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- PDB-8qkt: Structure of a nucleosome composed of a palindromic 167-base pair... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qkt
タイトルStructure of a nucleosome composed of a palindromic 167-base pair blunt-ended DNA fragment
要素
  • (DNA (167-MER)) x 2
  • (Histone H2A) x 2
  • (Histone H2B type 1- ...) x 2
  • Histone H3.1
  • Histone H4
キーワードDNA / nucleosome / histone / chromatin
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleosomal DNA binding / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere ...nucleosomal DNA binding / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / telomere organization / Interleukin-7 signaling / Inhibition of DNA recombination at telomere / RNA Polymerase I Promoter Opening / Meiotic synapsis / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / epigenetic regulation of gene expression / HCMV Late Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / innate immune response in mucosa / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RNA Polymerase I Promoter Escape / lipopolysaccharide binding / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / G2/M DNA damage checkpoint / NoRC negatively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / structural constituent of chromatin / antibacterial humoral response / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / defense response to Gram-negative bacterium / Estrogen-dependent gene expression / killing of cells of another organism / gene expression / defense response to Gram-positive bacterium / Ub-specific processing proteases / cadherin binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A ...: / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H2A / Histone H4 / Histone H2A / Histone H2B type 1-J / Histone H3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.261 Å
データ登録者Ma, Z. / Davey, C.A.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, Singapore) シンガポール
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a nucleosome composed of a palindromic 167-base pair blunt-ended DNA fragment
著者: Ma, Z. / Davey, C.A.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021
タイトル: Engineering nucleosomes for generating diverse chromatin assemblies.
著者: Adhireksan, Z. / Sharma, D. / Lee, P.L. / Bao, Q. / Padavattan, S. / Shum, W.K. / Davey, G.E. / Davey, C.A.
履歴
登録2023年9月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AAA: Histone H3.1
BBB: Histone H4
CCC: Histone H2A
DDD: Histone H2B type 1-J
EEE: Histone H3.1
FFF: Histone H4
GGG: Histone H2A
HHH: Histone H2B type 1-J
III: DNA (167-MER)
JJJ: DNA (167-MER)
KKK: Histone H3.1
LLL: Histone H4
MMM: Histone H2A
NNN: Histone H2B type 1-J
OOO: Histone H3.1
PPP: Histone H4
QQQ: Histone H2A
RRR: Histone H2B type 1-J
SSS: DNA (167-MER)
TTT: DNA (167-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)378,67553
ポリマ－376,86220
非ポリマー1,81333
水00
1
AAA: Histone H3.1
BBB: Histone H4
CCC: Histone H2A
DDD: Histone H2B type 1-J
EEE: Histone H3.1
FFF: Histone H4
GGG: Histone H2A
HHH: Histone H2B type 1-J
III: DNA (167-MER)
JJJ: DNA (167-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,47529
ポリマ－188,43110
非ポリマー1,04419
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area61040 Å2
ΔGint-480 kcal/mol
Surface area79590 Å2
2
KKK: Histone H3.1
LLL: Histone H4
MMM: Histone H2A
NNN: Histone H2B type 1-J
OOO: Histone H3.1
PPP: Histone H4
QQQ: Histone H2A
RRR: Histone H2B type 1-J
SSS: DNA (167-MER)
TTT: DNA (167-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,20024
ポリマ－188,43110
非ポリマー76914
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area60330 Å2
ΔGint-458 kcal/mol
Surface area79720 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)108.437, 103.722, 185.405
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.590, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 12分子 AAAEEEKKKOOOBBBFFFLLLPPPCCCMMMGGGQQQ

#1: タンパク質
Histone H3.1 / Histone H3/a / Histone H3/b / Histone H3/c / Histone H3/d / Histone H3/f / Histone H3/h / Histone ...Histone H3/a / Histone H3/b / Histone H3/c / Histone H3/d / Histone H3/f / Histone H3/h / Histone H3/i / Histone H3/j / Histone H3/k / Histone H3/l


