PDB-8qkr: Plasmodium falciparum reticulocyte-binding protein homologue 5 (P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qkr

タイトル

Plasmodium falciparum reticulocyte-binding protein homologue 5 (PfRH5) bound to R5.251

要素

R5251VHCH
R5251VLCL
Reticulocyte-binding protein-like protein 5

キーワード

IMMUNE SYSTEM / malaria RH5 Antibody Clonotype

機能・相同性

Rh5 coiled-coil domain / Rh5 coiled-coil domain / Reticulocyte-binding protein-like protein 5

機能・相同性情報

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.234 Å

データ登録者

Wright, N.D. / Barrett, J.R. / Bradshaw, W.J. / Paterson, N.G. / MacLean, E.M. / Ferreira, L. / McHugh, K. / Koekemoer, L. / Draper, S.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Analysis of the Diverse Antigenic Landscape of the Malaria Invasion Protein RH5 Identifies a Potent Vaccine-Induced Human Public Antibody Clonotype.
著者: Barrett, J.R. / Draper, S.J.

履歴

登録	2023年9月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qkr.cif.gz	566.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qkr.ent.gz	458.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qkr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qkr_validation.pdf.gz	487 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qkr_full_validation.pdf.gz	532.4 KB	表示
XML形式データ	8qkr_validation.xml.gz	53.9 KB	表示
CIF形式データ	8qkr_validation.cif.gz	73 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/8qkr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/8qkr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Reticulocyte-binding protein-like protein 5

B: R5251VHCH

C: R5251VLCL

D: Reticulocyte-binding protein-like protein 5

E: R5251VHCH

F: R5251VLCL

177 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Reticulocyte-binding protein-like protein 5

B: R5251VHCH

C: R5251VLCL

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
88.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Reticulocyte-binding protein-like protein 5

E: R5251VHCH

F: R5251VLCL

登録者が定義した集合体
88.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.927, 92.016, 92.492
Angle α, β, γ (deg.)	60.535, 72.132, 79.818
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	D
3	2	B
4	2	E
5	3	C
6	3	F

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	PHE	PHE	TYR	TYR	A	A	10 - 311	10 - 311
2	1	1	PHE	PHE	TYR	TYR	D	D	10 - 311	10 - 311
3	2	2	GLU	GLU	LYS	LYS	B	B	6 - 229	6 - 229
4	2	2	GLU	GLU	LYS	LYS	E	E	6 - 229	6 - 229
5	3	3	ASP	ASP	CYS	CYS	C	C	6 - 220	6 - 220
6	3	3	ASP	ASP	CYS	CYS	F	F	6 - 220	6 - 220

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

#1: タンパク質	Reticulocyte-binding protein-like protein 5 分子量: 39258.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: Rh5 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A8F2YHP6
#2: 抗体	R5251VHCH 分子量: 25225.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	R5251VLCL 分子量: 24126.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.78 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.3M Calcium chloride 0.1M Magnesium formate HCl 22.5% (v/v) PurePEGs Cocktail

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9762 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.7911
pseudo-merohedral	2	2	-H, K-L, -L	2	0.2089

反射

解像度: 3.13→59.104 Å / Num. obs: 30110 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.955 / Net I/σ(I): 0.405

反射シェル

解像度: 3.23→3.29 Å / Num. unique obs: 5486 / CC_1/2: 0.245

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.234→59.104 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.893 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.78 / WR_factor R_free: 0.308 / WR_factor R_work: 0.225 / SU B: 69.978 / SU ML: 1.043 / Average fsc free: 0.9207 / Average fsc work: 0.9461 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.691 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3268	1403	4.66 %
R_work	0.2536	28705	-
all	0.257	-	-
obs	-	30108	98.54 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.736 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.118 Å²	0.872 Å²	3.203 Å²
2-	-	3.125 Å²	0.102 Å²
3-	-	-	-0.734 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.234→59.104 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11728	0	0	0	11728

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	12042
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	11229
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.397	1.821	16306
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.501	1.768	25958
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.171	5	1475
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.99	5	43
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.774	10	2142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.271	10	538
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	13921
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2767
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.251	0.2	3397
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.204	0.2	11946
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	5854
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	6571
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.258	0.2	499
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.058	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.133	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.219	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.816	7.247	5886
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.811	7.248	5886
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.638	13.005	7350
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.641	13.006	7351
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.008	7.332	6156
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.008	7.333	6157
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.636	13.475	8950
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.635	13.476	8951
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	14.725	71.89	14526
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	14.729	71.892	14527
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.139	0.05	10179
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.128	0.05	6683
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.176	0.05	6117

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13949	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13949	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12837	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12837	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17567	0.05008
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17567	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.234-3.317	0.347	105	0.374	2025	0.373	2290	0.892	0.88	93.0131	0.38
3.317-3.408	0.358	107	0.36	2055	0.36	2185	0.864	0.901	98.9474	0.366
3.408-3.506	0.319	93	0.339	2011	0.338	2128	0.928	0.917	98.8722	0.342
3.506-3.614	0.355	85	0.331	1966	0.332	2072	0.908	0.921	98.9865	0.338
3.614-3.732	0.385	83	0.319	1919	0.321	2022	0.876	0.925	99.0109	0.315
3.732-3.862	0.281	89	0.295	1849	0.294	1953	0.943	0.938	99.2319	0.282
3.862-4.008	0.352	83	0.267	1772	0.271	1871	0.9	0.952	99.1448	0.254
4.008-4.17	0.361	86	0.258	1697	0.263	1798	0.929	0.956	99.1657	0.239
4.17-4.355	0.322	91	0.22	1643	0.225	1746	0.928	0.969	99.3127	0.195
4.355-4.566	0.268	82	0.181	1564	0.185	1656	0.949	0.979	99.3961	0.153
4.566-4.812	0.276	76	0.184	1465	0.189	1555	0.948	0.979	99.0997	0.157
4.812-5.101	0.276	71	0.203	1416	0.207	1504	0.956	0.975	98.8697	0.178
5.101-5.451	0.364	76	0.211	1322	0.219	1419	0.935	0.976	98.5201	0.184
5.451-5.883	0.363	60	0.245	1163	0.251	1282	0.938	0.966	95.3978	0.216
5.883-6.438	0.347	53	0.228	1154	0.233	1212	0.922	0.969	99.5875	0.193
6.438-7.188	0.323	49	0.215	1029	0.22	1082	0.931	0.971	99.6303	0.184
7.188-8.279	0.309	45	0.207	915	0.212	963	0.937	0.976	99.6885	0.168
8.279-10.091	0.336	39	0.196	771	0.203	811	0.933	0.981	99.8767	0.172
10.091-14.067	0.314	16	0.217	616	0.219	634	0.952	0.979	99.6845	0.194
14.067-59.104	0.335	14	0.359	352	0.358	366	0.943	0.93	100	0.356

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