PDB-8ql1: Crystal structure of the human MDN1-MIDAS/NLE1-UBL complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ql1

タイトル

Crystal structure of the human MDN1-MIDAS/NLE1-UBL complex

要素

NDE1
Notchless protein homolog 1

キーワード

RIBOSOME / AAA+ ATPase / Metal ion dependent adhesion site (MIDAS) / Ubiquitin-like domain (Ubl) / pre-60S biogenesis

機能・相同性

機能・相同性情報

inner cell mass cell differentiation / hematopoietic stem cell homeostasis / regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of mitotic cell cycle / skeletal system morphogenesis / somitogenesis / Notch signaling pathway / ribosomal large subunit biogenesis / kidney development / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Wild, K. / Fiorentino, F. / Hurt, E. / Sinning, I.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: Highly conserved ribosome biogenesis pathways between human and yeast revealed by the MDN1-NLE1 interaction and NLE1 containing pre-60S subunits.
著者: Federica Fiorentino / Matthias Thoms / Klemens Wild / Timo Denk / Jingdong Cheng / Jakub Zeman / Irmgard Sinning / Ed Hurt / Roland Beckmann /

要旨: The assembly of ribosomal subunits, primarily occurring in the nucleolar and nuclear compartments, is a highly complex process crucial for cellular function. This study reveals the conservation of ...

履歴

登録	2023年9月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ql1.cif.gz	543.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ql1.ent.gz	448 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ql1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8ql1_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ql1_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	8ql1_validation.xml.gz	57.3 KB	表示
CIF形式データ	8ql1_validation.cif.gz	75.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/8ql1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/8ql1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	19287C 19288C 19289C 19290C 19291C 19292C 19293C 19294C 19295C 19296C 19297C 19298C 19299C 19300C 19301C 19302C 19303C 19304C 19305C 19306C 19307C 19308C 19309C 19310C 19311C 19312C 19313C 19314C 19315C 19316C 19317C 19318C 19319C 19320C 19321C 19322C 19323C 19324C 19325C 19330C 53196C 8rl2C 9qiwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NDE1

B: Notchless protein homolog 1

C: NDE1

D: Notchless protein homolog 1

E: NDE1

F: Notchless protein homolog 1

G: NDE1

H: Notchless protein homolog 1

ヘテロ分子

172 kDa, 8 ポリマー
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1

A: NDE1

B: Notchless protein homolog 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
43.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: NDE1

D: Notchless protein homolog 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.1 kDa, 2 ポリマー
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3

E: NDE1

F: Notchless protein homolog 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.1 kDa, 2 ポリマー
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4

G: NDE1

H: Notchless protein homolog 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	237.160, 69.818, 103.183
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.79, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	F-223- HOH

#1: タンパク質	NDE1 分子量: 31597.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	Notchless protein homolog 1 分子量: 11496.986 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NLE1, HUSSY-07 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NVX2
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.34 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 18.2% v/v Polyethylene glycol 300, 0.1 M Sodium Acetate, 3.5 M Ammonium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→118.522 Å / Num. obs: 75310 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.981 / R_pim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / Num. unique obs: 7442 / CC_1/2: 0.675

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19_4092: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→118.52 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2476	3805	5.07 %	0
R_work	0.2144	-	-	-
obs	0.2161	75008	99.6 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→118.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10351	0	4	415	10770

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	10537
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.558	14283
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.074	3921
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1662
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1854