分子量: 11504.476 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: H3C1, H3FA, HIST1H3A, H3C2, H3FL, HIST1H3B, H3C3, H3FC HIST1H3C, H3C4, H3FB, HIST1H3D, H3C6, H3FD, HIST1H3E, H3C7, H3FI, HIST1H3F, H3C8, H3FH, HIST1H3G, H3C10, H3FK, HIST1H3H, H3C11, H3FF, ...遺伝子: H3C1, H3FA, HIST1H3A, H3C2, H3FL, HIST1H3B, H3C3, H3FC HIST1H3C, H3C4, H3FB, HIST1H3D, H3C6, H3FD, HIST1H3E, H3C7, H3FI, HIST1H3F, H3C8, H3FH, HIST1H3G, H3C10, H3FK, HIST1H3H, H3C11, H3FF, HIST1H3I, H3C12, H3FJ, HIST1H3J
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68431
#2: タンパク質
Histone H4


分子量: 8910.394 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8C1JQV0
#3: タンパク質 Histone H2A


分子量: 11508.419 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H2AC8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H2QSF5
#5: タンパク質 Histone H2A


分子量: 11308.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LOC102977259 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2Y9FT95

-
Histone H2B type 1- ... , 2種, 4分子 DDDNNNHHHRRR

#4: タンパク質 Histone H2B type 1-J


分子量: 10778.394 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H2BC11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06899
#6: タンパク質 Histone H2B type 1-J


分子量: 10907.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H2BC11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06899

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 IIISSSJJJTTT

#7: DNA鎖 DNA (167-MER)


分子量: 51553.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#8: DNA鎖 DNA (167-MER)


分子量: 51544.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 1種, 33分子

#9: 化合物...
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MnCl2-containing buffers

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.26→48.66 Å / Num. obs: 61655 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 3.26→3.44 Å / Num. unique obs: 7836 / CC1/2: 0.541

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.261→48.655 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.838 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.79 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.76 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 2865 5.001 %
Rwork0.2692 54426 -
all0.272 --
obs-57291 89.061 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 88.517 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.504 Å20 Å2-0.466 Å2
2---1.818 Å2-0 Å2
3---4.346 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.261→48.655 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11980 13682 33 0 25695
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01227488
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0270.01819702
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2321.37439994
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.2962.13545834
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.06451492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.4918.539712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.373152312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.95415172
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.23604
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0221486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.026136
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1780.24795
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2220.220063
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2110.211460
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0750.210799
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.2329
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0450.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2640.28
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2490.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1650.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3517.0066016
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3517.0056015
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.11510.4837492
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.11510.4857493
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.75810.49321472
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.75810.49321471
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.71715.78932502
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.71615.78932503
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.70399.64734575
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.70399.64634574
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
3.261-3.3450.3611770.34333530.34447070.6350.68474.99470.34
3.345-3.4370.3452130.3240570.32145970.710.72892.88670.315
3.437-3.5360.3412130.29240400.29444400.7570.79195.78830.283
3.536-3.6440.4271070.37620450.37943350.6660.71249.64240.409
3.644-3.7630.788750.79414450.79342100.5310.47636.10450.817
3.763-3.8940.3951960.38336960.38440620.7040.69395.81490.37
3.894-4.040.441900.37436130.37739530.7140.73396.20540.33
4.04-4.2040.2911890.23735710.2437730.8590.8899.65540.207
4.204-4.3890.2911810.21734470.22136370.8690.89899.75250.192
4.389-4.6010.2451730.19832930.20134720.9020.91599.82720.172
4.601-4.8480.2351660.18731570.18933240.9160.93399.96990.16
4.848-5.1390.2241580.1930010.19231650.9250.92899.81040.162
5.139-5.4890.2751470.18327890.18829460.8910.92499.66060.158
5.489-5.9230.2591370.19226010.19627450.9120.92599.7450.164
5.923-6.4780.2791290.224370.20425710.8930.92199.80550.171
6.478-7.2270.3131150.21221910.21723070.8720.90699.95670.182
7.227-8.3150.2411020.17519440.17920530.9340.94999.6590.158
8.315-10.110.23880.17916570.18117630.9320.94998.9790.169
10.11-13.9980.202680.15213050.15413820.9530.96499.34880.159
13.998-48.6550.246410.2027830.2048540.9490.95496.48710.217

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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