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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qky | ||||||
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タイトル | Bacteriophage T5 dUTPase | ||||||
要素 | Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / bacteriophage / T5 / dUTPase / Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolases / dUTP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia phage T5 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Gabdulkhakov, A.G. / Dzhus, U.F. / Selikhanov, G.K. / Glukhov, A.S. | ||||||
資金援助 | ロシア, 1件
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引用 | ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2024 タイトル: Bacteriophage T5 dUTPase: Combination of Common Enzymatic and Novel Functions. 著者: Glukhov, A. / Marchenkov, V. / Dzhus, U. / Krutilina, A. / Selikhanov, G. / Gabdulkhakov, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qky.cif.gz | 103.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qky.ent.gz | 71.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qky.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8qky_validation.pdf.gz | 453.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8qky_full_validation.pdf.gz | 457.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8qky_validation.xml.gz | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8qky_validation.cif.gz | 25.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/8qky ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/8qky | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8qldC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16223.650 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage T5 (ファージ) / 遺伝子: DUT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O48500 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.22 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.075 M TRIS hydrochloride, 1.5 M Ammonium sulfate, 25% v/v glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 35488 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.76 % / Biso Wilson estimate: 35.18 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 22.91 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 1.01 / Mean I/σ(I) obs: 1.86 / Num. unique obs: 2637 / CC1/2: 0.71 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→46.76 Å / SU ML: 0.221 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.5113 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→46.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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