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万見
- PDB-8qid: Structure of Mycobacterium abscessus Phosphopantetheine adenylylt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qid
タイトルStructure of Mycobacterium abscessus Phosphopantetheine adenylyltransferase in complex with fragment
要素Phosphopantetheine adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / CoaD / PPAT / nucleotidyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphopantetheine adenylyltransferase / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0IM / Phosphopantetheine adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacteroides abscessus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Thomas, S.E. / McCarthy, W.J. / Coyne, A.G. / Blundell, T.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates Foundation 米国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024
タイトル: A Fragment-Based Competitive 19 F LB-NMR Platform For Hotspot-Directed Ligand Profiling.
著者: McCarthy, W.J. / Thomas, S.E. / Olaleye, T. / Boland, J.A. / Floto, R.A. / Williams, G. / Blundell, T.L. / Coyne, A.G. / Abell, C.
履歴
登録2023年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年9月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
C: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1996
ポリマ－52,4313
非ポリマー7693
水5,134285
1
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
C: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
C: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,39812
ポリマ－104,8616
非ポリマー1,5376
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area14080 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area35600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.281, 125.363, 119.062
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-376-

HOH

21C-329-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phosphopantetheine adenylyltransferase / Dephospho-CoA pyrophosphorylase / Pantetheine-phosphate adenylyltransferase / PPAT


分子量: 17476.887 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacteroides abscessus (バクテリア)
遺伝子: coaD, MAB_3259c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: B1MDL6, pantetheine-phosphate adenylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-0IM / 1-phenyl-5-(trifluoromethyl)pyrazole-4-carboxylic acid


分子量: 256.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H7F3N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.69 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Sodium bromide, PEG3350, Bis-Tris propane pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→119.06 Å / Num. obs: 60242 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.8 % / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.238 / Rpim(I) all: 0.089 / Rrim(I) all: 0.255 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 470553
反射 シェル解像度: 1.73→1.82 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 1.005 / Num. measured all: 68378 / Num. unique obs: 8726 / CC1/2: 0.762 / Rpim(I) all: 0.372 / Rrim(I) all: 1.073 / Net I/σ(I) obs: 2.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.73→62.6815 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2436 --
Rwork0.2145 --
obs-60203 99.99 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→62.6815 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3510 0 54 285 3849

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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