PDB-8qh6: Crystal structure of IpgC in complex with a follow-up compound ba...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qh6

タイトル

Crystal structure of IpgC in complex with a follow-up compound based on J20

要素

Chaperone protein IpgC

キーワード

CHAPERONE / Complex / 3-amino-6-chloro-1H-isoindol-1-one

機能・相同性

Tetratricopeptide TPR-3 / Tetratricopeptide repeat / Type III secretion system, low calcium response, chaperone LcrH/SycD, subgroup / Type III secretion system, low calcium response, chaperone LcrH/SycD / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / identical protein binding / cytoplasm / 3-azanyl-6-chloranyl-isoindol-1-one / Chaperone protein IpgC

機能・相同性情報

生物種

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Wallbaum, J.E. / Heine, A. / Reuter, K.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Omega / 年: 2023
タイトル: Crystallographic Fragment Screening on the Shigella Type III Secretion System Chaperone IpgC.
著者: Gardonyi, M. / Hasewinkel, C. / Wallbaum, J. / Wollenhaupt, J. / Weiss, M.S. / Klebe, G. / Reuter, K. / Heine, A.

履歴

登録	2023年9月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qh6.cif.gz	160.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qh6.ent.gz	104.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qh6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8qh6_validation.pdf.gz	723.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qh6_full_validation.pdf.gz	723.5 KB	表示
XML形式データ	8qh6_validation.xml.gz	14.3 KB	表示
CIF形式データ	8qh6_validation.cif.gz	20.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/8qh6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/8qh6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6scb
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chaperone protein IpgC

B: Chaperone protein IpgC

ヘテロ分子

32.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.688, 57.688, 159.845
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 24 through 34 or (resid 35...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 24 through 27 or (resid 28...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	THR	THR	TYR	TYR	A	A	24 - 40	16 - 32
d_1	2	TYR	TYR	TYR	TYR	A	A	42 - 44	34 - 36
d_1	3	PHE	PHE	GLY	GLY	A	A	46 - 50	38 - 42
d_1	4	ILE	ILE	GLU	GLU	A	A	52 - 53	44 - 45
d_1	5	ALA	ALA	ASN	ASN	A	A	55 - 69	47 - 61
d_1	6	ASP	ASP	TYR	TYR	A	A	71 - 72	63 - 64
d_1	7	MET	MET	VAL	VAL	A	A	74 - 130	66 - 122
d_1	8	HIS	HIS	GLN	GLN	A	A	133 - 144	125 - 136
d_1	9	TYR	TYR	ILE	ILE	A	A	146 - 150	138 - 142
d_2	1	THR	THR	TYR	TYR	B	B	24 - 40	16 - 32
d_2	2	TYR	TYR	TYR	TYR	B	B	42 - 44	34 - 36
d_2	3	PHE	PHE	GLY	GLY	B	B	46 - 50	38 - 42
d_2	4	ILE	ILE	GLU	GLU	B	B	52 - 53	44 - 45
d_2	5	ALA	ALA	ASN	ASN	B	B	55 - 69	47 - 61
d_2	6	ASP	ASP	TYR	TYR	B	B	71 - 72	63 - 64
d_2	7	MET	MET	VAL	VAL	B	B	74 - 130	66 - 122
d_2	8	HIS	HIS	GLN	GLN	B	B	133 - 144	125 - 136
d_2	9	TYR	TYR	ILE	ILE	B	B	146 - 150	138 - 142

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999959931368, -0.00289158720561, -0.00847197624653), (0.00192616975979, -0.993726378367, 0.111822067626), (-0.00874216953313, 0.111801268604, 0.993692130798) ...

#1: タンパク質	Chaperone protein IpgC 分子量: 16310.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: truncated IpgC (IpgC10-151) 由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 遺伝子: ipgC, ippI, CP0129 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A2U4
#2: 化合物	ChemComp-V9U / 3-azanyl-6-chloranyl-isoindol-1-one / 3-イミノ-6-クロロ-1,3-ジヒドロ-2H-イソインド-ル-1-オン分子量: 180.591 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₅ClN₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.53 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Tris pH 8.0, 32% PEG 4000, 0.3 M MgCl2, seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.798→50 Å / Num. obs: 29496 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.9 % / B_iso Wilson estimate: 26.07 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.0084 / R_sym value: 0.0081 / Net I/σ(I): 20.3
反射シェル	解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 11.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.91 / Num. unique obs: 4605 / CC_1/2: 0.935 / R_rim(I) all: 0.0798 / R_sym value: 0.0763 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Coot		モデル構築
PHENIX	1.2	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→36.44 Å / SU ML: 0.1736 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.2151
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2082	1471	4.99 %
R_work	0.1735	27990	-
obs	0.1753	29461	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→36.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2168	0	16	259	2443

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2340
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7723	3191
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0502	341
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	429
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.0609	854

