PDB-8qk1: Crystal structure of Trichuris suis beta-N-acetyl-D-hexosaminidas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qk1

タイトル

Crystal structure of Trichuris suis beta-N-acetyl-D-hexosaminidase - HEX-2 in apo form

要素

beta-N-acetylhexosaminidase

キーワード

HYDROLASE / hexosaminidase / enzyme / Glycoside Hydrolase Family 20

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-N-acetylhexosaminidase activity / beta-N-acetylhexosaminidase / N-acetyl-beta-D-galactosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Trichuris suis (豚鞭虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Dutkiewicz, Z. / Varrot, A.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Nematode hexosaminidases, a new biochemical tool for glycan analysis
著者: Dutkiewicz, Z. / Varrot, A. / Wilson, I.

履歴

登録	2023年9月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qk1.cif.gz	111.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qk1.ent.gz	80.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qk1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qk1_validation.pdf.gz	796.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qk1_full_validation.pdf.gz	803.1 KB	表示
XML形式データ	8qk1_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	8qk1_validation.cif.gz	25.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/8qk1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/8qk1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.5281/zenodo.8367522 / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.5281/zenodo.8367522

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

63.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.118, 59.044, 105.977
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.486, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	beta-N-acetylhexosaminidase 分子量: 63269.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trichuris suis (豚鞭虫) / 遺伝子: M514_07548 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: A0A085NCI8
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.2 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 1500 0.15M potasium thiocynate 0.1M Tris pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→43.74 Å / Num. obs: 17835 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 59.7 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.067 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 2.55→2.66 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.782 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2157 / CC_1/2: 0.843 / R_pim(I) all: 0.5 / R_rim(I) all: 0.931 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.55→43.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 12.767 / SU ML: 0.269 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.785 / ESU R Free: 0.324 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2594	836	4.841 %
R_work	0.1894	16432	-
all	0.193	-	-
obs	-	17268	96.734 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.658 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.64 Å²	0 Å²	-0.307 Å²
2-	-	0.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→43.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3688	0	1	44	3733

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	3789
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3519
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.996	1.651	5147
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.64	1.581	8073
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.15	5	454
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.398	5	21
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.451	10	623
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.771	10	185
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	559
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	4467
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	913
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.249	0.2	864
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.238	0.2	3555
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.205	0.2	1875
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	2110
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.126	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.322	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.093	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.855	4.194	1822
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.853	4.194	1822
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.122	7.521	2274
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.12	7.522	2275
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.664	4.565	1967
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.663	4.566	1968
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.331	8.176	2873
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.329	8.177	2874
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.452	42.15	4319
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.454	42.159	4318

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.55-2.616	0.338	56	0.289	937	X-RAY DIFFRACTION	77.3967
2.616-2.687	0.312	51	0.29	1052	X-RAY DIFFRACTION	84.3272
2.687-2.765	0.295	52	0.25	1085	X-RAY DIFFRACTION	94.0447
2.765-2.85	0.281	73	0.237	1134	X-RAY DIFFRACTION	99.5875
2.85-2.943	0.362	67	0.234	1106	X-RAY DIFFRACTION	99.9148
2.943-3.046	0.38	58	0.231	1071	X-RAY DIFFRACTION	100
3.046-3.16	0.348	41	0.202	1044	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.288	0.269	57	0.207	995	X-RAY DIFFRACTION	100
3.288-3.434	0.281	54	0.214	946	X-RAY DIFFRACTION	100
3.434-3.6	0.334	45	0.211	929	X-RAY DIFFRACTION	99.8974
3.6-3.794	0.302	33	0.212	884	X-RAY DIFFRACTION	99.8911
3.794-4.022	0.287	38	0.172	854	X-RAY DIFFRACTION	100
4.022-4.297	0.182	38	0.145	763	X-RAY DIFFRACTION	100
4.297-4.637	0.188	20	0.13	747	X-RAY DIFFRACTION	100
4.637-5.074	0.172	35	0.14	679	X-RAY DIFFRACTION	100
5.074-5.664	0.239	22	0.158	623	X-RAY DIFFRACTION	99.8452
5.664-6.522	0.276	28	0.165	530	X-RAY DIFFRACTION	99.6429

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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