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- PDB-8qhn: Streptococcus pyogenes GapN in complex with NADPH and erythrose-4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qhn
タイトルStreptococcus pyogenes GapN in complex with NADPH and erythrose-4-phosphate
要素(NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / GapN / NADPH / G3H / Substrate
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (non-phosphorylating) activity / lactaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity
類似検索 - 分子機能
: / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
ERYTHOSE-4-PHOSPHATE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Wirsing, R. / Schindelin, H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Streptococcus pyogenes GapN in complex with NADPH and erythrose-4-phosphate
著者: Wirsing, R. / Schindelin, H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
履歴
登録2023年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
B: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
C: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
D: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
E: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
F: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
G: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
H: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)409,02130
ポリマ－404,2818
非ポリマー4,73922
水49,5232749
1
A: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
B: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
C: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
D: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,86315
ポリマ－202,4394
非ポリマー2,42411
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
F: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
G: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
H: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,15715
ポリマ－201,8424
非ポリマー2,31611
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.521, 98.476, 102.981
Angle α, β, γ (deg.)77.766, 76.083, 67.792
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
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d_2ens_2(chain "F" and (resid 2 through 11 or resid 13...

NCSドメイン領域:
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4given(0.54499374262, 0.836405217711, 0.0583792111128), (-0.338778979087, 0.283366352917, -0.897180201165), (-0.766948905621, 0.469179946097, 0.437789394968)33.0412759865, -100.091186054, -67.00989461
5given(0.417443944418, -0.253421367009, -0.872650081082), (0.907083100933, 0.0589005013409, 0.416810483247), (-0.054229155177, -0.965561153778, 0.254461897037)-28.3383352353, -45.5986819818, -101.320545492
6given(-0.999977668418, -0.000695236568112, -0.00664675198041), (-0.00644463472018, 0.363581691325, 0.931540026202), (0.00176899663598, 0.931562059328, -0.363578052516)-18.6140133773, -36.7410268302, -65.4759979165

-
要素

-
NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate ... , 2種, 8分子 ABCEFGHD

#1: タンパク質
NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase


分子量: 50460.457 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: E0F67_08075 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4U9C786
#2: タンパク質 NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase


分子量: 51058.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Strep-tag at N-terminus: -10 to -5 are visible in chain D
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: E0F67_08075 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4U9C786

-
糖 , 1種, 1分子

#4: 糖 ChemComp-E4P / ERYTHOSE-4-PHOSPHATE / エリトロ-ス4-りん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 200.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 3種, 2770分子

#3: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2749 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.31 % / 解説: Prism
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: Precipitant: 0.01 M PBS buffer 0.16-0.185 M (NH4)3-citrate 18-21% (w/v) PEG 3350 1 mM E4P Protein concentration: 8 mg/ml in PBS buffer

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.989→48.404 Å / Num. obs: 186084 / % possible obs: 79.35 % / 冗長度: 3.72 % / Biso Wilson estimate: 20.31 Å2 / CC1/2: 0.9977 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 7.403
反射 シェル解像度: 1.989→2.112 Å / 冗長度: 3.73 % / Rmerge(I) obs: 0.564 / Mean I/σ(I) obs: 1.545 / Num. unique obs: 9305 / CC1/2: 0.7575 / Rpim(I) all: 0.336 / Rrim(I) all: 0.658 / % possible all: 24.01

