PDB-8qks: Plasmodium falciparum reticulocyte-binding protein homologue 5 (P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qks

タイトル

Plasmodium falciparum reticulocyte-binding protein homologue 5 (PfRH5) bound to R5.034

要素

Immunoglobulin lambda variable 1-36
R5034HV
Reticulocyte-binding protein-like protein 5

キーワード

IMMUNE SYSTEM / malaria RH5 Antibody Clonotype

機能・相同性

Rh5 coiled-coil domain / Rh5 coiled-coil domain / Reticulocyte-binding protein-like protein 5

機能・相同性情報

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.994 Å

データ登録者

Wright, N.D. / Barrett, J.R. / Bradshaw, W.J. / Paterson, N.G. / MacLean, E.M. / Ferreira, L. / McHugh, K. / Von Delft, F. / Koekemoer, L. / Draper, S.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Analysis of the Diverse Antigenic Landscape of the Malaria Invasion Protein RH5 Identifies a Potent Vaccine-Induced Human Public Antibody Clonotype
著者: Barrett, J.R. / Draper, S.J.

履歴

登録	2023年9月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qks.cif.gz	826.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qks.ent.gz	665.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8qks_validation.pdf.gz	654.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qks_full_validation.pdf.gz	796.9 KB	表示
XML形式データ	8qks_validation.xml.gz	142.2 KB	表示
CIF形式データ	8qks_validation.cif.gz	185.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/8qks ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/8qks	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Reticulocyte-binding protein-like protein 5

B: Immunoglobulin lambda variable 1-36

C: R5034HV

D: Reticulocyte-binding protein-like protein 5

E: Immunoglobulin lambda variable 1-36

F: R5034HV

G: Reticulocyte-binding protein-like protein 5

H: Reticulocyte-binding protein-like protein 5

I: Immunoglobulin lambda variable 1-36

J: R5034HV

K: Immunoglobulin lambda variable 1-36

L: R5034HV

M: Reticulocyte-binding protein-like protein 5

N: Reticulocyte-binding protein-like protein 5

O: Immunoglobulin lambda variable 1-36

P: R5034HV

Q: Immunoglobulin lambda variable 1-36

R: R5034HV

S: Reticulocyte-binding protein-like protein 5

T: Reticulocyte-binding protein-like protein 5

U: Immunoglobulin lambda variable 1-36

V: R5034HV

W: Immunoglobulin lambda variable 1-36

X: R5034HV

495 kDa, 24 ポリマー
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1

A: Reticulocyte-binding protein-like protein 5

B: Immunoglobulin lambda variable 1-36

C: R5034HV

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
61.9 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Reticulocyte-binding protein-like protein 5

E: Immunoglobulin lambda variable 1-36

F: R5034HV

登録者が定義した集合体
61.9 kDa, 3 ポリマー
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3

G: Reticulocyte-binding protein-like protein 5

K: Immunoglobulin lambda variable 1-36

L: R5034HV

登録者が定義した集合体
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4

H: Reticulocyte-binding protein-like protein 5

I: Immunoglobulin lambda variable 1-36

J: R5034HV

登録者が定義した集合体
61.9 kDa, 3 ポリマー
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5

M: Reticulocyte-binding protein-like protein 5

Q: Immunoglobulin lambda variable 1-36

R: R5034HV

登録者が定義した集合体
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6

N: Reticulocyte-binding protein-like protein 5

O: Immunoglobulin lambda variable 1-36

P: R5034HV

登録者が定義した集合体
61.9 kDa, 3 ポリマー
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7

S: Reticulocyte-binding protein-like protein 5

W: Immunoglobulin lambda variable 1-36

X: R5034HV

登録者が定義した集合体
61.9 kDa, 3 ポリマー
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8