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.54050044573 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.86	0.2459	128	0.216	2438	X-RAY DIFFRACTION	97.27
1.86-1.92	0.3002	133	0.2092	2517	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.92-2	0.2378	131	0.1952	2493	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2-2.09	0.2355	130	0.1934	2480	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.09-2.2	0.2211	132	0.1665	2521	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.2-2.34	0.2485	132	0.1724	2524	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.34-2.52	0.2299	134	0.1788	2545	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.52-2.77	0.2223	135	0.1873	2567	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.77-3.17	0.204	134	0.1825	2552	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.17-4	0.1699	138	0.156	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
4-36.44	0.1946	144	0.163	2742	X-RAY DIFFRACTION	99.62

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.50219559038	-3.42057211753	5.38026030676	9.19548374399	-0.932543088256	4.64296299076	-0.136637482507	-0.419404446555	0.270694188846	-0.929274927922	-0.297012355645	1.87550399207	-0.739233080019	-1.84567252315	0.320910926491	0.427345216424	0.146679056801	-0.121233463672	0.589516696434	-0.100027906579	0.527539613038	-7.58150937329	41.1565781927	24.7376686741
2	2.0752771025	-3.474551059	0.600237882186	7.57184209918	-3.96789326367	7.90990303327	-0.0512035548634	-0.543475689712	0.574016683918	0.187371929825	-0.139947739274	-0.104905921601	-1.22581676611	-0.244329955757	0.198701398391	0.397882039742	0.0366379284535	-0.0582410670547	0.338142293281	-0.0306232344569	0.273666246062	2.83301585962	41.6942805401	20.7072174048
3	7.81976441508	-6.87598942798	6.05434561339	8.0460111934	-6.39608209482	8.56459050515	0.064876264937	0.467389244485	0.296455492855	0.0406441435217	-0.357743275565	-0.21018510659	-0.292366801258	0.713849901064	0.250027260123	0.178419139581	-0.0384230010968	0.00841564650945	0.341437311986	0.0200803288483	0.232080959579	10.1250708553	29.8180447244	18.8071386078
4	1.66337424139	1.53428547	1.70758380572	1.96422095031	1.21536745261	5.97798738037	-0.0971250681398	0.0278622641162	0.168116517623	-0.0564976648493	-0.0387863450974	0.0840838828308	-0.178313805651	-0.100889423012	0.128746848207	0.122245593211	-0.00217630830477	-0.0149949632117	0.184196305268	-0.0101826026852	0.163158879066	-1.43182067261	29.9334791157	19.4769013228
5	8.98319718699	-3.55590114039	-1.91674090398	1.8761465901	2.48497768179	6.77758838737	-0.227531994182	-0.825300604519	-0.0896113893471	0.621068443998	0.389617222584	-0.455638071952	0.529184523312	0.996286579433	-0.117645295082	0.244210316613	0.084203007935	-0.042160873812	0.292734011961	0.000455989294043	0.222870849252	3.91423704556	17.4567600401	17.2336417713
6	5.94906363358	-5.36046414874	-7.46717330245	4.8479430728	6.74559080826	9.63645743676	-0.340944503784	-0.0238422407722	-1.19324184922	0.215445598436	0.0490059008205	0.224575524158	0.778818325688	0.36696010777	0.255330317607	0.240740177408	0.0282142875165	0.013114387067	0.326156763622	-0.00973833845015	0.334481294553	-2.30278201749	14.6146554743	15.20605045
7	1.26674957104	-0.240836504213	-0.975136487135	3.64231865263	-0.29182626386	3.26769877097	-0.00147952374406	0.148494992223	-0.0832469583647	-0.0875630087916	-0.0165348449119	0.140166032084	-0.0674786575874	-0.0640635002747	0.0230391069474	0.109863577059	-0.00544505271535	-0.0125108971818	0.273124865383	-0.0326337595254	0.199654640781	-4.17847060044	19.2045471897	7.08405954671
8	6.26595496765	-5.14690052307	6.08476633309	4.7052319733	-6.17918163334	8.82087217104	0.233591000801	0.50773104223	-0.469229617531	-0.372502806384	-0.0725635281733	0.408308962712	0.476217670039	-0.347698251013	-0.137182242724	0.166284469747	0.0176846859406	0.00528287747677	0.370898852888	-0.0904724410155	0.252672303935	-6.44752489828	17.8223643482	-2.83284230132
9	3.4715696595	-2.51340622806	-1.10161925879	2.08053220127	-0.00704001413584	5.68692588183	0.119813023851	0.324053873898	-0.23580693957	-0.342124688134	-0.220257979977	-0.140818003417	0.177891812469	0.459927579036	0.0949486838447	0.200657537202	0.0546846722354	0.0178261028071	0.400166276612	-0.0134825339953	0.267803363425	1.91916430131	18.5711982236	-4.53107938462
10	3.84092930088	-3.31529381941	3.44346028913	6.33120803098	-0.0865332346498	6.24002026698	-0.044524076321	-1.02275516497	-0.276419067744	0.0829053939564	0.192579944795	-0.0191442237305	0.333216410207	-0.251678816634	-0.121941190293	0.167427562236	-0.0506658554796	0.0457063675406	0.36145190088	0.0111540406644	0.208824098399	-11.2657870144	23.9074541145	22.2775722805
11	8.94115903731	0.772225970585	5.27182644157	1.98710936773	0.682871904537	3.13470615966	0.359340758007	0.562353295292	-1.30722462713	-0.0014359730331	-0.262541354595	-0.792089964283	2.143908717	2.02067645113	-0.124131450126	0.717629041017	0.241667327036	0.0323776777346	0.619017296933	0.0663981570558	0.629265439013	-18.5845737481	6.35596104709	23.959177682
12	6.66543121346	-5.04717778898	-0.893609867742	6.16002436081	0.211326953671	9.14150543234	-0.0782748764634	0.148578019622	-0.381826263808	-0.00920559375244	-0.00161549358092	0.465894412131	0.377218483442	-0.775125485314	0.0554429753027	0.213849408288	-0.0976763470242	0.00948993642577	0.324506857571	-0.0389385879364	0.203263582124	-32.8508799172	14.8025960646	17.4051059694
13	2.75410544422	-2.86977539929	1.46514764836	4.09945260578	-1.25922699511	5.06176883036	-0.00093155505872	-0.271885037253	-0.321697480556	0.0098615186983	0.0640678193593	0.107922749336	-0.0275175573408	-0.042481495994	-0.051900979454	0.179540648557	-0.0510538520371	0.0310644860824	0.210023038415	-0.0293935085452	0.152270426267	-24.8021520314	19.9118024162	20.081646141
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15	2.40867885906	-1.57600247502	2.40358010992	3.54011974949	-3.58446597674	4.12523515322	0.70561580542	0.676607837497	-1.1473449878	-0.110713671898	-0.260148362237	-0.271268029381	1.50138277473	1.09733380215	-0.387915290346	0.402809438827	0.0477353097214	0.0321799667845	0.327120684294	-0.00864024930272	0.383427574487	-15.7102457547	16.8850973071	2.2787340115
16	4.69243989713	-2.37285528756	-1.75298993316	8.55334710389	2.01792369844	5.8703253221	0.00747049732545	0.255533309411	0.426612689742	-0.29278594981	0.0558630683642	-0.024349300279	-0.750172507785	-0.0418734013583	-0.0481746808341	0.20236127037	-0.00975309538353	-0.026635812395	0.256888298682	0.0431777435183	0.186141204875	-21.372915899	32.4032204086	0.816422093116
17	6.63269442753	-4.22595218568	-3.62991091034	9.51505122645	6.15946208515	9.1739537866	0.325980869411	0.580396076346	0.283995947108	-0.592852051201	-0.038425563395	-0.786293764489	-0.629340792842	0.536950156795	-0.252610263044	0.21399850713	0.00501074347907	0.0132576447954	0.368733121974	0.051640857167	0.245229266676	-17.3370468185	26.7216040547	-7.90092327705
18	5.94940802867	-0.116331289239	-0.662262452138	6.24267842309	4.08784461738	7.72888747881	-0.0968046411863	0.0195387823795	0.163326401851	-0.672224750314	-0.130112266223	0.72063704799	-0.594040281958	-0.927585739887	0.204583724282	0.244859806168	0.0605202442765	-0.0608906375204	0.38284100426	-0.00141032642814	0.219924356806	-25.9343794846	27.9577746093	-9.05104538483

