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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qmg | ||||||
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タイトル | Tobacco lectin Nictaba in apo state including I and Eu SAD datasets. | ||||||
要素 | Nictaba | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / lectin / jelly-roll / NAG-binding / secreted / nuclear | ||||||
機能・相同性 | Phloem protein 2-like / Phloem protein 2 / Nictaba 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Nicotiana tabacum (タバコ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Bloch, Y. / Savvides, S.N. | ||||||
資金援助 | ベルギー, 1件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024 タイトル: The crystal structure of the archetypical Nictaba plant lectin reveals the molecular basis for its carbohydrate-binding properties 著者: Bloch, Y. / Da Silva Osterne, V.J. / Savvides, S.N. / Van Damme, E.J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qmg.cif.gz | 965.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qmg.ent.gz | 673.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qmg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8qmg_validation.pdf.gz | 479.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8qmg_full_validation.pdf.gz | 487.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8qmg_validation.xml.gz | 56 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8qmg_validation.cif.gz | 79.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/8qmg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/8qmg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ad2C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19141.893 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Gly2 is a cloning scar. / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: NT1 / プラスミド: pEt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express lysY/Iq / 参照: UniProt: Q94EW1 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.45 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 91 mM ZnAc, 91 mM ZnCl2, 91 mM Bis-Tris pH 7.5, 18 % Medium PEG smear |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.0332,2.0664,1.5326 | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月5日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.3→81.61 Å / Num. obs: 128105 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 7.09 % / Biso Wilson estimate: 33.22 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rrim(I) all: 0.204 / Net I/σ(I): 8.65 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→71.23 Å / SU ML: 0.308 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.1926 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.85 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→71.23 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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