T: Reticulocyte-binding protein-like protein 5

U: Immunoglobulin lambda variable 1-36

V: R5034HV

登録者が定義した集合体
61.9 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.259, 376.787, 226.818
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90.062, 90
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	A	7 - 305
2	1	1	A	7 - 305
3	2	2	A	7 - 310
4	2	2	A	7 - 310
5	3	3	A	7 - 305
6	3	3	A	7 - 305
7	4	4	A	7 - 311
8	4	4	A	7 - 311
9	5	5	A	7 - 305
10	5	5	A	7 - 305
11	6	6	A	20 - 311
12	6	6	A	20 - 311
13	7	7	A	7 - 305
14	7	7	A	7 - 305
15	8	8	A	7 - 101
16	8	8	A	7 - 101
17	9	9	A	7 - 101
18	9	9	A	7 - 101
19	10	10	A	7 - 101
20	10	10	A	7 - 101
21	11	11	A	7 - 102
22	11	11	A	7 - 102
23	12	12	A	7 - 102
24	12	12	A	7 - 102
25	13	13	A	7 - 102
26	13	13	A	7 - 102
27	14	14	A	7 - 101
28	14	14	A	7 - 101
29	15	15	A	1 - 120
30	15	15	A	1 - 120
31	16	16	A	1 - 120
32	16	16	A	1 - 120
33	17	17	A	1 - 120
34	17	17	A	1 - 120
35	18	18	A	1 - 120
36	18	18	A	1 - 120
37	19	19	A	1 - 120
38	19	19	A	1 - 120
39	20	20	A	1 - 120
40	20	20	A	1 - 120
41	21	21	A	1 - 120
42	21	21	A	1 - 120
43	22	22	A	7 - 305
44	22	22	A	7 - 305
45	23	23	A	7 - 305
46	23	23	A	7 - 305
47	24	24	A	7 - 305
48	24	24	A	7 - 305
49	25	25	A	7 - 305
50	25	25	A	7 - 305
51	26	26	A	20 - 305
52	26	26	A	20 - 305
53	27	27	A	7 - 305
54	27	27	A	7 - 305
55	28	28	A	7 - 103
56	28	28	A	7 - 103
57	29	29	A	7 - 103
58	29	29	A	7 - 103
59	30	30	A	7 - 103
60	30	30	A	7 - 103
61	31	31	A	7 - 102
62	31	31	A	7 - 102
63	32	32	A	7 - 103
64	32	32	A	7 - 103
65	33	33	A	7 - 103
66	33	33	A	7 - 103
67	34	34	A	1 - 120
68	34	34	A	1 - 120
69	35	35	A	1 - 120
70	35	35	A	1 - 120
71	36	36	A	1 - 120
72	36	36	A	1 - 120
73	37	37	A	1 - 120
74	37	37	A	1 - 120
75	38	38	A	1 - 120
76	38	38	A	1 - 120
77	39	39	A	1 - 120
78	39	39	A	1 - 120
79	40	40	A	7 - 304
80	40	40	A	7 - 304
81	41	41	A	7 - 311
82	41	41	A	7 - 311
83	42	42	A	7 - 305
84	42	42	A	7 - 305
85	43	43	A	20 - 310
86	43	43	A	20 - 310
87	44	44	A	7 - 305
88	44	44	A	7 - 305
89	45	45	A	7 - 305
90	45	45	A	7 - 305
91	46	46	A	7 - 305
92	46	46	A	7 - 305
93	47	47	A	20 - 304
94	47	47	A	20 - 304
95	48	48	A	7 - 305
96	48	48	A	7 - 305
97	49	49	A	7 - 103
98	49	49	A	7 - 103
99	50	50	A	7 - 103
100	50	50	A	7 - 103
101	51	51	A	7 - 102
102	51	51	A	7 - 102
103	52	52	A	7 - 103
104	52	52	A	7 - 103
105	53	53	A	7 - 103
106	53	53	A	7 - 103
107	54	54	A	1 - 120
108	54	54	A	1 - 120
109	55	55	A	1 - 120
110	55	55	A	1 - 120
111	56	56	A	1 - 120
112	56	56	A	1 - 120
113	57	57	A	1 - 120
114	57	57	A	1 - 120
115	58	58	A	1 - 120
116	58	58	A	1 - 120
117	59	59	A	7 - 103
118	59	59	A	7 - 103
119	60	60	A	7 - 102
120	60	60	A	7 - 102
121	61	61	A	7 - 103
122	61	61	A	7 - 103
123	62	62	A	7 - 103
124	62	62	A	7 - 103
125	63	63	A	1 - 120
126	63	63	A	1 - 120
127	64	64	A	1 - 120
128	64	64	A	1 - 120
129	65	65	A	1 - 120
130	65	65	A	1 - 120
131	66	66	A	1 - 120
132	66	66	A	1 - 120
133	67	67	A	7 - 305
134	67	67	A	7 - 305
135	68	68	A	20 - 311
136	68	68	A	20 - 311
137	69	69	A	7 - 305
138	69	69	A	7 - 305
139	70	70	A	20 - 304
140	70	70	A	20 - 304
141	71	71	A	7 - 305
142	71	71	A	7 - 305
143	72	72	A	7 - 103
144	72	72	A	7 - 103
145	73	73	A	7 - 103
146	73	73	A	7 - 103
147	74	74	A	7 - 103
148	74	74	A	7 - 103
149	75	75	A	1 - 120
150	75	75	A	1 - 120
151	76	76	A	1 - 120
152	76	76	A	1 - 120
153	77	77	A	1 - 120
154	77	77	A	1 - 120
155	78	78	A	7 - 102
156	78	78	A	7 - 102
157	79	79	A	7 - 102
158	79	79	A	7 - 102
159	80	80	A	1 - 120
160	80	80	A	1 - 120
161	81	81	A	1 - 120
162	81	81	A	1 - 120
163	82	82	A	20 - 305
164	82	82	A	20 - 305
165	83	83	A	7 - 103
166	83	83	A	7 - 103
167	84	84	A	1 - 120
168	84	84	A	1 - 120

