PDB-8qml: (2R,4R)-MeTDA bound HydE structure (control experiment)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qml

タイトル

(2R,4R)-MeTDA bound HydE structure (control experiment)

要素

[FeFe] hydrogenase maturase subunit HydE

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / [FeFe]-hydrogenase / radical SAM enzyme / HydE / Maturase / Complex-B / H-cluster

機能・相同性

機能・相同性情報

water-soluble vitamin biosynthetic process / sulfur compound biosynthetic process / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / transferase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Omeiri, J. / Martin, L. / Usclat, A. / Cherrier, M.V. / Nicolet, Y.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: Maturation of the [FeFe]-Hydrogenase: Direct Transfer of the ( kappa 3 -cysteinate)Fe II (CN)(CO) 2 Complex B from HydG to HydE.
著者: Omeiri, J. / Martin, L. / Usclat, A. / Cherrier, M.V. / Nicolet, Y.

履歴

登録	2023年9月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2025年10月1日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / pdbx_entry_details ...chem_comp / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qml.cif.gz	241.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qml.ent.gz	159.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8qml_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qml_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	8qml_validation.xml.gz	24.2 KB	表示
CIF形式データ	8qml_validation.cif.gz	34.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/8qml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/8qml	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8qmkC 8qmmC 8qmnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: [FeFe] hydrogenase maturase subunit HydE

ヘテロ分子

45.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.480, 79.220, 85.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	[FeFe] hydrogenase maturase subunit HydE 分子量: 41025.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア) 遺伝子: TM_1269, THEMA_07990, Tmari_1274 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9X0Z6, 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く

-
非ポリマー , 7種, 334分子

#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-41K / (2R,4R)-2-methyl-1,3-thiazolidine-2,4-dicarboxylic acid 分子量: 191.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₉NO₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS 分子量: 614.877 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₅₈N₂O₇S / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 4000; Tris pH=8; LiSO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM07 / 波長: 0.97951 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→40 Å / Num. obs: 129324 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 21.07 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 14.75
反射シェル	解像度: 1.4→1.44 Å / Num. unique obs: 9533 / CC_1/2: 0.483

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHENIX	1.20.1_4487	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→23.14 Å / SU ML: 0.1793 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.23 / 位相誤差: 24.2773
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1925	6373	4.93 %
R_work	0.154	122951	-
obs	0.1559	129324	99.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→23.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2720	0	215	324	3259

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0138	3543
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.7883	4955
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1209	589
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0179	607
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.6172	1537

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.42	0.3271	214	0.3555	3986	X-RAY DIFFRACTION	98.36
1.42-1.43	0.4591	220	0.3712	4128	X-RAY DIFFRACTION	99.38
1.43-1.45	0.3754	193	0.3563	4066	X-RAY DIFFRACTION	99.49
1.45-1.47	0.3649	200	0.3372	4154	X-RAY DIFFRACTION	99.41
1.47-1.49	0.3	219	0.2909	4077	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.49-1.51	0.3036	219	0.2851	4094	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.51-1.53	0.2831	210	0.2562	4138	X-RAY DIFFRACTION	99.61
1.53-1.55	0.2133	217	0.2383	4075	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.55-1.58	0.2801	198	0.2229	4118	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.58-1.6	0.2655	223	0.2302	4073	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.6-1.63	0.2707	210	0.2541	4128	X-RAY DIFFRACTION	99.7
1.63-1.66	0.273	202	0.2338	4067	X-RAY DIFFRACTION	99.44
1.66-1.69	0.3346	214	0.2877	4043	X-RAY DIFFRACTION	96.88
1.69-1.73	0.1981	213	0.1907	4046	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.73-1.76	0.1976	220	0.1677	4141	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.76-1.81	0.1923	219	0.165	4101	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.81-1.85	0.2398	208	0.151	4121	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.85-1.9	0.2216	219	0.1593	4061	X-RAY DIFFRACTION	99.74
1.9-1.96	0.1809	206	0.1557	4145	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.96-2.02	0.2048	221	0.1485	4129	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.02-2.09	0.1732	219	0.1431	4060	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.09-2.17	0.1954	211	0.1395	4112	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.18-2.27	0.1644	210	0.1467	4118	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.27-2.39	0.202	215	0.1389	4116	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.54	0.2142	218	0.1509	4111	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.54-2.74	0.1943	224	0.1519	4094	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.74-3.01	0.1767	220	0.1467	4096	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.01-3.45	0.1717	216	0.1312	4107	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.45-4.34	0.1388	203	0.111	4117	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.34-23.14	0.1669	192	0.1309	4129	X-RAY DIFFRACTION	99.65