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.33	0.4019	151	0.3512	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.36	0.3382	136	0.3232	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.39	0.3503	146	0.3103	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.43	0.3466	141	0.2932	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.46	0.3326	128	0.2816	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.5	0.2938	125	0.2655	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.54	0.2511	120	0.2562	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.59	0.295	126	0.2529	2653	X-RAY DIFFRACTION	99
2.59-2.63	0.32	149	0.2579	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.68	0.324	137	0.2669	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.74	0.2944	133	0.275	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.8	0.3062	118	0.2686	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.86	0.3422	141	0.2763	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-2.93	0.3156	128	0.2572	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.01	0.2774	160	0.2441	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.1	0.2538	138	0.2266	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.2	0.2703	134	0.2257	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.32	0.2552	143	0.2335	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.45	0.2625	171	0.2289	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.61	0.2558	146	0.2087	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-3.8	0.2387	129	0.2106	2624	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8-4.04	0.1945	145	0.1837	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
4.04-4.35	0.1906	153	0.1556	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
4.35-4.78	0.1877	128	0.1484	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
4.78-5.48	0.2051	184	0.1664	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
5.48-6.9	0.2292	165	0.1938	2677	X-RAY DIFFRACTION	99
6.9-118.52	0.189	130	0.1761	2683	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5718	-0.6982	0.5424	1.2879	-1.3468	1.677	0.0096	-0.0691	0.8457	-0.3215	0.4117	-1.0924	-0.7126	0.31	-0.2203	0.5153	-0.0496	0.2137	0.4013	-0.0824	0.9745	90.1659	40.9183	81.4158
2	5.4562	0.0044	-1.1191	1.5728	-0.9081	3.0026	0.1845	0.1316	0.4476	-0.1717	-0.0364	-0.2679	0.0294	0.0575	-0.2444	0.3569	-0.016	0.0497	0.2347	-0.0044	0.4534	80.7106	36.6334	80.7273
3	3.0694	0.3124	-0.7822	2.2409	0.347	4.2782	0.0481	0.2534	0.6568	-0.4449	0.1364	-0.7304	-0.5515	0.1527	-0.2062	0.4888	-0.0258	0.1522	0.3188	0.0622	0.628	76.5461	44.4302	76.4872
4	2.2698	0.0114	-1.1036	1.6508	0.6174	5.9329	0.0501	0.3932	0.0684	-0.3023	0.0868	-0.2609	-0.1243	-0.0717	0.0288	0.3906	0.0004	0.0647	0.4067	0.0276	0.4782	67.306	35.2843	71.043
5	2.7329	-0.0315	0.4169	2.5078	0.6151	4.0854	-0.0879	0.1907	-0.096	0.002	-0.1863	0.1304	0.0296	-0.3648	0.0273	0.2981	-0.0136	0.0663	0.2371	-0.0055	0.343	70.1008	33.0897	78.5716
6	4.3631	1.1804	-4.9294	3.2022	-0.4246	5.8536	-0.4748	-0.0961	-1.0804	0.2647	-0.3964	0.0795	1.1612	0.4192	0.8963	0.3687	-0.0032	-0.0425	0.4235	-0.0054	0.3183	61.308	26.9837	77.9877
7	5.6129	-0.1842	0.9496	2.1308	-1.3659	1.0115	-0.0232	-0.6633	0.2362	0.2094	0.0288	0.05	-0.0434	0.3676	-0.1209	0.2715	-0.0511	0.0692	0.2846	-0.0872	0.3836	73.4869	30.613	90.4679
8	4.9905	-0.0146	-1.6132	1.8542	1.4101	4.2501	-0.3775	-0.1022	-0.7927	0.0375	-0.0792	0.2304	0.4689	-0.6106	0.3766	0.321	0.0109	0.0531	0.317	0.0022	0.3565	64.0066	23.8389	94.6598
