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万見
- PDB-8qlg: Crystal structure of the pneumococcal Substrate-binding protein A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qlg
タイトルCrystal structure of the pneumococcal Substrate-binding protein AliD in closed conformation in complex with Peptide 1
要素
  • AliD
  • Peptide 1
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Permease / Pneumococcus / AliD / peptide / substrate-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide transport / protein transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
Prevotella (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Alcorlo, M. / Abdullah, M.R. / Hammerschmidt, S. / Hermoso, J.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2020-115331GB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2024
タイトル: Molecular and structural basis of oligopeptide recognition by the Ami transporter system in pneumococci.
著者: Alcorlo, M. / Abdullah, M.R. / Steil, L. / Sotomayor, F. / Lopez-de Oro, L. / de Castro, S. / Velazquez, S. / Kohler, T.P. / Jimenez, E. / Medina, A. / Uson, I. / Keller, L.E. / Bradshaw, J.L. ...著者: Alcorlo, M. / Abdullah, M.R. / Steil, L. / Sotomayor, F. / Lopez-de Oro, L. / de Castro, S. / Velazquez, S. / Kohler, T.P. / Jimenez, E. / Medina, A. / Uson, I. / Keller, L.E. / Bradshaw, J.L. / McDaniel, L.S. / Camarasa, M.J. / Volker, U. / Hammerschmidt, S. / Hermoso, J.A.
履歴
登録2023年9月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AliD
E: Peptide 1
B: AliD
C: Peptide 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,13024
ポリマ－141,8224
非ポリマー1,30820
水10,773598
1
A: AliD
E: Peptide 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,69614
ポリマ－70,9112
非ポリマー78512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-192 kcal/mol
Surface area24970 Å2
2
B: AliD
C: Peptide 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,43410
ポリマ－70,9112
非ポリマー5238
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-235 kcal/mol
Surface area25080 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)52.038, 67.089, 109.448
Angle α, β, γ (deg.)84.050, 87.260, 71.720
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 AliD


分子量: 70237.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: aliD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H2BJN6
#2: タンパク質・ペプチド Peptide 1


分子量: 673.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Prevotella (バクテリア)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 598 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 150 mM Zn Acetate, 10% PEG8000, 0.1 M MES pH=6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→46.63 Å / Num. obs: 94495 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 1.98→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.82 / Num. unique obs: 4650 / CC1/2: 0.78

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→45.266 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2269 3934 4.96 %
Rwork0.1909 75338 -
obs0.1928 79272 97.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 124 Å2 / Biso mean: 41.3174 Å2 / Biso min: 13.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→45.266 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9980 0 20 598 10598
Biso mean--60.79 42.09 -
残基数----1260
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1-2.12560.32341390.2725260096
2.1256-2.15250.33571250.2653271896
2.1525-2.18080.26691430.2498265096
2.1808-2.21070.29551430.2457264196
2.2107-2.24230.33021480.2445271596
2.2423-2.27580.27771450.2274267897
2.2758-2.31130.251480.2224267997
2.3113-2.34920.30641390.2215266197
2.3492-2.38970.26191350.2237268897
2.3897-2.43320.29631200.2195272497
2.4332-2.480.28161590.2144272598
2.48-2.53060.24331310.2059265197
2.5306-2.58560.26721530.1977273097
2.5856-2.64570.24221530.2048263697
2.6457-2.71190.21921320.1945272498
2.7119-2.78520.27151310.1958270297
2.7852-2.86720.23371460.1991269198
2.8672-2.95970.25311340.2039270698
2.9597-3.06540.26871210.2057274297
3.0654-3.18820.22461510.1954268998
3.1882-3.33320.21661260.1861269697
3.3332-3.50890.23971560.1816270498
3.5089-3.72860.17621440.1635275398
3.7286-4.01640.21321260.1569267298
4.0164-4.42020.17861600.1538267497
4.4202-5.05910.18731450.1494268097
5.0591-6.37110.20331490.1861272198
6.3711-45.2660.16971320.1925268897
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.15430.26-0.14461.5130.6041.2807-0.02080.02410.0879-0.22520.060.0168-0.14130.0355-0.01950.1907-0.020.02340.14690.01860.1531-1.582327.7784-68.3131
20.29160.0570.31660.62830.22450.33610.0114-0.4334-0.20630.3089-0.02060.08940.3365-0.23630.05480.4376-0.08310.07980.45080.04530.337-14.15958.794-47.0415
31.7342-0.0753-0.47460.58570.39271.4533-0.0778-0.65020.21290.08340.02640.0250.03580.03150.0260.21260.0288-0.00740.4801-0.11390.235-5.580432.9148-36.0575
40.9471-0.03640.01130.9960.52711.1995-0.0678-0.2289-0.15360.25470.0812-0.18460.30510.1393-0.00730.26470.0125-0.01280.23780.04250.23843.342511.6448-53.9232
58.66364.77563.02973.22080.9096.7121-0.1997-0.50790.01870.7452-0.35280.79120.6196-0.8860.19990.2679-0.01720.10420.2787-0.04320.309-9.102525.7211-51.0563
61.5638-0.16030.03421.44041.00371.90480.04480.0366-0.1790.2279-0.01490.02290.21880.0381-0.00920.2083-0.0123-0.02230.1190.02320.16033.4793-2.282819.1464
70.5563-0.32880.00841.1106-1.10251.27980.01660.79380.1985-0.6535-0.1710.3712-0.3395-0.5352-0.02060.67320.1183-0.14140.58120.05940.3956-12.164821.109-0.3488
80.7681-0.39990.09470.533-0.33381.09380.12560.8719-0.2322-0.0956-0.32170.1036-0.1244-0.33-0.25250.25650.1661-0.0120.7303-0.33350.3114-6.9448-7.6191-14.7166
91.6191-0.099-0.00640.68790.4531.19280.12630.6809-0.208-0.1357-0.17910.0688-0.0448-0.11230.00320.24130.0777-0.02750.549-0.15960.27391.2879-5.8257-12.3201
101.0375-0.22810.15251.10560.71530.96740.04040.37080.1716-0.3308-0.0311-0.2557-0.4210.2123-0.020.3337-0.01820.0630.31120.07050.27458.807813.85534.9969
116.776-1.2124-1.60212.26111.47945.1661-0.04110.64930.1223-0.4642-0.05320.4481-0.4184-0.71860.02330.28930.1222-0.0250.5675-0.04940.2902-3.97820.24631.7367
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 29 through 243 )A29 - 243
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 244 through 304 )A244 - 304
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 305 through 573 )A305 - 573
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 574 through 652 )A574 - 652
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 1 through 6 )E1 - 6
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 29 through 243 )B29 - 243
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 244 through 289 )B244 - 289
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 290 through 341 )B290 - 341
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 342 through 573 )B342 - 573
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 574 through 652 )B574 - 652
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1 through 6 )C1 - 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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