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- PDB-8qjt: BRM (SMARCA2) Bromodomain in complex with ligand 10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qjt
タイトルBRM (SMARCA2) Bromodomain in complex with ligand 10
要素Probable global transcription activator SNF2L2
キーワードGENE REGULATION / BRM / SMARCA2 / SWI/SNF / CHROMATIN REMODELLING / BROMODOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bBAF complex / npBAF complex / nBAF complex / brahma complex / GBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / intermediate filament cytoskeleton ...bBAF complex / npBAF complex / nBAF complex / brahma complex / GBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / intermediate filament cytoskeleton / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / ATP-dependent chromatin remodeler activity / positive regulation of stem cell population maintenance / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of cell differentiation / spermatid development / positive regulation of myoblast differentiation / ATP-dependent activity, acting on DNA / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / helicase activity / positive regulation of cell differentiation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / negative regulation of cell growth / RMTs methylate histone arginines / nervous system development / histone binding / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / hydrolase activity / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2, ATP coupling domain ...BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / domain in helicases and associated with SANT domains / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Helicase conserved C-terminal domain / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VLC / Probable global transcription activator SNF2L2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.568 Å
データ登録者Kerry, P.S. / Hole, A.J. / Perez-Dorado, J.I.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: PROTACs Targeting BRM (SMARCA2) Afford Selective In Vivo Degradation over BRG1 (SMARCA4) and Are Active in BRG1 Mutant Xenograft Tumor Models.
著者: Berlin, M. / Cantley, J. / Bookbinder, M. / Bortolon, E. / Broccatelli, F. / Cadelina, G. / Chan, E.W. / Chen, H. / Chen, X. / Cheng, Y. / Cheung, T.K. / Davenport, K. / DiNicola, D. / ...著者: Berlin, M. / Cantley, J. / Bookbinder, M. / Bortolon, E. / Broccatelli, F. / Cadelina, G. / Chan, E.W. / Chen, H. / Chen, X. / Cheng, Y. / Cheung, T.K. / Davenport, K. / DiNicola, D. / Gordon, D. / Hamman, B.D. / Harbin, A. / Haskell, R. / He, M. / Hole, A.J. / Januario, T. / Kerry, P.S. / Koenig, S.G. / Li, L. / Merchant, M. / Perez-Dorado, I. / Pizzano, J. / Quinn, C. / Rose, C.M. / Rousseau, E. / Soto, L. / Staben, L.R. / Sun, H. / Tian, Q. / Wang, J. / Wang, W. / Ye, C.S. / Ye, X. / Zhang, P. / Zhou, Y. / Yauch, R. / Dragovich, P.S.
履歴
登録2023年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_initial_refinement_model.entity_id_list

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable global transcription activator SNF2L2
B: Probable global transcription activator SNF2L2
C: Probable global transcription activator SNF2L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,78411
ポリマ－43,1423
非ポリマー1,6438
水2,576143
1
A: Probable global transcription activator SNF2L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9604
ポリマ－14,3811
非ポリマー5793
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable global transcription activator SNF2L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9304
ポリマ－14,3811
非ポリマー5493
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Probable global transcription activator SNF2L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8943
ポリマ－14,3811
非ポリマー5142
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.75, 63.75, 88.51
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Probable global transcription activator SNF2L2 / ATP-dependent helicase SMARCA2 / BRG1-associated factor 190B / BAF190B / Protein brahma homolog / ...ATP-dependent helicase SMARCA2 / BRG1-associated factor 190B / BAF190B / Protein brahma homolog / hBRM / SNF2-alpha / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 2


分子量: 14380.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BRM bromodomain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCA2, BAF190B, BRM, SNF2A, SNF2L2 / プラスミド: pET9a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P51531, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-VLC / 2-[6-azanyl-5-[(1R,5S)-8-[2-(2-methoxyethoxy)pyridin-4-yl]-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]pyridazin-3-yl]phenol


分子量: 448.518 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H28N6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.22 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 6K, 6% ethylene glycol, 10 mM ZnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→55.21 Å / Num. obs: 12685 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.57→2.61 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.932 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 646 / CC1/2: 0.829 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.568→55.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU R Cruickshank DPI: 1.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 1.053 / SU Rfree Blow DPI: 0.323 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.332
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 603 -RANDOM
Rwork0.2025 ---
obs0.2054 12685 98.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 58.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.9832 Å20 Å20 Å2
2---7.9832 Å20 Å2
3---15.9664 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.568→55.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2796 0 104 143 3043
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0082958HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.943974HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1130SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes484HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2958HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion376SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2653SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.76
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.33
LS精密化 シェル解像度: 2.57→2.6 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4118 16 -
Rwork0.2571 --
obs0.2621 423 98.12 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.60720.11210.62893.6128-0.77734.9054-0.13950.0897-0.2410.08970.06550.3076-0.2410.30760.074-0.14340.0188-0.04440.0769-0.0277-0.18632.7246-3.9614-10.2046
24.91-0.013-0.59433.53280.35495.7728-0.2668-0.12610.1827-0.12610.09390.18040.18270.18040.1729-0.1863-0.01090.05850.0089-0.0937-0.17474.013-34.8005-17.1637
32.7149-0.43821.1664.98690.49727.3447-0.0028-0.26560.1266-0.26560.053-0.74710.1266-0.7471-0.0502-0.1619-0.1613-0.00280.02980.0874-0.19225.4582-18.2625-33.075
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1380 - 1492
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1380 - 1491
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C1378 - 1491

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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