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- PDB-8qnq: Structure of the toxin-antitoxin NatRT complex from Pseudomonas a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qnq
タイトルStructure of the toxin-antitoxin NatRT complex from Pseudomonas aeruginosa. NatTE29D mutant
要素
  • Antitoxin Xre/MbcA/ParS-like toxin-binding domain-containing protein
  • RES domain-containing protein
キーワードTOXIN / RES domain NADase NAD+ Pseudomonas aeruginosa
機能・相同性Antitoxin Xre/MbcA/ParS-like, toxin-binding domain / Antitoxin Xre/MbcA/ParS C-terminal toxin-binding domain / RES domain / RES domain / RES / PHOSPHATE ION / RES domain-containing protein / Antitoxin Xre/MbcA/ParS-like toxin-binding domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.386 Å
データ登録者Dias Teixeira, R. / Hiller, S. / Jenal, U.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030_189253 スイス
Swiss National Science Foundation51NF40_180541 スイス
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2024
タイトル: Toxin-mediated depletion of NAD and NADP drives persister formation in a human pathogen.
著者: Santi, I. / Dias Teixeira, R. / Manfredi, P. / Hernandez Gonzalez, H. / Spiess, D.C. / Mas, G. / Klotz, A. / Kaczmarczyk, A. / Zamboni, N. / Hiller, S. / Jenal, U.
履歴
登録2023年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antitoxin Xre/MbcA/ParS-like toxin-binding domain-containing protein
B: Antitoxin Xre/MbcA/ParS-like toxin-binding domain-containing protein
C: RES domain-containing protein
D: Antitoxin Xre/MbcA/ParS-like toxin-binding domain-containing protein
E: Antitoxin Xre/MbcA/ParS-like toxin-binding domain-containing protein
F: RES domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,76810
ポリマ－116,3886
非ポリマー3804
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18720 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area38870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.422, 107.706, 93.528
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Antitoxin Xre/MbcA/ParS-like toxin-binding domain-containing protein


分子量: 14186.486 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: PA1029 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I4U5
#2: タンパク質 RES domain-containing protein


分子量: 29820.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: PA1030 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I4U4
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: in 0.2 M sodium/potassium phosphate pH 7.5, 0.1 M HEPES 7.5, 22.5 % v/v, PEG Smear Medium, 10 % v/v Glycerol from condition G11 of BCS screen (Molecular dimensions)

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→90.72 Å / Num. obs: 39257 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.21 / Rpim(I) all: 0.094 / Rrim(I) all: 0.24 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.38→2.42 Å / Rmerge(I) obs: 1.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2102 / CC1/2: 0.665 / Rpim(I) all: 0.54 / Rrim(I) all: 1.45 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.386→53.853 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 1971 5.03 %
Rwork0.2338 --
obs0.2356 39149 92.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.386→53.853 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7730 0 20 62 7812
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047926
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70410760
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.5794778
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511191
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041393
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3861-2.44580.36391610.31962832X-RAY DIFFRACTION99
2.4458-2.51190.36711430.3042831X-RAY DIFFRACTION98
2.5119-2.58580.36791370.32322800X-RAY DIFFRACTION98
2.5858-2.66930.4067920.31121663X-RAY DIFFRACTION93
2.6693-2.76470.3523820.30531459X-RAY DIFFRACTION83
2.7647-2.87540.31541530.28772828X-RAY DIFFRACTION99
2.8754-3.00620.32771420.28462859X-RAY DIFFRACTION99
3.0062-3.16470.31741500.2822847X-RAY DIFFRACTION99
3.1647-3.3630.30511530.26542850X-RAY DIFFRACTION99
3.363-3.62260.2911440.24382780X-RAY DIFFRACTION97
3.6226-3.9870.23081680.21752786X-RAY DIFFRACTION97
3.987-4.56370.23771710.1882837X-RAY DIFFRACTION99
4.5637-5.74870.22331430.19312894X-RAY DIFFRACTION99
5.7487-53.8530.20621320.18462912X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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