PDB-8qk4: Dehydratase domain (PksJ DH1) from the bacillaene trans-AT PKS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qk4

タイトル

Dehydratase domain (PksJ DH1) from the bacillaene trans-AT PKS

要素

Polyketide synthase PksJ

キーワード

LYASE / dehydratase domain / trans-AT polyketide synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

DIM/DIP cell wall layer assembly / secondary metabolite biosynthetic process / fatty acid synthase activity / ligase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Pang, F. / Alkhalaf, L.M. / Jenner, M.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dehydratase domain (PksJ DH1) from the bacillaene trans-AT PKS
著者: Pang, F. / Alkhalaf, L.M. / Jenner, M.

履歴

登録	2023年9月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qk4.cif.gz	135.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qk4.ent.gz	98.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qk4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qk4_validation.pdf.gz	450.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qk4_full_validation.pdf.gz	453.4 KB	表示
XML形式データ	8qk4_validation.xml.gz	27.1 KB	表示
CIF形式データ	8qk4_validation.cif.gz	36 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/8qk4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/8qk4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (15) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (15)
#78 - 2006年6月
ルシフェラーゼ (Luciferase)
類似性 (6)
#153 - 2012年9月
ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Polyketide synthase PksJ

B: Polyketide synthase PksJ

ヘテロ分子

74.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polyketide synthase PksJ

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
37.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Polyketide synthase PksJ

登録者が定義した集合体
37.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.905, 84.790, 131.938
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Polyketide synthase PksJ / PKS 分子量: 37092.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 遺伝子: pksJ, pksK, BSU17180 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40806
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 22% PEG 3350 and 0.3 M sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→49.104 Å / Num. obs: 47606 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 13.3 % / B_iso Wilson estimate: 27.8 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.09
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / Num. unique obs: 4715 / CC_1/2: 0.975

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→49.104 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / WR_factor R_free: 0.204 / WR_factor R_work: 0.162 / SU B: 3.916 / SU ML: 0.109 / Average fsc free: 0.9645 / Average fsc work: 0.9726 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.133 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2163	2247	4.72 %
R_work	0.1761	45359	-
all	0.178	-	-
obs	-	47606	99.977 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.718 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.916 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.625 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.291 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.104 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4315	0	33	190	4538

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	4500
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4213
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.361	1.638	6106
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.468	1.569	9709
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.021	5	584
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.368	5	22
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.721	10	733
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.973	10	199
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	704
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5297
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	991
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	716
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	3818
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	2133
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	2451
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	213
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.237	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.255	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.236	3.254	2306
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.237	3.254	2306
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.881	5.819	2882
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.88	5.819	2883
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.11	3.663	2194
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.109	3.664	2195
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.542	6.49	3218
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.541	6.49	3219
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.626	36.932	4680
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.594	36.385	4638

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.9-1.949	0.285	157	0.305	3317	0.304	3478	0.913	0.916	99.885	0.296
1.949-2.003	0.275	162	0.244	3191	0.245	3354	0.949	0.954	99.9702	0.228
2.003-2.061	0.243	147	0.223	3143	0.224	3290	0.959	0.963	100	0.201
2.061-2.124	0.231	155	0.2	3085	0.202	3240	0.964	0.97	100	0.177
2.124-2.193	0.227	140	0.193	2934	0.194	3074	0.969	0.974	100	0.168
2.193-2.27	0.208	136	0.181	2857	0.183	2993	0.97	0.978	100	0.155
2.27-2.356	0.201	136	0.168	2761	0.169	2898	0.974	0.982	99.9655	0.144
2.356-2.452	0.226	120	0.177	2692	0.179	2812	0.971	0.98	100	0.147
2.452-2.56	0.225	127	0.169	2566	0.172	2693	0.971	0.982	100	0.143
2.56-2.685	0.218	134	0.17	2432	0.172	2566	0.972	0.981	100	0.144
2.685-2.83	0.224	125	0.169	2332	0.172	2457	0.97	0.983	100	0.146
2.83-3.001	0.183	112	0.165	2213	0.166	2325	0.976	0.983	100	0.143
3.001-3.207	0.207	117	0.175	2076	0.177	2193	0.971	0.981	100	0.158
3.207-3.463	0.232	93	0.176	1966	0.178	2059	0.97	0.981	100	0.159
3.463-3.791	0.235	88	0.172	1810	0.175	1898	0.968	0.983	100	0.163
3.791-4.236	0.181	70	0.144	1664	0.146	1734	0.981	0.987	100	0.14
4.236-4.885	0.147	78	0.129	1460	0.13	1538	0.989	0.991	100	0.134
4.885-5.968	0.239	73	0.173	1247	0.177	1320	0.968	0.986	100	0.176
5.968-8.379	0.232	49	0.197	1000	0.198	1049	0.966	0.98	100	0.202
8.379-49.104	0.292	28	0.196	613	0.2	643	0.933	0.974	99.689	0.23

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