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30
16	Local NCS retraints between domains: 31 32
17	Local NCS retraints between domains: 33 34
18	Local NCS retraints between domains: 35 36
19	Local NCS retraints between domains: 37 38
20	Local NCS retraints between domains: 39 40
21	Local NCS retraints between domains: 41 42
22	Local NCS retraints between domains: 43 44
23	Local NCS retraints between domains: 45 46
24	Local NCS retraints between domains: 47 48
25	Local NCS retraints between domains: 49 50
26	Local NCS retraints between domains: 51 52
27	Local NCS retraints between domains: 53 54
28	Local NCS retraints between domains: 55 56
29	Local NCS retraints between domains: 57 58
30	Local NCS retraints between domains: 59 60
31	Local NCS retraints between domains: 61 62
32	Local NCS retraints between domains: 63 64
33	Local NCS retraints between domains: 65 66
34	Local NCS retraints between domains: 67 68
35	Local NCS retraints between domains: 69 70
36	Local NCS retraints between domains: 71 72
37	Local NCS retraints between domains: 73 74
38	Local NCS retraints between domains: 75 76
39	Local NCS retraints between domains: 77 78
40	Local NCS retraints between domains: 79 80
41	Local NCS retraints between domains: 81 82
42	Local NCS retraints between domains: 83 84
43	Local NCS retraints between domains: 85 86
44	Local NCS retraints between domains: 87 88
45	Local NCS retraints between domains: 89 90
46	Local NCS retraints between domains: 91 92
47	Local NCS retraints between domains: 93 94
48	Local NCS retraints between domains: 95 96
49	Local NCS retraints between domains: 97 98
50	Local NCS retraints between domains: 99 100
51	Local NCS retraints between domains: 101 102
52	Local NCS retraints between domains: 103 104
53	Local NCS retraints between domains: 105 106
54	Local NCS retraints between domains: 107 108
55	Local NCS retraints between domains: 109 110
56	Local NCS retraints between domains: 111 112
57	Local NCS retraints between domains: 113 114
58	Local NCS retraints between domains: 115 116
59	Local NCS retraints between domains: 117 118
60	Local NCS retraints between domains: 119 120
61	Local NCS retraints between domains: 121 122
62	Local NCS retraints between domains: 123 124
63	Local NCS retraints between domains: 125 126
64	Local NCS retraints between domains: 127 128
65	Local NCS retraints between domains: 129 130
66	Local NCS retraints between domains: 131 132
67	Local NCS retraints between domains: 133 134
68	Local NCS retraints between domains: 135 136
69	Local NCS retraints between domains: 137 138
70	Local NCS retraints between domains: 139 140
71	Local NCS retraints between domains: 141 142
72	Local NCS retraints between domains: 143 144
73	Local NCS retraints between domains: 145 146
74	Local NCS retraints between domains: 147 148
75	Local NCS retraints between domains: 149 150
76	Local NCS retraints between domains: 151 152
77	Local NCS retraints between domains: 153 154
78	Local NCS retraints between domains: 155 156
79	Local NCS retraints between domains: 157 158
80	Local NCS retraints between domains: 159 160
81	Local NCS retraints between domains: 161 162
82	Local NCS retraints between domains: 163 164
83	Local NCS retraints between domains: 165 166
84	Local NCS retraints between domains: 167 168

