PDB-8qmg: Tobacco lectin Nictaba in apo state including I and Eu SAD datasets.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qmg

タイトル

Tobacco lectin Nictaba in apo state including I and Eu SAD datasets.

要素

Nictaba

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / lectin / jelly-roll / NAG-binding / secreted / nuclear

機能・相同性

Phloem protein 2-like / Phloem protein 2 / metal ion binding / Nictaba

機能・相同性情報

生物種

Nicotiana tabacum (タバコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Bloch, Y. / Savvides, S.N.

資金援助

ベルギー, 1件

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2024
タイトル: The crystal structure of Nictaba reveals its carbohydrate-binding properties and a new lectin dimerization mode.
著者: Bloch, Y. / Osterne, V.J.S. / Savvides, S.N. / Van Damme, E.J.M.

履歴

登録	2023年9月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.3	2024年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qmg.cif.gz	965.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qmg.ent.gz	673.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qmg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8qmg_validation.pdf.gz	479.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qmg_full_validation.pdf.gz	487.7 KB	表示
XML形式データ	8qmg_validation.xml.gz	56 KB	表示
CIF形式データ	8qmg_validation.cif.gz	79.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/8qmg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/8qmg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8ad2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nictaba

B: Nictaba

C: Nictaba

D: Nictaba

E: Nictaba

F: Nictaba

G: Nictaba

H: Nictaba

ヘテロ分子

155 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Nictaba

B: Nictaba

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Nictaba

D: Nictaba

ヘテロ分子

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38.7 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Nictaba

F: Nictaba

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.9 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Nictaba

H: Nictaba

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	66.506, 145.973, 82.054
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.950, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Nictaba / Sam1 / Sam2 分子量: 19141.893 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Gly2 is a cloning scar. / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: NT1 / プラスミド: pEt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express lysY/Iq / 参照: UniProt: Q94EW1
#2: 化合物	... ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 892 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.45 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 91 mM ZnAc, 91 mM ZnCl2, 91 mM Bis-Tris pH 7.5, 18 % Medium PEG smear

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.0332,2.0664,1.5326

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.0332	1
2	2.0664	1
3	1.5326	1

反射

解像度: 2.3→81.61 Å / Num. obs: 128105 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 7.09 % / B_iso Wilson estimate: 33.22 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_rim(I) all: 0.204 / Net I/σ(I): 8.65

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
6.88-81.61	7.186	26.42	2589	0.998	0.071	98
2.3-2.44	6.59	1.85	8055	0.633	0.968	72.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→71.23 Å / SU ML: 0.308 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.1926
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2456	4468	3.49 %
R_work	0.2081	123616	-
obs	0.2094	128084	93.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→71.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10744	0	24	892	11660

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0048	11041
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.557	14950
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0475	1605
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0057	1907
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.8792	4110

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.33	0.346	98	0.2891	2730	X-RAY DIFFRACTION	62.15
2.33-2.35	0.3241	107	0.2916	2953	X-RAY DIFFRACTION	67.45
2.35-2.38	0.3523	116	0.2949	3157	X-RAY DIFFRACTION	72.01
2.38-2.41	0.3255	119	0.2923	3378	X-RAY DIFFRACTION	77.2
2.41-2.44	0.3089	129	0.295	3615	X-RAY DIFFRACTION	82.21
2.44-2.48	0.3004	153	0.2894	4176	X-RAY DIFFRACTION	95.37
2.48-2.51	0.2933	155	0.2877	4285	X-RAY DIFFRACTION	97.73
2.51-2.55	0.3407	157	0.3001	4353	X-RAY DIFFRACTION	98.49
2.55-2.59	0.307	150	0.2811	4250	X-RAY DIFFRACTION	98.37
2.59-2.63	0.3285	160	0.2651	4358	X-RAY DIFFRACTION	97.62
2.63-2.68	0.2782	152	0.2684	4292	X-RAY DIFFRACTION	98.93
2.68-2.73	0.2934	153	0.2577	4289	X-RAY DIFFRACTION	97.82
2.73-2.78	0.2901	160	0.2516	4337	X-RAY DIFFRACTION	97.72
2.78-2.84	0.2624	156	0.2508	4288	X-RAY DIFFRACTION	98.91
2.84-2.9	0.2814	154	0.239	4337	X-RAY DIFFRACTION	98.34
2.9-2.97	0.2768	158	0.2327	4259	X-RAY DIFFRACTION	97.98
2.97-3.04	0.2812	159	0.2261	4361	X-RAY DIFFRACTION	97.2
3.04-3.12	0.2548	155	0.2217	4270	X-RAY DIFFRACTION	99.24
3.12-3.21	0.2684	157	0.2071	4371	X-RAY DIFFRACTION	98.76
3.21-3.32	0.2349	159	0.1836	4348	X-RAY DIFFRACTION	98.82
3.32-3.44	0.2457	152	0.1762	4277	X-RAY DIFFRACTION	98.44
3.44-3.57	0.2143	159	0.174	4350	X-RAY DIFFRACTION	98.64
3.57-3.74	0.214	159	0.174	4328	X-RAY DIFFRACTION	98.57
3.74-3.93	0.1967	157	0.1675	4340	X-RAY DIFFRACTION	98.68
3.93-4.18	0.2024	156	0.1509	4299	X-RAY DIFFRACTION	98.3
4.18-4.5	0.169	159	0.1412	4302	X-RAY DIFFRACTION	98.83
4.5-4.95	0.2078	161	0.1497	4348	X-RAY DIFFRACTION	98.88
4.96-5.67	0.2132	147	0.1805	4320	X-RAY DIFFRACTION	98.96
5.67-7.14	0.2394	160	0.2338	4360	X-RAY DIFFRACTION	98.86
7.15-71.23	0.2705	151	0.2551	4285	X-RAY DIFFRACTION	97.34

