PDB-8qnd: Crystal structure of the ribonucleoside hydrolase C from Lactobac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qnd

タイトル

Crystal structure of the ribonucleoside hydrolase C from Lactobacillus reuteri

要素

Inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase

キーワード

HYDROLASE / Ribonucleoside hydrolase C / lactobacilli

機能・相同性

機能・相同性情報

purine nucleosidase activity / purine nucleoside catabolic process / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Limosilactobacillus reuteri (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Matyuta, I.O. / Minyaev, M.E. / Shaposhnikov, L.A. / Pometun, A.A. / Tishkov, V.I. / Popov, V.O. / Boyko, K.M.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Structure-Functional Examination of Novel Ribonucleoside Hydrolase C (RihC) from Limosilactobacillus reuteri LR1.
著者: Shaposhnikov, L.A. / Chikurova, N.Y. / Atroshenko, D.L. / Savin, S.S. / Kleymenov, S.Y. / Chernobrovkina, A.V. / Pometun, E.V. / Minyaev, M.E. / Matyuta, I.O. / Hushpulian, D.M. / Boyko, K.M. ...

履歴

登録	2023年9月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_entry_details Item: _audit_author.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qnd.cif.gz	248.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qnd.ent.gz	197.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qnd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qnd_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qnd_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	8qnd_validation.xml.gz	56.6 KB	表示
CIF形式データ	8qnd_validation.cif.gz	78 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/8qnd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/8qnd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase

B: Inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase

C: Inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase

D: Inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase

ヘテロ分子

134 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.112, 81.530, 86.847
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.76, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	2
3	3
4	4
5	5
6	6

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase 分子量: 33419.824 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Limosilactobacillus reuteri (バクテリア) 遺伝子: rihC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A5JJT3
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 766 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.5 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Magnesium acetate tetrahydrate, 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 20% w/v Polyethylene glycol 8,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→63.38 Å / Num. obs: 91739 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.914 / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.091 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I): 19.5 / Num. measured all: 585566
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.347 / Num. measured all: 29786 / Num. unique obs: 4547 / CC_1/2: 0.956 / R_pim(I) all: 0.146 / R_rim(I) all: 0.377 / Χ²: 1 / Net I/σ(I) obs: 5.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→63.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 2.871 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20077	4557	5 %	RANDOM
R_work	0.1684	-	-	-
obs	0.16996	87159	99.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.401 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.39 Å²	-0 Å²	0.62 Å²
2-	-	-0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→63.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8847	0	6	766	9619

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	9073
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.016	8532
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.835	1.639	12347
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.473	1.578	19715
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.475	5	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.989	25.14	356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.933	15	1457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.232	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	1289
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	10249
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1797
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.591	2.257	4735
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.581	2.256	4733
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.583	3.363	5902
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.585	3.364	5903
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.201	2.522	4338
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.199	2.522	4338
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.583	3.663	6441
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.705	27.277	9990
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.638	26.998	9781
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	9226	0.06
1	2	B	9226	0.06
2	1	A	9219	0.07
2	2	C	9219	0.07
3	1	A	9174	0.06
3	2	D	9174	0.06
4	1	B	9265	0.07
4	2	C	9265	0.07
5	1	B	9091	0.07
5	2	D	9091	0.07
6	1	C	9099	0.08
6	2	D	9099	0.08

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.218	377	-
R_work	0.181	6421	-
obs	-	-	99.91 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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