#1: タンパク質	Reticulocyte-binding protein-like protein 5 分子量: 37239.992 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: Rh5 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A8F2YHP6
#2: タンパク質	Immunoglobulin lambda variable 1-36 分子量: 11078.051 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGLV1-36 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	R5034HV 分子量: 13586.096 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.59 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.02 M Calcium chloride dihydrate 0.02 M Cadmium chloride hydrate 0.02 M Cobalt(II) chloride hexahydrate 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.99→65.604 Å / Num. obs: 115243 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 0.319
反射シェル	解像度: 3.99→4.06 Å / Num. unique obs: 5241 / CC_1/2: 0.22

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.994→65.604 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.628 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.672 / SU B: 154.907 / SU ML: 2.266 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.986 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.4581	1918	1.665 %	RANDOM
R_work	0.4413	113258	-	-
all	0.442	-	-	-
obs	-	115176	98.869 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 166.39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.609 Å²	-0 Å²	4.384 Å²
2-	-	2.822 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.222 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.994→65.604 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32276	0	0	0	32276

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	32934
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.711	1.818	44316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.474	5	3955
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.6	5	131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.905	10	6052
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.355	10	1593
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.134	0.2	4775
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	24741
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	14600
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.294	0.2	22226
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	996
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.425	0.2	2137
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.374	0.2	143
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	8.754	16.777	15949
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	15.724	30.183	19861
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.868	16.485	16985
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	13.044	30.656	24455
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	37.565	208.199	50124
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.155	0.05	8295
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.159	0.05	8979
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.151	0.05	7945
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.142	0.05	9057
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.166	0.05	8442
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.156	0.05	8907
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.165	0.05	8101
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.106	0.05	2501
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.116	0.05	2509
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.121	0.05	2427
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.147	0.05	2346
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.117	0.05	2348
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.156	0.05	2178
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.153	0.05	2255
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.098	0.05	3415
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_16	0.086	0.05	3424
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_17	0.124	0.05	3319
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_18	0.117	0.05	3315
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_19	0.108	0.05	3393
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_20	0.111	0.05	3319
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_21	0.139	0.05	3228
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_22	0.143	0.05	8617
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_23	0.133	0.05	8285
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_24	0.132	0.05	8503
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_25	0.13	0.05	8778
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_26	0.119	0.05	8634
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_27	0.135	0.05	8499
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_28	0.093	0.05	2567
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_29	0.114	0.05	2489
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_30	0.134	0.05	2385
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_31	0.109	0.05	2361
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_32	0.144	0.05	2207
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_33	0.145	0.05	2311
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_34	0.096	0.05	3391
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_35	0.139	0.05	3275
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_36	0.128	0.05	3255
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_37	0.122	0.05	3326
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_38	0.12	0.05	3278
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_39	0.136	0.05	3213
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_40	0.145	0.05	8200
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_41	0.133	0.05	9209
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_42	0.156	0.05	8833
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_43	0.132	0.05	9356
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_44	0.146	0.05	8519
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_45	0.126	0.05	8211
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_46	0.136	0.05	8251
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_47	0.123	0.05	8137
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_48	0.132	0.05	8230
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_49	0.115	0.05	2486
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_50	0.143	0.05	2386
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_51	0.128	0.05	2320
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_52	0.154	0.05	2194
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_53	0.153	0.05	2329
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_54	0.135	0.05	3262
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_55	0.12	0.05	3293
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_56	0.111	0.05	3327
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_57	0.098	0.05	3357
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_58	0.142	0.05	3198
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_59	0.152	0.05	2303
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_60	0.114	0.05	2325
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_61	0.152	0.05	2187
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_62	0.148	0.05	2312
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_63	0.15	0.05	3202
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_64	0.144	0.05	3288
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_65	0.142	0.05	3219
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_66	0.148	0.05	3214
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_67	0.139	0.05	8594
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_68	0.122	0.05	9144
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_69	0.142	0.05	8341
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_70	0.139	0.05	8789
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_71	0.14	0.05	8505
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_72	0.159	0.05	2190
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_73	0.157	0.05	2129
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_74	0.178	0.05	2184
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_75	0.127	0.05	3264
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_76	0.132	0.05	3232
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_77	0.161	0.05	3103
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_78	0.148	0.05	2063
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_79	0.162	0.05	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_80	0.11	0.05	3290
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_81	0.151	0.05	3189
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_82	0.131	0.05	8387
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_83	0.187	0.05	2058
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_84	0.142	0.05	3167

