PDB-8qn3: OPR3 wildtype in complex with NADH4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qn3

タイトル

OPR3 wildtype in complex with NADH4

要素

12-oxophytodienoate reductase 3

12-オキソフィトジエン酸レダクターゼ

キーワード

FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) /

Old yellow enzyme (NADPHデヒドロゲナーゼ) / ene-reductase /

flavoenzyme (フラボタンパク質) /

oxidoreductase (酸化還元酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

12-オキソフィトジエン酸レダクターゼ /

12-oxophytodienoate reductase activity / jasmonic acid biosynthetic process / oxylipin biosynthetic process /

ペルオキシソーム / FMN binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Solanum lycopersicum (トマト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Bijelic, A. / Macheroux, P. / Keschbaumer, B.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Loop 6 and the beta-hairpin flap are structural hotspots that determine cofactor specificity in the FMN-dependent family of ene-reductases.
著者: Kerschbaumer, B. / Totaro, M.G. / Friess, M. / Breinbauer, R. / Bijelic, A. / Macheroux, P.

履歴

登録	2023年9月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年4月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qn3.cif.gz	175.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qn3.ent.gz	122.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qn3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/8qn3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/8qn3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qmxC 8qn1 PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 12-oxophytodienoate reductase 3

B: 12-oxophytodienoate reductase 3

ヘテロ分子

91.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 12-oxophytodienoate reductase 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
45.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 12-oxophytodienoate reductase 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.740, 89.460, 81.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.401, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	12-oxophytodienoate reductase 3 / 12-オキソフィトジエン酸レダクターゼ / 12-oxophytodienoate-10 / 11-reductase 3 / OPDA-reductase 3 / LeOPR3 分子量: 44401.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: OPR3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9FEW9, 12-オキソフィトジエン酸レダクターゼ
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-WI6 / 1,4,5,6-Tetrahydronicotinamide adenine dinucleotide / [[(2R,3S,4R,5R)-5-[(3S)-3-aminocarbonyl-3,6-dihydro-2H-pyridin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2S,3R,4S,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate 分子量: 667.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₁N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM MES/Tris, 10 mM ammonium sulfate, 12% PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→46.91 Å / Num. obs: 1468942 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.6 % / B_iso Wilson estimate: 34.37 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.51
反射シェル	解像度: 1.75→1.77 Å / Num. unique obs: 2748 / CC_1/2: 0.742

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_4761	精密化
PHENIX	dev_4761	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→46.91 Å / SU ML: 0.2539 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.4204
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2249	3953	5 %
R_work	0.2004	75121	-
obs	0.2016	79074	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→46.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5414	0	124	283	5821

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0054	5671
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7388	7750
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0495	865
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0065	993
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.0012	1978

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.77	0.5009	137	0.4527	2613	X-RAY DIFFRACTION	99.57
1.77-1.79	0.4024	142	0.3863	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.79-1.82	0.3445	139	0.3468	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.82-1.84	0.2846	141	0.2962	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.84-1.87	0.2811	143	0.2702	2714	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.87-1.9	0.3308	138	0.2561	2616	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.9-1.93	0.282	143	0.2327	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.93-1.96	0.2329	139	0.2151	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.96-1.99	0.2245	142	0.2127	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.99-2.03	0.2682	140	0.2179	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.03-2.07	0.2574	141	0.2233	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.07-2.11	0.2479	140	0.2284	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.11-2.15	0.2548	142	0.218	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.15-2.2	0.2219	140	0.2167	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.2-2.26	0.2609	141	0.216	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.26-2.32	0.2517	143	0.2049	2714	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.32-2.39	0.2145	138	0.2071	2631	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.39-2.47	0.2238	142	0.2086	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.55	0.2302	142	0.1995	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.66	0.2327	141	0.2125	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.78	0.2347	141	0.2129	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.78-2.92	0.2412	142	0.2094	2700	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.92-3.11	0.2096	142	0.2041	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.11-3.35	0.2401	142	0.201	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.68	0.1865	142	0.1897	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
3.68-4.22	0.1941	142	0.1734	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
4.22-5.31	0.2184	143	0.1719	2718	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.31-46.91	0.2031	145	0.1829	2759	X-RAY DIFFRACTION	99.83

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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