PDB-8qlw: Purpureocillium lilancinum Woronin Body Major protein crystallize...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qlw

タイトル

Purpureocillium lilancinum Woronin Body Major protein crystallized in cellulo

要素

Woronin body major protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / self-assembly / natively crystallizing / HEX-1 / Woronin Body Major Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of translational elongation / translation elongation factor activity / ribosome binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Purpureocillium lilacinum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Boger, J. / Redecke, L.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Purpureocillium lilancinum Woronin Body Major protein crystallized in cellulo
著者: Boger, J. / Redecke, L.

履歴

登録	2023年9月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qlw.cif.gz	98.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qlw.ent.gz	61.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qlw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qlw_validation.pdf.gz	423.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qlw_full_validation.pdf.gz	424.3 KB	表示
XML形式データ	8qlw_validation.xml.gz	10.2 KB	表示
CIF形式データ	8qlw_validation.cif.gz	12.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/8qlw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/8qlw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Woronin body major protein

23.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Woronin body major protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.100, 57.100, 200.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22
Space group name Hall	P6₅2(x,y,z+1/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+1/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+2/3 #10: -y,-x,-z+1/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+5/6

#1: タンパク質	Woronin body major protein 分子量: 23388.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Purpureocillium lilacinum (菌類) / 遺伝子: PCL_00196 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A2U3E6B3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.97 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: in cell 詳細: spontaneous crystallization in living High Five cells after recombinant expression using baculoviruses

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→66.78 Å / Num. obs: 14631 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1211 % / B_iso Wilson estimate: 31.53 Å² / CC_1/2: 0.9989 / Net I/σ(I): 18.27
反射シェル	解像度: 1.97→1.99 Å / Num. unique obs: 684 / CC_1/2: 0.1924

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
CrystFEL		データ削減
CrystFEL		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.97→49.45 Å / SU ML: 0.2594 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.786
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2361	2564	9.93 %
R_work	0.2002	23263	-
obs	0.2038	14531	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→49.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1343	0	0	77	1420

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0032	1374
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6543	1864
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0493	205
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0072	245
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.0981	190

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.97-2.01	0.3991	140	0.3911	1277	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.01-2.05	0.3581	141	0.3068	1295	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.09	0.314	150	0.2928	1286	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.14	0.285	140	0.2551	1288	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.2	0.2574	147	0.2424	1324	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.2-2.25	0.3037	142	0.2229	1273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.32	0.2825	137	0.2112	1279	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.4	0.2966	144	0.2119	1309	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.48	0.3058	146	0.2063	1306	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.58	0.2298	139	0.2245	1276	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.7	0.2601	141	0.2136	1293	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.84	0.2629	144	0.2203	1304	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-3.02	0.2495	142	0.2024	1289	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.02-3.25	0.2465	144	0.1948	1269	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.58	0.222	141	0.1747	1319	X-RAY DIFFRACTION	100
3.58-4.09	0.2021	146	0.1613	1289	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1-5.16	0.1648	142	0.1436	1288	X-RAY DIFFRACTION	100
5.17-49.45	0.2147	138	0.2141	1299	X-RAY DIFFRACTION	99.93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.85488175911	0.862688292559	1.17459699311	2.22461509818	1.13122252996	3.07636275898	-0.0345263977153	-0.129716097332	0.134526502475	0.0984383149585	-0.0380190861238	-0.0679202061318	-0.237968992302	0.0961190011862	0.0629126068841	0.222594549622	-0.0261392448346	0.0155425874371	0.251215970064	0.0103708696494	0.233516712975	34.3539173765	32.731826687	42.6515456427
2	4.55710825566	-5.38535829803	-1.173276685	9.48689648273	-0.121782978184	1.47301383837	0.0472794723096	0.249823313544	-0.253142312154	-0.219315773785	0.00300537829277	0.319212790797	0.179177376619	-0.0710060754547	-0.0808233778062	0.224744757674	-0.0153792360935	-0.020510240771	0.287234555211	0.000853002236065	0.222814340107	7.57606161785	28.9244995084	35.1361348549
3	5.00300332854	-0.600790695691	1.01132788674	8.37384883353	0.213008328537	4.90577492801	0.0241696747281	-0.381947623325	-0.220580414334	0.511683716875	0.0151854259824	0.0663619180623	0.0805826220169	-0.414089111431	-0.0801441850159	0.147997777934	0.0455610104749	0.00822313332982	0.280561153081	0.00589765508909	0.23583602645	9.87526116477	24.9265661373	38.9962626012

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 0 through 123 )	0 - 123	1 - 105
2	2	chain 'A' and (resid 124 through 156 )	124 - 156	106 - 138
3	3	chain 'A' and (resid 157 through 193 )	157 - 193	139 - 175

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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