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.25154793591	-1.25360013185	0.0638495760087	3.87457337684	-0.692472276506	3.44187557865	-0.0921205794719	-0.220055372353	-0.233306333766	0.115779409764	-0.0273694949474	-0.296556773315	0.0993363449174	0.287644794895	0.0889518518937	0.19102846536	-0.0136603532364	0.000212254885115	0.24373265931	0.0308586550285	0.282691011729	39.113337412	-0.878298598061	29.7438699066
2	1.85564339669	-0.514600088299	-0.541092990361	1.53238457047	-0.322923158714	1.15506421437	-0.00437149318451	0.0240909807364	-0.111280377173	0.00329653421711	-0.0441599627434	-0.0901306196322	-0.00752350559634	0.21950579966	0.0620673052953	0.232294451006	0.0190484792928	-0.0426718797157	0.223546856319	-0.0161807572676	0.224140900681	25.6046523638	5.67280098276	27.0511092637
3	3.52715091934	-1.1790067653	1.13481724354	3.60570230108	-0.480373177048	3.29120624799	0.363136856458	0.309782980772	0.486377700628	-0.168362977339	-0.326156939871	-0.510802782724	-0.565624937187	0.574806003804	-0.0361495413124	0.265769721381	-0.0243203088518	0.0451786706768	0.30405176179	0.0191736020951	0.334865485779	31.6747892768	15.2828519021	13.6500143862
4	1.77440556367	-0.362226857127	0.028733232478	0.658019641628	0.0809991935482	0.397757735199	0.0296567618151	-0.000928195829996	0.0736210674908	-0.0218641768286	-0.0247390833854	-0.104889728461	-0.0562942249285	0.117661710141	-0.00484965806589	0.256952554331	-0.0308423808097	-0.030011429177	0.292570437297	0.0253396984565	0.256373523985	28.8653207837	7.59190621319	27.3405289063
5	2.13871395765	0.398854192163	0.528768535169	1.02595511705	0.779612950748	2.40744539604	-0.0601405750273	0.313651868344	0.068164501805	-0.516553407587	-0.0946772752057	0.279388103743	-0.288778458522	0.0509603553697	0.19790283989	0.398341322078	0.0709900200555	-0.11536624762	0.248720845032	-0.0421074262274	0.264648774656	-2.35708441949	19.1152951126	11.206070507
6	2.44321362519	0.923432919996	0.569290847129	2.19954003408	1.18780227559	0.604424116025	-0.18856358244	0.283382959839	0.254864755196	-0.59561102631	0.042194251679	0.416172958362	-0.375664929222	-0.00290689576969	0.0489024473768	0.397432533476	0.0899211477099	-0.0754564701948	0.309218623623	0.019695926648	0.281309173818	0.504067307855	17.7920125654	13.3466151974
7	2.42123634772	-0.627130278283	-0.309374799525	1.3288094894	-0.360702328408	0.943547859816	0.0872956080677	0.246583130022	-0.107405115681	-0.0616948260094	-0.042716511276	0.147882729521	0.03735766972	-0.0424454041814	-0.052709576019	0.267091365955	0.0316723174773	-0.0261446102809	0.241751790597	-0.0134081719631	0.251858479566	9.01322852103	12.7978842052	19.0400730069
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精密化 TLSグループ

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41	41	chain 'H' and (resid 87 through 95 )	H	H	87 - 95	87 - 95
42	42	chain 'H' and (resid 96 through 104 )	H	H	96 - 104	96 - 104
43	43	chain 'H' and (resid 105 through 114 )	H	H	105 - 114	105 - 114
44	44	chain 'H' and (resid 115 through 165 )	H	H	115 - 165	115 - 165

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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