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.99→41.15 Å / SU ML: 0.2219 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 22.0939
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2108 9019 4.85 %
Rwork0.1662 177012 -
obs0.1684 186031 79.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→41.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28387 0 306 2749 31442
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003629479
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.544540081
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04394722
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00545159
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.920811039
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.564589575548
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.495871335837
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.443592846889
ens_1d_5AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.600864214554
ens_1d_6AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.605352266243
ens_2d_2BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.937334275133
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.010.2788210.2169306X-RAY DIFFRACTION4.19
2.01-2.030.2647290.2255670X-RAY DIFFRACTION8.95
2.03-2.060.2517980.20241625X-RAY DIFFRACTION21.97
2.06-2.090.27451460.20242626X-RAY DIFFRACTION35.88
2.09-2.110.24281780.19253778X-RAY DIFFRACTION50.59
2.11-2.140.24552890.19334864X-RAY DIFFRACTION65.35
2.14-2.170.26453330.20255763X-RAY DIFFRACTION78.31
2.17-2.210.25433530.19826332X-RAY DIFFRACTION86.17
2.21-2.240.22233310.18976734X-RAY DIFFRACTION89.1
2.24-2.280.25293100.18386738X-RAY DIFFRACTION90.72
2.28-2.320.2563200.18836945X-RAY DIFFRACTION93.45
2.32-2.360.23623420.17886976X-RAY DIFFRACTION93.4
2.36-2.40.24793430.17616911X-RAY DIFFRACTION92.96
2.4-2.450.24383400.17536885X-RAY DIFFRACTION92.11
2.45-2.510.22083550.18016750X-RAY DIFFRACTION90.95
2.51-2.560.24463420.18556622X-RAY DIFFRACTION89.2
2.56-2.630.25853610.18746182X-RAY DIFFRACTION83.69
2.63-2.70.2413500.17357113X-RAY DIFFRACTION95.51
2.7-2.780.23313200.17217138X-RAY DIFFRACTION95.22
2.78-2.870.24473390.17197126X-RAY DIFFRACTION95.11
2.87-2.970.2243640.17567040X-RAY DIFFRACTION94.96
2.97-3.090.23153690.16437036X-RAY DIFFRACTION94.69
3.09-3.230.19513400.16186992X-RAY DIFFRACTION94.1
3.23-3.40.21013460.16196911X-RAY DIFFRACTION92.86
3.4-3.610.19713320.1526790X-RAY DIFFRACTION91.02
3.61-3.890.17972850.14816364X-RAY DIFFRACTION85.12
3.89-4.280.16453650.13267131X-RAY DIFFRACTION95.65
4.28-4.90.15624260.12747003X-RAY DIFFRACTION94.81
4.9-6.170.18183410.16066846X-RAY DIFFRACTION92.35
6.17-41.150.19033510.1796815X-RAY DIFFRACTION91.7
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.293987045680.0741255560443-0.05831433324020.134200837458-0.05669207841580.39580021025-0.01266914714510.1016045709860.0283005720776-0.03905566487520.051609754897-0.00129891156896-0.1062011381-0.02988102754080.01159454394390.168548546672-0.00655414093439-0.0075254201060.1560469178390.0157395399820.102608968588-15.2927253582-10.3354724925-50.752288289
22.00001502512.000001292232.000000777722.000030242312.000007919082.00003029809-0.000610390713708-1.125587010162.714486274675.682818099990.2831197510172.52876650385-1.24891294476-2.26324865513-0.281625337730.562493137898-0.0369633651541-0.01282391167220.5867101395360.05077005755190.56495720562316.2468971183-64.4113022908-96.3693333106
30.281283187379-0.032947042118-0.0490133896460.1816099003770.02390231281250.2040609727970.009665518193550.030642799682-0.0378609867032-0.0159640766506-0.0176232323587-0.001930319668550.0293745213536-0.01543073677141.28780400327E-60.1160100990930.0092201499640.00379750159030.0948212752436-0.002581188694910.11887177975612.1851827156-81.259080538-103.428570282
40.2932094118780.02782744642540.06454557513060.07132875931470.01157285466170.162735456533-0.01193581518480.06848785530260.000342135019732-0.02226697454920.0206475608612-0.0185186875556-0.0307395643560.0557396265306-5.127125297E-70.102435245798-0.0133826480098-0.002722042290.130204360159-0.004804258030230.095087164720910.0201801926-29.8263187389-34.195705747
50.1538679275710.0118860661017-0.01828468660650.1558177002160.0222706777040.284085002628-0.01911673780090.006602398546750.02651890691510.0200470752933-0.007561075915750.00806562798118-0.0264432419833-0.01789838910091.66324536686E-60.1121040509370.00202239271827-0.001145736091480.109295365909-0.008553097465950.129289252504-31.5316136396-21.2796573683-8.52653221052
60.2319804845950.1142469863690.0006798680340250.245987722164-0.05109768928120.12981123277-0.01416825961250.0198890191278-0.029239585393-0.01955029068770.00108198342519-0.01911642185540.0108624779096-0.01917063470314.84784353505E-80.0960526521193-0.002129752266350.007966472703440.105279581544-0.01701390937650.110827230124-29.8711127717-50.808461976-27.995694548
70.228695612972-0.0934059582417-0.1720071297250.341016716170.004194030674130.586656657814-0.0992225266667-0.106697856806-0.04730173054020.1327048810670.04158882014160.07844947607910.157167375517-0.0217245113035-0.1969630924690.1862226041680.02330781870850.03816402880950.1257004583250.04960517880850.102233879531-3.01334052568-87.2223956551-56.4991202808
80.31853139508-0.17616789647-0.0472806080040.1316678354310.02443119921260.127149870175-0.0168113081777-0.0371651090733-0.09527086010970.0259531858694-0.001504535329820.08158826910650.0245864481642-0.0313080959743-1.33348849819E-50.105490453506-0.01070013649810.0101596695040.110365893850.01394971736970.172890659949-28.3246189247-79.3829769997-80.7435760674
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 2 through 475)AA2 - 4751 - 474
22(chain 'G' and resid 2 through 475)GG2 - 475
33(chain 'H' and resid 2 through 475)HH2 - 4751 - 474
44(chain 'B' and resid 2 through 475)BE2 - 4751 - 474
55(chain 'C' and resid 2 through 475)CI2 - 4751 - 474
66(chain 'D' and resid -10 through 475)DL-10 - 4751 - 480
77(chain 'E' and resid 2 through 475)EP2 - 4751 - 474
88(chain 'F' and resid 2 through 475)FT2 - 4751 - 474

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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