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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qnc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ancestral L-galactono-1,4-lactone dehydrogenase: A113G variant | ||||||
![]() | L-galactono-1,4-lactone dehydrogenase: A113G variant | ||||||
![]() | FLAVOPROTEIN / biocatalysis / Vitamin C | ||||||
機能・相同性 | FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Boverio, A. / Mattevi, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of ancestral L-galactono-1,4-lactone dehydrogenase: A113G variant 著者: Boverio, A. / Mattevi, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 119.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 88.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 782.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 789.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57240.945 Da / 分子数: 1 / 変異: A113G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PEG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.4 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M Lithium Nitrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9677 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→66.9 Å / Num. obs: 53389 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 292668 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1.336 / Num. measured all: 15649 / Num. unique obs: 2825 / CC1/2: 0.593 / Rpim(I) all: 0.618 / Rrim(I) all: 1.477 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I) obs: 1.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.772 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.7→66.9 Å
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拘束条件 |
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