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万見
- PDB-8qkj: PvSub1 Catalytic Domain in Complex with Peptidomimetic Inhibitor ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qkj
タイトルPvSub1 Catalytic Domain in Complex with Peptidomimetic Inhibitor (MAM-133)
要素
  • Peptidomimetic Inhibitor (MAM-133)
  • subtilisin
キーワードHYDROLASE / Subtilisin / Alpha-ketoamides / SAR
機能・相同性
機能・相同性情報


subtilisin / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
SUB1 protease prodomain ProdP9 / SUB1 protease Prodomain ProdP9 / Subtilisin SUB1-like catalytic domain / : / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site ...SUB1 protease prodomain ProdP9 / SUB1 protease Prodomain ProdP9 / Subtilisin SUB1-like catalytic domain / : / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Subtilase family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.767 Å
データ登録者Batista, F.A. / Martinez, M. / Bouillon, A. / Mechaly, A. / Alzari, P.M. / Haouz, A. / Barale, J.C.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-19-CE18-0010 フランス
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Insights from structure-activity relationships and the binding mode of peptidic alpha-ketoamide inhibitors of the malaria drug target subtilisin-like SUB1.
著者: Legru, A. / Batista, F.A. / Puszko, A.K. / Bouillon, A. / Maurel, M. / Martinez, M. / Ejjoummany, A. / Ortega Varga, L. / Adler, P. / Mechaly, A. / Hadjadj, M. / Sosnowski, P. / Hopfgartner, ...著者: Legru, A. / Batista, F.A. / Puszko, A.K. / Bouillon, A. / Maurel, M. / Martinez, M. / Ejjoummany, A. / Ortega Varga, L. / Adler, P. / Mechaly, A. / Hadjadj, M. / Sosnowski, P. / Hopfgartner, G. / Alzari, P.M. / Blondel, A. / Haouz, A. / Barale, J.C. / Hernandez, J.F.
履歴
登録2023年9月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02024年5月1日Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: subtilisin
B: subtilisin
C: Peptidomimetic Inhibitor (MAM-133)
D: Peptidomimetic Inhibitor (MAM-133)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,60212
ポリマ－141,0444
非ポリマー5588
水8,251458
1
A: subtilisin
C: Peptidomimetic Inhibitor (MAM-133)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8646
ポリマ－70,5222
非ポリマー3414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: subtilisin
D: Peptidomimetic Inhibitor (MAM-133)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7386
ポリマ－70,5222
非ポリマー2164
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.36, 55.13, 69.17
Angle α, β, γ (deg.)68.79, 78.31, 74.92
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 5分子 ABCD

#1: タンパク質 subtilisin


分子量: 69885.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
遺伝子: sub1, PVC01_100035100, PVT01_100029100, PVW1_100050600
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: E6Y8B9, subtilisin
#2: タンパク質・ペプチド Peptidomimetic Inhibitor (MAM-133)


分子量: 636.653 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 465分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.5 M LiSO4, 15% W/V PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.767→64.016 Å / Num. obs: 65557 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.767→1.797 Å / Num. unique obs: 3174 / CC1/2: 0.751

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.767→25.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU R Cruickshank DPI: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.124 / SU Rfree Blow DPI: 0.108 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.108
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2023 3216 -RANDOM
Rwork0.1853 ---
obs0.1862 65540 94.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4096 Å2-1.3898 Å2-0.3879 Å2
2---2.6133 Å2-0.5115 Å2
3---0.2036 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.767→25.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5210 0 115 458 5783
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0095440HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.957391HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1884SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes946HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5440HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion729SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5225SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.65
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.41
LS精密化 シェル解像度: 1.77→1.78 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2743 66 -
Rwork0.2531 --
obs0.2543 1311 91.5 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3860.098-0.3530.7725-0.0360.4146-0.0363-0.04770.0687-0.04770.0433-0.03470.0687-0.0347-0.007-0.0377-0.0111-0.0048-0.00560.0098-0.019731.8006-49.1258-50.4926
21.11420.0228-0.16610.5459-0.12890.0877-0.0360.08350.01750.08350.0096-0.01330.0175-0.01330.02640.0118-0.00710.0138-0.0210.0079-0.020729.5329-61.431-37.2435
30.12231.0178-0.40386.13561.05922.92090.03450.4928-0.08570.49280.054-0.21-0.0857-0.21-0.08850.00970.030.06620.034-0.0790.04425.3246-38.3186-24.7352
41.0196-0.2899-0.15420.5629-0.03540.3979-0.05150.1117-0.00330.11170.05740.0174-0.00330.0174-0.0059-0.010.0062-0.0038-0.0221-0.01880.003933.669-44.3103-34.6118
51.2267-0.0387-0.5631-0.322-0.15610.3815-0.01730.0568-0.06820.0568-0.00140.0795-0.06820.07950.0187-0.0251-0.0175-0.0147-0.0131-0.02620.061747.6549-40.266-40.3921
60.325-1.5594-1.6259-0.9714-1.93794.3534-0.03670.3453-0.21290.3453-0.0093-0.3374-0.2129-0.33740.046-0.1019-0.0402-0.0270.1010.08970.02964.7592-70.05312.9403
70.6631-0.1758-0.21120.7289-0.06460.23280.0522-0.0505-0.0823-0.0505-0.0684-0.0688-0.0823-0.06880.0162-0.01980.0104-0.00830.00690.002-0.03513.3672-52.5533-3.7889
84.84271.51361.20572.74211.05221.1225-0.1323-0.4667-0.2491-0.4667-0.1865-0.0987-0.2491-0.09870.31890.03460.056-0.04160.0328-0.0387-0.07572.3598-69.3035-22.1209
90.3047-0.25580.09980.82890.18770.62210.0274-0.1213-0.0103-0.1213-0.0947-0.0044-0.0103-0.00440.0673-0.02540.01220.0003-0.0099-0.0046-0.00596.8355-66.1435-8.9212
102.98080.67521.59330.1380.50820.62750.018-0.12790.0155-0.1279-0.01390.13140.01550.1314-0.0041-0.02440.03040.0243-0.00720.02860.033520.8366-70.0019-4.8529
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|277 - 331}A277 - 331
2X-RAY DIFFRACTION2{A|332 - 460}A332 - 460
3X-RAY DIFFRACTION3{A|461 - 475}A461 - 475
4X-RAY DIFFRACTION4{A|476 - 575}A476 - 575
5X-RAY DIFFRACTION5{A|576 - 617}A576 - 617
6X-RAY DIFFRACTION6{B|276 - 280}B276 - 280
7X-RAY DIFFRACTION7{B|281 - 458}B281 - 458
8X-RAY DIFFRACTION8{B|459 - 485}B459 - 485
9X-RAY DIFFRACTION9{B|486 - 573}B486 - 573
10X-RAY DIFFRACTION10{B|574 - 617}B574 - 617

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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