218	0.1008	-0.0189	-0.1116	0.9165	-0.0096	0.3302	-52.5993	18.308	47.6283
4	3.5927	0.5211	0.8515	3.2945	1.4668	2.9073	0.3492	0.9613	-1.559	-0.4253	0.1146	-0.5884	0.3296	0.0647	-0.4638	0.3952	0.1638	-0.1839	1.0183	-0.3076	1.0467	-53.1688	-3.8933	6.8682
5	30.3723	6.7554	-18.1366	2.7612	-2.9366	11.8708	-0.1631	-0.2202	0.1479	-0.206	-0.2818	0.7942	0.0202	-0.2058	0.4449	0.5733	0.1868	-0.177	0.42	0.0849	0.6666	-24.6924	37.6387	36.2256
6	11.0767	6.8274	3.9084	5.2605	1.4344	2.2899	0.1315	-0.2848	-0.1506	0.1289	-0.0733	-0.1054	-0.0278	-0.1246	-0.0581	0.4803	-0.0243	0.0654	0.7822	-0.0702	0.7942	-26.2969	3.2066	56.2252
7	10.5905	-3.7566	-6.2263	1.3476	2.22	3.6856	-0.5688	0.1584	-0.4861	0.2356	0.1172	0.1677	0.34	0.0132	0.4515	0.8699	0.1371	-0.0195	1.3862	-0.0964	1.2661	29.0581	18.4911	-4.1677
8	0.3219	1.6356	0.4873	8.4223	2.4935	0.7425	-0.0124	0.0528	-0.0383	0.0142	0.011	0.0283	0.0035	0.0718	0.0014	0.4941	-0.0394	-0.006	1.1099	-0.1135	0.9329	-76.3642	-18.3131	18.7114

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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