9	4.7341	-0.9735	2.27	1.2997	-0.0491	8.4183	0.1997	0.3526	-0.2926	-0.1649	-0.2688	-0.1116	0.9866	0.0776	-0.1312	0.4252	0.02	0.1206	0.3098	-0.0409	0.4347	83.5136	23.6374	79.6897
10	5.7418	-1.1872	0.873	4.9891	-0.1164	1.6123	-0.132	-0.5004	0.2946	0.2808	-0.1583	-0.0064	0.4493	-0.794	0.3334	0.2398	-0.002	0.0723	0.3635	-0.0704	0.3941	58.7231	34.528	101.7912
11	5.0588	-2.8365	-0.3119	6.0052	0.4931	2.9097	-0.213	-0.16	-0.3532	0.5642	0.1374	0.3506	-0.0368	0.1956	0.1539	0.2789	0.003	0.0724	0.3041	-0.049	0.3306	51.6959	31.7911	106.9792
12	6.7563	-0.8534	-4.465	3.2254	0.7341	6.7063	0.149	-0.2711	0.4256	0.163	0.1822	0.2512	-0.2214	0.1146	-0.3067	0.2654	0.0081	0.0292	0.243	-0.0424	0.3379	51.5108	40.5738	105.888
13	1.431	0.5503	-0.4991	2.3059	0.0385	2.4067	0.0039	-0.5707	-0.0374	0.3065	-0.0737	-0.3204	0.0506	0.1225	0.0878	0.3068	0.0173	0.0365	0.323	0.0063	0.3751	86.6821	13.1083	101.3308
14	3.0952	-0.6859	0.8209	2.0669	0.2776	2.9771	-0.088	-0.5443	-0.7927	0.0468	-0.0187	-0.1859	0.5528	0.047	0.1681	0.4471	0.047	0.1134	0.3798	0.0706	0.6967	92.3553	3.3519	95.8191
15	4.1599	-0.1946	-0.9237	1.8506	0.2104	2.0402	-0.0459	0.2496	-0.0135	-0.4046	0.1243	-0.5431	0.0136	0.2261	-0.0516	0.3918	-0.0069	0.1535	0.3284	-0.0422	0.4999	94.1292	15.322	81.9851
16	0.0231	-0.2096	-0.2332	2.1648	3.4435	7.3109	-0.0837	0.3699	-0.0177	-0.2576	-0.0743	-0.7339	-0.0093	0.3173	-0.0375	0.3552	-0.0218	0.2395	0.523	-0.1476	0.9466	112.1612	12.5969	80.1884
17	4.9666	0.2638	2.1775	0.9739	-0.2048	4.1181	-0.1466	0.6118	1.0444	0.4018	0.0775	-2.0328	-0.3586	0.9879	-0.0343	0.5353	-0.1013	0.2898	0.6296	-0.0742	1.6008	118.4898	26.2279	84.2268
18	7.4405	1.4714	-0.0862	1.426	1.4176	2.5365	-0.2794	0.854	0.6664	-0.6168	-0.2363	-0.5886	-0.518	0.4145	-0.9741	0.3958	-0.089	0.8655	0.6964	-0.0264	1.5769	119.2751	20.4075	73.1413
19	1.0678	1.2611	0.783	5.7507	-1.0127	6.7061	0.2251	-0.353	-0.7303	-0.4996	0.1293	-1.6977	0.12	0.772	-0.2961	0.5702	0.1386	0.219	0.7975	-0.0336	1.6341	124.1034	9.3133	81.4681
20	1.6179	1.1254	-0.7771	2.1181	-1.114	5.144	0.4516	-1.1253	-0.0104	0.1167	-0.282	-0.4925	0.3163	1.4728	0.1776	0.4928	-0.0099	0.2861	0.7467	-0.0957	1.5191	119.6994	15.5244	85.4585
21	1.6602	-1.0282	1.174	1.1728	-0.6984	2.9629	0.1189	-0.6073	0.1652	0.3235	0.0189	-0.0384	-0.1105	-0.2904	-0.0777	0.3473	-0.0855	0.06	0.4249	-0.0133	0.4775	87.0997	49.4399	57.2942
22	4.2782	0.1022	0.3467	1.1557	-0.0364	2.1866	0.1235	-0.3985	-0.2018	0.0032	-0.0923	-0.2698	0.2927	0.0884	-0.0307	0.3347	0.0232	0.0453	0.2577	0.0468	0.4066	91.6226	40.6342	48.6614
23	5.8536	0.4217	0.1436	0.7971	0.2599	2.7919	0.0935	-0.2001	-0.4768	-0.2204	-0.0462	-0.683	0.1902	0.2392	-0.0074	0.3462	0.0409	0.0643	0.2275	0.0049	0.4176	95.079	41.1986	38.5984
24	2.8877	3.329	-1.4296	8.4558	1.011	5.5015	-0.5504	1.3479	-0.2599	-0.3068	0.4919	0.1648	0.2568	0.1392	-0.066	0.4979	0.0389	0.1407	0.3887	-0.0781	0.617	97.8435	37.1225	29.2525
25	3.5713	-2.2859	-3.4285	2.5246	1.3041	5.6645	0.3494	-0.5311	0.6989	0.2282	0.1082	-0.1277	-0.2143	0.5656	-0.3111	0.2414	-0.0017	0.0582	0.2692	-0.0016	0.4029	98.6372	52.1393	38.894
26	5.167	0.9361	-0.4597	1.4374	-0.4599	1.2974	-0.0293	0.7658	0.2973	-0.2354	0.0525	-0.2759	0.0925	0.1268	-0.0172	0.3359	0.0327	0.0882	0.2856	0.0336	0.4415	96.2819	52.436	32.1164
27	0.2602	-0.7125	-0.3983	5.8885	6.62	9.2222	-0.2264	0.7627	-0.2242	0.2274	-0.0902	0.2656	0.5595	-0.2292	0.265	0.2593	0.0164	0.127	0.4313	0.0043	0.6046	115.1512	47.5085	33.0826