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15497	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15497	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15947	0.05008
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15947	0.05008
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15113	0.05009
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15113	0.05009
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14218	0.05009
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14218	0.05009
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16566	0.05008
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16566	0.05008
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15591	0.05009
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15591	0.05009
7	13	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16502	0.05008
7	14	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16502	0.05008
8	15	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10558	0.0501
8	16	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10558	0.0501
9	17	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11627	0.0501
9	18	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11627	0.0501
10	19	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12128	0.05009
10	20	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12128	0.05009
11	21	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14678	0.05009
11	22	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14678	0.05009
12	23	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11679	0.0501
12	24	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11679	0.0501
13	25	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15627	0.05008
13	26	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15627	0.05008
14	27	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1526	0.05007
14	28	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1526	0.05007
15	29	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09809	0.0501
15	30	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09809	0.0501
16	31	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08608	0.05011
16	32	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08608	0.05011
17	33	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12442	0.05009
17	34	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12442	0.05009
18	35	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11676	0.0501
18	36	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11676	0.0501
19	37	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10796	0.0501
19	38	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10796	0.0501
20	39	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11066	0.0501
20	40	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11066	0.0501
21	41	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13868	0.0501
21	42	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13868	0.0501
22	43	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14252	0.05009
22	44	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14252	0.05009
23	45	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1328	0.05009
23	46	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1328	0.05009
24	47	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13201	0.05009
24	48	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13201	0.05009
25	49	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13001	0.05009
25	50	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13001	0.05009
26	51	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11884	0.05009
26	52	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11884	0.05009
27	53	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13525	0.05009
27	54	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13525	0.05009
28	55	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09259	0.0501
28	56	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09259	0.0501
29	57	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11425	0.05009
29	58	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11425	0.05009
30	59	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13368	0.05009
30	60	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13368	0.05009
31	61	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10859	0.0501
31	62	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10859	0.0501
32	63	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14374	0.05009
32	64	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14374	0.05009
33	65	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14474	0.05008
33	66	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14474	0.05008
34	67	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09649	0.05011
34	68	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09649	0.05011
35	69	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13875	0.05009
35	70	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13875	0.05009
36	71	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1279	0.0501
36	72	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1279	0.0501
37	73	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12222	0.0501
37	74	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12222	0.0501
38	75	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1198	0.0501
38	76	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1198	0.0501
39	77	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1361	0.05009
39	78	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1361	0.05009
40	79	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14515	0.05009
40	80	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14515	0.05009
41	81	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13311	0.05009
41	82	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13311	0.05009
42	83	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15565	0.05009
42	84	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15565	0.05009
43	85	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13215	0.05009
43	86	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13215	0.05009
44	87	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14638	0.05009
44	88	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14638	0.05009
45	89	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12607	0.05009
45	90	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12607	0.05009
46	91	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13584	0.05009
46	92	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13584	0.05009
