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- PDB-8qhf: Corynebacterium glutamicum mycoloyltransferase C acyl-enzyme inte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qhf
タイトルCorynebacterium glutamicum mycoloyltransferase C acyl-enzyme intermediate
要素Cmt1
キーワードTRANSFERASE / ALPHA / BETA HYDROLASE / MYCOLOYLTRANSFERASE / TREHALOSE O- 2 MYCOLYLTRANSFERASE / EXTERNAL MEMBRANE / TMM analogs
機能・相同性: / Esterase-like / Putative esterase / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Alpha/Beta hydrolase fold / metal ion binding / trehalose / : / Cmt1
機能・相同性情報
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Li de la Sierra-Gallay, I. / Lesur, E.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INBS-05 フランス
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Synthetic mycolates derivatives to decipher protein mycoloylation, a unique post-translational modification in bacteria.
著者: Lesur, E. / Zhang, Y. / Dautin, N. / Dietrich, C. / Li de la Sierra-Gallay, I. / Augusto, L.A. / Rollando, P. / Lazar, N. / Urban, D. / Doisneau, G. / Constantinesco-Becker, F. / Van ...著者: Lesur, E. / Zhang, Y. / Dautin, N. / Dietrich, C. / Li de la Sierra-Gallay, I. / Augusto, L.A. / Rollando, P. / Lazar, N. / Urban, D. / Doisneau, G. / Constantinesco-Becker, F. / Van Tilbeurgh, H. / Guianvarc'h, D. / Bourdreux, Y. / Bayan, N.
履歴
登録2023年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cmt1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3348
ポリマ－39,5371
非ポリマー7977
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)168.120, 168.120, 168.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number196
Space group name H-MF23

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Cmt1


分子量: 39537.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
遺伝子: cmt1 / 発現宿主: Corynebacterium glutamicum (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8NTG4
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: trehalose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a1-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(1+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 37分子

#3: 化合物 ChemComp-VBL / (2~{S},3~{R})-2-pentyloctane-1,3-diol


分子量: 216.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H28O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: Ammonium sulfate, Sodium chloride, Hepes

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98013 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98013 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.688→48.53 Å / Num. obs: 11045 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.7 % / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.198 / Net I/σ(I): 12.21
反射 シェル解像度: 2.69→2.85 Å / Num. unique obs: 1723 / CC1/2: 0.349 / Rrim(I) all: 2.449

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (10-JUL-2024)精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.69→48.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU R Cruickshank DPI: 1.321 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.148 / SU Rfree Blow DPI: 0.354 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.363
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2794 553 5.01 %RANDOM
Rwork0.2532 ---
obs0.2545 11045 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 85.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→48.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2512 0 47 31 2590
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0072620HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.893571HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d866SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes443HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2620HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.36
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion341SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1995SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.69→2.73 Å / Total num. of bins used: 28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.5176 -5.12 %
Rwork0.4002 389 -
all0.4061 410 -
obs--92.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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