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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qmx | ||||||
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タイトル | OPR3 wildtype in complex with NADPH4 | ||||||
要素 | 12-oxophytodienoate reductase 312-オキソフィトジエン酸レダクターゼ | ||||||
キーワード | FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / Old Yellow Enzyme (NADPHデヒドロゲナーゼ) / ene-reductase / flavoenzyme (フラボタンパク質) / NADPH (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 12-オキソフィトジエン酸レダクターゼ / 12-oxophytodienoate reductase activity / jasmonic acid biosynthetic process / oxylipin biosynthetic process / ペルオキシソーム / FMN binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Solanum lycopersicum (トマト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Bijelic, A. / Macheroux, P. / Kerschbaumer, B. | ||||||
資金援助 | オーストリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2024 タイトル: Loop 6 and the beta-hairpin flap are structural hotspots that determine cofactor specificity in the FMN-dependent family of ene-reductases. 著者: Kerschbaumer, B. / Totaro, M.G. / Friess, M. / Breinbauer, R. / Bijelic, A. / Macheroux, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qmx.cif.gz | 178.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qmx.ent.gz | 136.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qmx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/8qmx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/8qmx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8qn3C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44401.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: OPR3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9FEW9, 12-オキソフィトジエン酸レダクターゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-TRS / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.19 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM MES/Tris, 50 mM ammonium sulfate, 12% PEG8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.03319 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03319 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→47.34 Å / Num. obs: 155161 / % possible obs: 98.99 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 19.79 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.67 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.42 Å / Num. unique obs: 5129 / CC1/2: 0.553 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→47.34 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.64 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→47.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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