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9162160392	1.46428567924	-0.334898107777	3.8580691752	0.858730914427	4.68479121179	-0.36147447671	-0.166196965344	-0.736745033337	-0.494589827661	0.135673251095	-0.327770860809	0.939833025444	0.400518757935	0.221616111919	0.514880303096	0.130516866848	0.103312417503	0.253901211487	0.0282432919918	0.394762019067	56.7107869084	-13.5440255203	-2.78713323243
2	6.34222005015	-1.73125675229	-0.92160198899	2.1536501363	0.252108777705	3.95816094086	0.0484154592292	0.22963888231	-0.0528772138301	-0.227708466014	-0.0563673670616	-0.105775875093	0.15127927714	0.00803911209169	0.102318155907	0.23182913919	0.0115213799147	0.0116694290277	0.14867587561	-0.0217566606755	0.198228317119	53.1949757708	-0.91103275801	-7.63707019336
3	1.14834466554	-0.0216957441685	-0.533427828894	1.07167382421	-0.272402570537	1.97409101912	0.0133237301828	-0.241847925534	-0.0378911044106	0.120106022595	-0.00353451772182	0.0752174487124	-0.010357493852	0.109679264004	0.00173630711835	0.137336952648	-0.0215425139219	-0.0027074167069	0.182293160309	0.00611836627566	0.135691228467	34.8327236425	8.30912524287	16.9478711422
4	2.33330699799	-1.20709024152	0.491535503449	1.33567042749	-0.503964373235	3.0330439092	-0.175490028177	-0.475599344307	-0.514028658439	0.114853650276	0.0179702956459	0.115964602176	0.666677519082	0.273466492458	0.0476225595388	0.345131838032	0.0463471547472	0.0597321141912	0.262919535498	0.115770953169	0.296964709833	39.78628613	-9.47019123471	19.1587109121
5	1.19522504958	-0.0244461119037	-0.6715204681	0.743883011642	-0.139194712753	1.50532312883	-0.0344699745154	-0.271958030937	-0.119608137076	0.0453809662901	-0.0157288812095	-0.0809827206104	0.194667766484	0.309315252756	0.039059306818	0.162474508161	0.0124061675029	-0.0208957164366	0.212211394977	0.022931932037	0.162389298205	48.7283881598	1.6069261603	9.24640283854
6	2.65694436378	-1.85476542562	0.406995828421	1.4574009784	-0.474469067289	0.282968331683	0.368555245078	-0.466463813415	0.551073711509	0.0510277209289	-0.278561923366	-0.475204169011	-0.167276393848	0.767892728563	-0.0926730485038	0.341503731946	-0.108437712916	0.0446069740284	0.501855402529	-0.0901617139498	0.351659967688	49.3721320355	17.7525709498	16.5186280095
7	2.83763961639	-0.437783401986	-0.355597682967	1.3358034591	0.753414805523	3.22631802639	0.0908375154356	0.203438642376	-0.0502227953789	-0.054680136059	-0.0736914454326	0.0457767599305	0.138575893609	-0.0522246467141	-0.0411827797628	0.137564708048	0.0198838563594	-0.0177273386564	0.135377962263	0.0183155798672	0.130991553786	41.2857013208	10.1107792206	-3.0238541627

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 28 )	2 - 28	1 - 27
2	2	chain 'A' and (resid 29 through 47 )	29 - 47	28 - 46
3	3	chain 'A' and (resid 48 through 164 )	48 - 164	47 - 163
4	4	chain 'A' and (resid 165 through 189 )	165 - 189	164 - 188
5	5	chain 'A' and (resid 190 through 299 )	190 - 299	189 - 298
6	6	chain 'A' and (resid 300 through 317 )	300 - 317	299 - 316
7	7	chain 'A' and (resid 318 through 347 )	318 - 347	317 - 346

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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