47	93	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12302	0.05009
47	94	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12302	0.05009
48	95	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13235	0.05009
48	96	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13235	0.05009
49	97	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11524	0.05009
49	98	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11524	0.05009
50	99	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14266	0.05009
50	100	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14266	0.05009
51	101	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12798	0.05009
51	102	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12798	0.05009
52	103	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15408	0.05008
52	104	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15408	0.05008
53	105	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15282	0.05008
53	106	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15282	0.05008
54	107	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13504	0.05009
54	108	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13504	0.05009
55	109	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12038	0.0501
55	110	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12038	0.0501
56	111	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.111	0.0501
56	112	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.111	0.0501
57	113	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09782	0.05011
57	114	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09782	0.05011
58	115	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14176	0.0501
58	116	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14176	0.0501
59	117	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15234	0.05008
59	118	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15234	0.05008
60	119	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11449	0.05009
60	120	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11449	0.05009
61	121	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15177	0.05008
61	122	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15177	0.05008
62	123	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14767	0.05007
62	124	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14767	0.05007
63	125	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14994	0.05009
63	126	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14994	0.05009
64	127	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14422	0.05009
64	128	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14422	0.05009
65	129	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14155	0.05009
65	130	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14155	0.05009
66	131	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14777	0.05009
66	132	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14777	0.05009
67	133	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13907	0.05009
67	134	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13907	0.05009
68	135	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12225	0.05009
68	136	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12225	0.05009
69	137	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14195	0.05009
69	138	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14195	0.05009
70	139	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13905	0.05009
70	140	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13905	0.05009
71	141	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13989	0.05009
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73	146	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15741	0.05008
74	147	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17799	0.05007
74	148	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17799	0.05007
75	149	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12716	0.0501
75	150	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12716	0.0501
76	151	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13215	0.0501
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79	157	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16209	0.05007
79	158	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16209	0.05007
80	159	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1098	0.0501
80	160	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1098	0.0501
81	161	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15084	0.05009
81	162	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15084	0.05009
82	163	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13055	0.05009
82	164	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13055	0.05009
83	165	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.18678	0.05007
83	166	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.18678	0.05007
84	167	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14229	0.0501
84	168	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14229	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.994-4.098	0.412	147	0.373	7897	0.374	8649	0.881	0.896	93.005	0.372
4.098-4.21	0.41	141	0.377	8027	0.378	8248	0.778	0.823	99.0301	0.377
4.21-4.331	0.4	102	0.356	8041	0.357	8211	0.866	0.874	99.1718	0.357
4.331-4.464	0.37	130	0.351	7656	0.351	7866	0.899	0.908	98.983	0.353
4.464-4.61	0.424	107	0.369	7494	0.37	7656	0.861	0.898	99.2816	0.37
4.61-4.771	0.385	124	0.381	7174	0.381	7353	0.888	0.882	99.252	0.382
4.771-4.95	0.385	119	0.395	6982	0.395	7144	0.878	0.881	99.3981	0.392
4.95-5.15	0.39	126	0.404	6764	0.404	6938	0.872	0.874	99.3082	0.404
5.15-5.378	0.405	110	0.406	6385	0.406	6544	0.856	0.874	99.2512	0.405
5.378-5.639	0.452	92	0.406	6161	0.407	6286	0.845	0.877	99.475	0.404
5.639-5.941	0.502	79	0.426	5944	0.427	6058	0.828	0.861	99.4222	0.428
5.941-6.298	0.428	94	0.438	5570	0.437	5692	0.813	0.853	99.5081	0.438
6.298-6.729	0.444	98	0.438	5202	0.438	5322	0.803	0.829	99.5866	0.444
6.729-7.262	0.488	75	0.445	4878	0.445	4982	0.799	0.843	99.4179	0.451
7.262-7.945	0.557	101	0.475	4470	0.477	4584	0.769	0.824	99.7164	0.489
7.945-8.866	0.493	58	0.481	4116	0.481	4190	0.845	0.842	99.6181	0.47
8.866-10.207	0.566	68	0.484	3629	0.486	3706	0.752	0.837	99.7572	0.465
10.207-12.426	0.432	59	0.476	3048	0.475	3114	0.874	0.856	99.7752	0.453
12.426-17.266	0.554	60	0.529	2400	0.529	2466	0.8	0.817	99.7567	0.499
17.266-65.604	0.483	28	0.669	1420	0.665	1452	0.872	0.686	99.7245	0.637

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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