PDB-8qk8: Structure of Legionella pneumophila Lcl C-terminal domain bound t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qk8

タイトル

Structure of Legionella pneumophila Lcl C-terminal domain bound to sulphate

要素

HbP1

キーワード

CELL ADHESION / Lcl / T2SS / adhesion / biofilm / Legionella pneumophila / collagen

機能・相同性

Protein of unknown function DUF1566 / Lcl C-terminal domain / : / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / HbP1

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila 130b (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Rehman, S. / Garnett, J.A.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: The Legionella collagen-like protein employs a unique binding mechanism for the recognition of host glycosaminoglycans.
著者: Rehman, S. / Antonovic, A.K. / McIntire, I.E. / Zheng, H. / Cleaver, L. / Adams, C.O. / Portlock, T. / Richardson, K. / Shaw, R. / Oregioni, A. / Mastroianni, G. / Whittaker, S.B. / Kelly, G. ...

履歴

登録	2023年9月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qk8.cif.gz	111.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qk8.ent.gz	85.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qk8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/8qk8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/8qk8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8q4eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HbP1

B: HbP1

ヘテロ分子

37.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HbP1

ヘテロ分子

A: HbP1

ヘテロ分子

A: HbP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
56.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: HbP1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
55.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.910, 74.910, 94.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-499- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 256 - 386 / Label seq-ID: 35 - 165

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	HbP1 分子量: 18572.584 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila 130b (バクテリア) 遺伝子: hbP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E7BLH6
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20% (v/v) glycerol, 20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000, 30 mM NaNO3, 30 mM Na2HPO4, 30 mM (NH4)2SO4, 100 mM bicine, 100 mM tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→64.91 Å / Num. obs: 24856 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.3 % / B_iso Wilson estimate: 24.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 28.7
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 14.8 % / R_merge(I) obs: 0.541 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique obs: 1235 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→64.874 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / WR_factor R_free: 0.184 / WR_factor R_work: 0.161 / Average fsc free: 0.9754 / Average fsc work: 0.9835 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1874	1200	4.828 %
R_work	0.1604	23654	-
all	0.162	-	-
obs	-	24854	99.968 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.968 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.222 Å²	0.111 Å²	0 Å²
2-	-	0.222 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.721 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→64.874 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2058	0	10	194	2262

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.011	2112
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	1940
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.462	1.639	2868
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.761	1.589	4434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.799	5	260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.635	5	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.454	10	338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.377	10	104
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	308
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2602
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	538
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	399
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.168	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.232	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.227	2.547	1046
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.226	2.546	1046
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.138	4.56	1304
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.138	4.559	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.831	2.915	1066
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.811	2.909	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.743	5.144	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.714	5.134	1553
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.791	26.182	2444
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.726	24.995	2400
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.073	0.05	4358

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07251	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07251	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.9-1.949	0.249	93	0.188	1733	0.191	1829	0.963	0.977	99.836	0.158
1.949-2.003	0.195	72	0.175	1673	0.176	1745	0.968	0.981	100	0.148
2.003-2.061	0.199	56	0.159	1666	0.16	1722	0.979	0.984	100	0.137
2.061-2.124	0.236	79	0.164	1584	0.167	1663	0.968	0.983	100	0.14
2.124-2.194	0.214	100	0.162	1532	0.165	1632	0.972	0.984	100	0.142
2.194-2.271	0.252	64	0.165	1493	0.168	1557	0.961	0.984	100	0.147
2.271-2.356	0.212	89	0.161	1398	0.164	1488	0.971	0.985	99.9328	0.144
2.356-2.452	0.19	79	0.166	1396	0.167	1475	0.98	0.984	100	0.15
2.452-2.561	0.175	76	0.169	1330	0.17	1406	0.98	0.983	100	0.155
2.561-2.686	0.166	59	0.16	1290	0.16	1350	0.985	0.984	99.9259	0.146
2.686-2.831	0.223	56	0.162	1213	0.164	1269	0.974	0.984	100	0.153
2.831-3.002	0.162	64	0.155	1158	0.155	1222	0.982	0.986	100	0.152
3.002-3.209	0.229	38	0.161	1106	0.163	1144	0.972	0.984	100	0.162
3.209-3.466	0.165	52	0.167	1018	0.167	1070	0.983	0.983	100	0.171
3.466-3.795	0.227	58	0.151	939	0.155	997	0.976	0.987	100	0.16
3.795-4.242	0.164	57	0.146	838	0.147	896	0.984	0.986	99.8884	0.161
4.242-4.894	0.122	37	0.137	772	0.136	809	0.993	0.99	100	0.157
4.894-5.986	0.142	39	0.17	654	0.168	693	0.989	0.987	100	0.195
5.986-8.429	0.213	25	0.171	530	0.173	555	0.979	0.982	100	0.195
8.429-64.874	0.135	7	0.178	330	0.177	338	0.971	0.972	99.7041	0.223

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