28	3.7567	-0.8843	-1.7249	4.6994	0.842	3.3975	0.0514	0.345	0.6964	-0.097	0.2791	-0.6322	0.0413	0.5543	-0.0982	0.3248	-0.0607	0.1831	0.4269	0.0241	0.7398	120.2595	55.189	30.0598
29	5.0361	-4.8794	1.6278	8.1452	-2.0218	1.9294	0.3475	0.1973	1.5254	-0.521	-0.479	-0.5533	-0.641	0.0283	0.1385	0.5232	-0.0828	0.1126	0.7317	-0.0087	0.9643	127.693	60.5604	26.0375
30	9.6913	-0.1354	-0.6241	7.0849	-1.676	9.1661	0.0454	0.0652	-0.9377	-0.4483	-0.0958	-0.841	-0.3788	0.2625	0.1766	0.3824	0.0124	0.0413	0.4684	-0.0433	0.6099	126.8637	44.2513	35.2082
31	4.6848	0.016	0.3719	3.2213	-0.7631	3.8307	-0.1161	-0.1606	-0.5388	0.0207	-0.1532	-0.7867	0.1986	0.5521	0.1091	0.2919	-0.0061	0.0135	0.4811	-0.0483	0.628	122.2071	50.5475	39.0684
32	0.4148	0.9216	0.4781	8.5282	0.315	0.9158	-0.0404	0.283	0.7189	0.1922	0.0634	0.73	-0.5771	-0.1688	-0.2504	0.3918	0.0261	0.0729	0.3571	0.0359	0.7609	22.0476	40.7106	69.9423
33	5.5135	0.2328	-0.8796	2.5883	0.9552	1.1854	0.1314	-0.1995	0.5918	0.1527	-0.1235	0.4149	-0.037	0.0113	0.0142	0.3861	-0.0212	0.0607	0.3026	-0.0527	0.457	31.8029	37.376	70.3601
34	3.3061	0.2478	-0.3117	4.0766	-1.1902	3.235	0.1695	-0.3838	0.3703	0.6039	-0.0276	0.5272	-0.3687	-0.0205	-0.1259	0.4024	-0.048	0.0845	0.3462	-0.1245	0.5802	38.6195	40.425	75.9513
35	5.2358	-0.3472	1.8874	1.0549	1.5482	3.3828	-0.0561	0.1137	0.212	0.1139	-0.056	0.0525	0.1002	0.2205	0.0945	0.275	-0.0306	0.0674	0.1692	0.0035	0.3498	43.5541	29.2585	67.5407
36	8.1208	-4.0558	0.2776	8.4866	-0.0377	8.0841	0.587	0.1895	-1.0942	-0.5693	-0.6322	-0.5932	0.7744	0.9947	0.0042	0.4188	0.0188	0.1048	0.4572	0.0712	0.6857	60.6856	20.876	52.9411
37	4.6808	1.7473	-0.5701	2.2406	0.2061	2.5045	-0.1172	0.2951	-0.0083	-0.0485	0.1878	-0.3748	-0.0436	0.2351	-0.0133	0.304	-0.0474	0.0439	0.2518	0.0333	0.4071	43.299	25.0775	62.2356
38	3.1166	-0.0528	1.5503	0.2293	-0.4965	3.4317	0.0308	-0.146	-0.1154	0.3181	-0.2394	0.0417	0.2077	0.1936	0.0109	0.388	-0.0167	0.1053	0.2389	-0.0218	0.4518	28.8976	23.4283	73.2743
39	0.3923	-0.5317	-0.0771	0.7332	0.1184	0.0303	-0.1288	-0.0998	0.39	0.6004	-0.1323	-0.404	0.0314	0.07	0.1984	0.4817	0.0003	-0.0312	0.4459	-0.0579	0.5222	60.7592	29.3978	67.1767
40	5.7951	0.0933	1.496	1.9222	0.2537	7.5407	-0.0916	0.3825	0.1801	-0.0808	-0.1959	-0.0046	0.1297	0.0106	0.1424	0.2766	-0.0558	0.0372	0.3001	0.0455	0.403	54.1447	34.8307	52.9169
41	0.1647	-1.0473	0.396	7.2898	-1.3167	4.1738	-0.5916	1.9226	0.6153	-0.865	0.5334	-0.2269	-0.2498	0.4229	0.0112	0.4221	-0.1701	-0.0757	0.8032	0.22	0.4864	51.7284	36.2269	42.5885
42	4.6021	0.4597	-0.023	2.6788	1.0376	5.6211	-0.5446	0.1189	-0.2763	-0.2158	-0.1411	0.0485	-0.0492	-0.0174	0.6562	0.3128	-0.076	0.0307	0.3224	-0.0065	0.4034	60.66	28.9443	50.635
43	3.5185	1.1173	0.6531	2.9723	4.6001	8.2503	-0.3042	0.4407	-0.131	-0.4304	-0.1079	0.4509	0.29	-0.7255	0.5619	0.3638	-0.0619	-0.0126	0.4144	0.0581	0.3948	63.517	34.4013	44.1322
44	6.2208	-4.2173	-4.4262	9.831	1.4478	3.495	0.0716	-1.1124	2.3093	0.7144	0.5337	-0.8961	-0.8891	0.8766	-0.4056	0.4683	-0.0991	0.0478	0.6575	-0.1	0.6701	65.5019	42.0139	57.5617
45	7.1654	2.387	-4.4388	4.0283	-1.944	6.6454	0.5151	-0.3109	2.2468	0.2274	0.4529	-0.4239	-1.0352	0.2395	-1.3341	0.569	0.0201	0.1971	0.4908	-0.0128	0.776	53.559	44.8093	58.2653
46	7.3124	0.2133	-5.4203	1.899	-0.5644	7.3728	0.3409	0.699	0.8259	-0.5309	0.4648	-0.2744	0.0657	-0.3246	-0.7686	0.3325	-0.0804	0.0337	0.3094	0.0061	0.3666	64.9051	37.2889	39.758

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5303 through 5335 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 5336 through 5418 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 5419 through 5462 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 5463 through 5478 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 5479 through 5505 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 5506 through 5518 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 5519 through 5540 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 5541 through 5571 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 5572 through 5591 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 11 through 32 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 33 through 72 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 73 through 100 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 5302 through 5417 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 5418 through 5505 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 5506 through 5591 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 12 through 22 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 23 through 32 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 33 through 63 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 64 through 79 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 80 through 95 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 5302 through 5335 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 5336 through 5477 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 5478 through 5505 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 5506 through 5518 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 5519 through 5540 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 5541 through 5591 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 12 through 22 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 23 through 52 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 53 through 63 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 64 through 79 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 80 through 95 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 5303 through 5335 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'G' and (resid 5336 through 5418 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 5419 through 5505 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 5506 through 5540 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid 5541 through 5552 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resid 5553 through 5571 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'G' and (resid 5572 through 5592 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'H' and (resid 10 through 15 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'H' and (resid 16 through 22 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid 23 through 32 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'H' and (resid 33 through 52 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resid 53 through 72 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'H' and (resid 73 through 79 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'H' and (resid 80 through 87 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'H' and (resid 88 through 99 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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