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万見
- PDB-8qi9: CrPhotLOV1 dark state structure determined by serial synchrotron ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qi9
タイトルCrPhotLOV1 dark state structure determined by serial synchrotron crystallography at room temperature
要素Phototropin
キーワードFLAVOPROTEIN / PHOTOTROPIN / FLAVIN / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


blue light signaling pathway / blue light photoreceptor activity / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain ...PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Phototropin
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Gotthard, G. / Mous, S. / Weinert, T. / Maia, R.N.A. / James, D. / Dworkowski, F. / Gashi, D. / Antonia, F. / Wang, M. / Panepucci, E. ...Gotthard, G. / Mous, S. / Weinert, T. / Maia, R.N.A. / James, D. / Dworkowski, F. / Gashi, D. / Antonia, F. / Wang, M. / Panepucci, E. / Ozerov, D. / Schertler, G.F.X. / Heberle, J. / Standfuss, J. / Nogly, P.
資金援助European Union, スイス, ポーランド, 4件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission701647European Union
Swiss National Science FoundationPZ00P3_174169 スイス
Polish National Science CentreUMO-2021/03/H/NZ1/00002 ポーランド
Swiss National Science Foundation192760 スイス
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2024
タイトル: Capturing the blue-light activated state of the Phot-LOV1 domain from Chlamydomonas reinhardtii using time-resolved serial synchrotron crystallography.
著者: Gotthard, G. / Mous, S. / Weinert, T. / Maia, R.N.A. / James, D. / Dworkowski, F. / Gashi, D. / Furrer, A. / Ozerov, D. / Panepucci, E. / Wang, M. / Schertler, G.F.X. / Heberle, J. / Standfuss, J. / Nogly, P.
履歴
登録2023年9月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年9月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phototropin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7952
ポリマ－15,3381
非ポリマー4561
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area6120 Å2
2
A: Phototropin
ヘテロ分子

A: Phototropin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5894
ポリマ－30,6772
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+2/31
Buried area3390 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area10570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.540, 121.540, 46.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-642-

HOH

21A-677-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Phototropin / Blue light receptor PHOT


分子量: 15338.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: PHOT, CHLRE_03g199000v5, CHLREDRAFT_183965 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8LPD9, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 6.5
詳細: 100 mM sodium cacodylate at pH 6.5 and 1.0 M sodium citrate dibasic trihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→104.7 Å / Num. obs: 17122 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 1959.27 % / Biso Wilson estimate: 32.45 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / R split: 0.0584 / Net I/σ(I): 13.25
反射 シェル解像度: 1.87→1.9 Å / 冗長度: 310.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.73 / Num. unique obs: 1673 / CC1/2: 0.33 / CC star: 0.7 / R split: 1.3435 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
CrystFELデータ削減
SCALEITデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.87→60.77 Å / SU ML: 0.2011 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.9646
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1829 856 5 %
Rwork0.161 16249 -
obs0.1621 17105 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→60.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数836 0 31 102 969
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015957
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.36391325
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068149
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0122169
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.2794361
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.87-1.990.35561380.30822628X-RAY DIFFRACTION99.46
1.99-2.140.24651430.23612648X-RAY DIFFRACTION99.96
2.14-2.360.20441360.17852678X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.70.20051430.17672688X-RAY DIFFRACTION99.96
2.7-3.40.17491440.1632720X-RAY DIFFRACTION100
3.4-60.770.15271520.12692887X-RAY DIFFRACTION99.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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