PDB-8qme: Structural characterization of beta-xyloxidase XynB2 from Geobaci...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qme

タイトル

Structural characterization of beta-xyloxidase XynB2 from Geobacillus stearothermophilus CECT43

要素

Beta-xylosidase

キーワード

HYDROLASE / BETA-XYLOSIDASE

機能・相同性

Glycoside hydrolase, family 52 / Glycosyl hydrolase family 52 / xylan 1,4-beta-xylosidase activity / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / carbohydrate metabolic process / ACETATE ION / Beta-xylosidase

機能・相同性情報

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Gavira, J.A. / Martinez-Rodriguez, S.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Crystals / 年: 2024
タイトル: Structural Characterization of beta-Xylosidase XynB2 from Geobacillus stearothermophilus CECT43: A Member of the Glycoside Hydrolase Family GH52
著者: Gavira, J.A. / Contreras, L.M. / Alshamaa, H.M. / Clemente-Jimenez, J.M. / Rodriguez-Vico, F. / Las Heras-Vazquez, F.J. / Martinez-Rodriguez, S.

履歴

登録	2023年9月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qme.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qme.ent.gz	914.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qme.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/8qme ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/8qme	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rhhS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-xylosidase

B: Beta-xylosidase

C: Beta-xylosidase

D: Beta-xylosidase

ヘテロ分子

326 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Beta-xylosidase

B: Beta-xylosidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
163 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Beta-xylosidase

D: Beta-xylosidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
163 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	81.121, 97.514, 107.400
Angle α, β, γ (deg.)	107.45, 98.48, 106.55
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Beta-xylosidase 分子量: 80747.867 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: GA8_03270 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7U9HVH2
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1487 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: counter-diffusion / pH: 5 / 詳細: Sodium Acetate 0.1M pH 5.0, Ammonium Sulphate 2.8M / PH範囲: 3.0-9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→99.08 Å / Num. obs: 134250 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 1.8 % / CC_1/2: 0.984 / R_merge(I) obs: 0.1 / R_pim(I) all: 0.1 / R_rim(I) all: 0.141 / Χ²: 0.49 / Net I/σ(I): 3.6 / Num. measured all: 235632
反射シェル	解像度: 2.25→2.29 Å / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Num. measured all: 11351 / Num. unique obs: 6524 / CC_1/2: 0.558 / R_pim(I) all: 0.59 / R_rim(I) all: 0.835 / Χ²: 0.48 / Net I/σ(I) obs: 0.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4RHH

4rhh

解像度: 2.25→81.67 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 22.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2128	6751	5.03 %
R_work	0.1777	-	-
obs	0.1795	134215	97.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→81.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21815	0	161	1492	23468

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.554
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.045	3133
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	3277
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	4050

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.28	0.3306	218	0.3136	4180	X-RAY DIFFRACTION	95
2.28-2.3	0.3181	223	0.2808	4191	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3-2.33	0.2988	210	0.2689	4269	X-RAY DIFFRACTION	97
2.33-2.36	0.2719	182	0.2551	4199	X-RAY DIFFRACTION	97
2.36-2.39	0.2908	233	0.2574	4334	X-RAY DIFFRACTION	97
2.39-2.42	0.2942	199	0.2625	4150	X-RAY DIFFRACTION	97
2.42-2.46	0.3022	231	0.253	4212	X-RAY DIFFRACTION	96
2.46-2.5	0.2847	208	0.2445	4314	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5-2.53	0.2774	221	0.2323	4157	X-RAY DIFFRACTION	95
2.53-2.58	0.275	226	0.2165	4192	X-RAY DIFFRACTION	97
2.58-2.62	0.2782	206	0.2103	4286	X-RAY DIFFRACTION	96
2.62-2.67	0.2432	219	0.2097	4208	X-RAY DIFFRACTION	97
2.67-2.72	0.2665	218	0.2132	4262	X-RAY DIFFRACTION	97
2.72-2.77	0.2543	208	0.1999	4282	X-RAY DIFFRACTION	98
2.77-2.83	0.2277	260	0.2027	4261	X-RAY DIFFRACTION	97
2.83-2.9	0.2423	249	0.2044	4237	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9-2.97	0.2715	247	0.2094	4225	X-RAY DIFFRACTION	98
2.97-3.05	0.245	223	0.1968	4266	X-RAY DIFFRACTION	97
3.05-3.14	0.2207	249	0.1848	4241	X-RAY DIFFRACTION	98
3.14-3.25	0.2319	192	0.1768	4282	X-RAY DIFFRACTION	97
3.25-3.36	0.2027	208	0.1702	4283	X-RAY DIFFRACTION	97
3.36-3.5	0.2216	259	0.162	4245	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5-3.65	0.1945	201	0.1573	4308	X-RAY DIFFRACTION	98
3.65-3.85	0.169	240	0.1385	4314	X-RAY DIFFRACTION	98
3.85-4.09	0.1641	239	0.1307	4277	X-RAY DIFFRACTION	99
4.09-4.4	0.1601	225	0.129	4270	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4-4.85	0.1492	226	0.1221	4223	X-RAY DIFFRACTION	96
4.85-5.55	0.16	240	0.1321	4282	X-RAY DIFFRACTION	99
5.55-6.99	0.1864	234	0.1629	4310	X-RAY DIFFRACTION	98
6.99-81.67	0.1805	257	0.1644	4204	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6081	0.1671	-0.2645	0.2829	-0.1746	0.5788	-0.0448	-0.0473	-0.0879	0.027	0.0009	-0.0362	0.0413	0.0239	-0.0001	0.228	0.0401	-0.0021	0.166	0.0086	0.2253	0.3836	0.4103	0.5289
2	0.8008	0.1905	-0.374	0.3531	-0.1672	0.4933	-0.1115	0.1882	-0.1012	-0.0532	0.053	-0.0636	0.1149	-0.0764	-0.0052	0.2143	-0.0168	0.0145	0.2004	-0.0432	0.1874	17.6386	10.6976	-43.1819
3	0.5538	0.1365	0.3449	0.2955	0.2202	1.0973	-0.0314	-0.0238	0.0462	0.0494	0.0361	0.0047	-0.0658	0.0029	-0.0004	0.1902	0.0344	-0.0031	0.151	0.0087	0.195	-24.3938	11.9928	96.8594
4	0.4882	-0.0129	0.2666	0.2332	0.0914	0.857	-0.0082	0.0235	0.068	-0.0322	0.0268	-0.0317	-0.1896	0.0903	0.0003	0.2366	-0.0321	0.0258	0.204	0.0245	0.2112	-20.7408	17.5797	48.9795

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 2 through 705)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 2 through 704)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 2 through 704)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 2 through 705)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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