PDB-8qho: Human Carbonic Anhydrase II in complex with 3,4-dihydro-1H-benzo[...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qho

タイトル

Human Carbonic Anhydrase II in complex with 3,4-dihydro-1H-benzo[c][1,2]oxaborinin-1-ol

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / carbonic anhydrase / inhibitor / metalloenzyme / benzossaborine / boro

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.43 Å

データ登録者

Angeli, A. / Ferraroni, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Benzoxaborinine, New Chemotype for Carbonic Anhydrase Inhibition: Ex Novo Synthesis, Crystallography, In Silico Studies, and Anti-Melanoma Cell Line Activity.
著者: Giovannuzzi, S. / Nikitjuka, A. / Angeli, A. / Smietana, M. / Massardi, M.L. / Turati, M. / Ronca, R. / Bonardi, A. / Nocentini, A. / Ferraroni, M. / Supuran, C.T. / Winum, J.Y.

履歴

登録	2023年9月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月2日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qho.cif.gz	125.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qho.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qho.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qho_validation.pdf.gz	939.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qho_full_validation.pdf.gz	939.9 KB	表示
XML形式データ	8qho_validation.xml.gz	16.6 KB	表示
CIF形式データ	8qho_validation.cif.gz	23.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/8qho ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/8qho	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8q6lC 8q7gC 8qkzC 8qq9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.450, 41.440, 72.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.452, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-KIX / 1,1-bis(oxidanyl)-3,4-dihydro-2,1$l^{4}-benzoxaborinine / 3,4-dihydro-1H-1l4-benzo[c][1,2]oxaborinine-1,1-diol 分子量: 164.974 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀BO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.7 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.5 M sodium citrate, 0.1 M Tris pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9717 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9717 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.43→41.141 Å / Num. obs: 45591 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.11 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_rim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 20.26
反射シェル	解像度: 1.43→1.46 Å / 冗長度: 4.63 % / R_merge(I) obs: 0.635 / Mean I/σ(I) obs: 2.51 / Num. unique obs: 3192 / CC_1/2: 0.786 / R_rim(I) all: 0.719 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.43→41.141 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 3.419 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.064 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1897	2153	4.723 %
R_work	0.139	43437	-
all	0.141	-	-
obs	-	45590	99.552 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.019 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.445 Å²	0 Å²	0.911 Å²
2-	-	-1.096 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.606 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.43→41.141 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2053	0	19	264	2336

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	2188
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.017	1984
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.054	1.642	2985
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.5	1.591	4648
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.27	5	276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.104	23.853	109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.381	15	365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.49	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	269
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	2487
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	447
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	431
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	1923
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	953
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	189
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.018	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.03	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.211	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.097	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.48	1.602	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.479	1.602	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.293	2.423	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.299	2.426	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.282	1.961	1138
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.28	1.962	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.823	2.804	1661
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.822	2.805	1662
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.112	20.625	2500
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.107	20.62	2497
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	12.967	3	4172

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.43-1.463	0.3	162	0.24	3014	X-RAY DIFFRACTION	94.7211
1.463-1.503	0.282	160	0.216	3095	X-RAY DIFFRACTION	100
1.503-1.546	0.24	172	0.201	3036	X-RAY DIFFRACTION	99.9066
1.546-1.594	0.237	133	0.171	2974	X-RAY DIFFRACTION	100
1.594-1.646	0.193	138	0.163	2862	X-RAY DIFFRACTION	99.8004
1.646-1.704	0.232	125	0.155	2775	X-RAY DIFFRACTION	99.9655
1.704-1.768	0.191	139	0.143	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.768-1.84	0.18	132	0.128	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.922	0.164	104	0.118	2505	X-RAY DIFFRACTION	99.8851
1.922-2.016	0.168	137	0.124	2339	X-RAY DIFFRACTION	99.9193
2.016-2.125	0.164	156	0.13	2232	X-RAY DIFFRACTION	100
2.125-2.254	0.179	99	0.132	2126	X-RAY DIFFRACTION	100
2.254-2.409	0.16	91	0.117	2005	X-RAY DIFFRACTION	99.9047
2.409-2.602	0.145	72	0.113	1906	X-RAY DIFFRACTION	100
2.602-2.85	0.218	82	0.124	1728	X-RAY DIFFRACTION	99.9448
2.85-3.185	0.175	84	0.134	1561	X-RAY DIFFRACTION	99.8786
3.185-3.677	0.195	57	0.128	1389	X-RAY DIFFRACTION	99.793
3.677-4.5	0.145	40	0.117	1204	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5-6.351	0.187	40	0.155	929	X-RAY DIFFRACTION	99.6914
6.351-41.141	0.289	30	0.184	536	X-RAY DIFFRACTION	99.6479

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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