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- PDB-8qjk: Structure of the cytoplasmic domain of csx23 from Vibrio cholera ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qjk
タイトルStructure of the cytoplasmic domain of csx23 from Vibrio cholera in complex with cyclic tetra-adenylate (cA4)
要素
  • Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)
  • csx23
キーワードGENE REGULATION / DNA BINDING PROTEIN Type III CRISPR effector cA4 EPR
機能・相同性: / ACETYL GROUP / RNA
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.761 Å
データ登録者McMahon, S.A. / McQuarrie, S. / Gloster, T.M. / Gruschow, S. / White, M.F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T004789/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A cyclic-nucleotide binding membrane protein provides CRISPR-mediated antiphage defence in Vibrio cholera
著者: McMahon, S.A. / McQuarrie, S. / Gloster, T.M. / White, M.F. / Gruschow, S. / Ackermann, K. / Bode, B.E.
履歴
登録2023年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: csx23
C: Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7835
ポリマ－11,6722
非ポリマー1113
水81145
1
A: csx23
C: Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)
ヘテロ分子

A: csx23
C: Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)
ヘテロ分子

A: csx23
C: Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)
ヘテロ分子

A: csx23
C: Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,13120
ポリマ－46,6878
非ポリマー44412
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.425, 66.425, 42.479
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

ACE

21A-201-

ACE

31C-101-

NA

41C-205-

HOH

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要素

#1: タンパク質 csx23


分子量: 10399.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: RNA鎖 Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)


タイプ: Polycyclic / クラス: Antiviral / 分子量: 1271.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Cyclic oligoadenylates such as c-tetraAMP were found to be novel bacterial second messengers. Antiviral in context of signalling for Type III CRISPR-Cas systems.
由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: BIRD: PRD_002431
#3: 化合物 ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド


分子量: 44.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CRISPR-Cas systems provide bacteria with adaptive immunity against bacteriophages. Cyclic ...CRISPR-Cas systems provide bacteria with adaptive immunity against bacteriophages. Cyclic oligoadenylate signaling was found to be essential for the type III system against the jumbo phage.
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.2MLiS04, 0.1M NaAcetate, 42.5% peg400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→46.97 Å / Num. obs: 5251 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.76→1.91 Å / Num. unique obs: 264 / CC1/2: 0.721

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0350精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.761→46.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / WRfactor Rfree: 0.281 / WRfactor Rwork: 0.239 / SU B: 5.67 / SU ML: 0.168 / Average fsc free: 0.9336 / Average fsc work: 0.9463 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.324 / ESU R Free: 0.228 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2724 218 4.152 %
Rwork0.2433 5033 -
all0.245 --
obs-5251 56.615 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 41.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.049 Å20 Å20 Å2
2--0.049 Å20 Å2
3----0.098 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.761→46.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数619 0 95 45 759
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.012733
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0420.016633
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1121.6811005
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9471.5661483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.951581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg14.408103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.58210113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg13.0631025
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0490.2116
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02788
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02132
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.2140
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1970.2534
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0820.2330
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1110.232
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1390.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1030.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.554.844329
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5464.844330
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3127.259407
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3077.259408
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9344.276404
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9324.278405
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.296.332598
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2876.334599
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.51264.376812
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.49463.661809
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc work% reflection obs (%)WRfactor RworkFsc free
1.761-1.8060.02910.325350.3166650.8845.41350.322
1.806-1.8560.36720.379990.3796700.89115.07460.3681
1.856-1.9090.51740.3851340.3886460.89921.36220.3850.74
1.909-1.9680.375150.3241820.3286260.9231.46960.3280.915
1.968-2.0320.4390.3212270.3256030.92939.13760.2990.889
2.032-2.1040.246110.272400.2685850.95242.9060.2550.955
2.104-2.1830.208150.2912640.2875730.93748.69110.2660.974
2.183-2.2720.201100.272820.2685470.95253.38210.2510.963
2.272-2.3730.27230.2972960.2945300.94260.18870.2610.955
2.373-2.4880.149130.2843180.2775000.9466.20.2420.986
2.488-2.6220.40370.3123490.3144840.93173.55370.2990.857
2.622-2.7810.387160.3143350.3174370.93380.32040.2890.892
2.781-2.9720.43100.2873840.294310.94291.41530.2670.904
2.972-3.2090.327200.2923720.2943970.93998.74060.2780.923
3.209-3.5140.264140.263580.263720.9611000.2410.946
3.514-3.9260.233130.2253320.2253450.9741000.2170.971
3.926-4.5280.233170.1892680.1922860.97799.65030.1930.976
4.528-5.5330.3260.1822550.1862610.9781000.2030.933
5.533-7.7710.32480.2021900.2071990.97899.49750.2340.943
7.771-46.970.15240.2031130.2011180.97399.15250.2650.983

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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