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 24 through 32 )	A	A	24 - 32	1 - 9
2	2	chain 'A' and (resid 33 through 39 )	A	A	33 - 39	10 - 16
3	3	chain 'A' and (resid 40 through 53 )	A	A	40 - 53	17 - 30
4	4	chain 'A' and (resid 54 through 78 )	A	A	54 - 78	31 - 55
5	5	chain 'A' and (resid 79 through 85 )	A	A	79 - 85	56 - 62
6	6	chain 'A' and (resid 86 through 89 )	A	A	86 - 89	63 - 66
7	7	chain 'A' and (resid 90 through 121 )	A	A	90 - 121	67 - 98
8	8	chain 'A' and (resid 122 through 134 )	A	A	122 - 134	99 - 111
9	9	chain 'A' and (resid 135 through 151 )	A	A	135 - 151	112 - 128
10	10	chain 'B' and (resid 9 through 21 )	B	B	9 - 21	1 - 13
11	11	chain 'B' and (resid 28 through 33 )	B	B	28 - 33	20 - 25
12	12	chain 'B' and (resid 34 through 51 )	B	B	34 - 51	26 - 43
13	13	chain 'B' and (resid 52 through 68 )	B	B	52 - 68	44 - 60
14	14	chain 'B' and (resid 69 through 98 )	B	B	69 - 98	61 - 90
15	15	chain 'B' and (resid 99 through 103 )	B	B	99 - 103	91 - 95
16	16	chain 'B' and (resid 104 through 124 )	B	B	104 - 124	96 - 116
17	17	chain 'B' and (resid 125 through 134 )	B	B	125 - 134	117 - 126
18	18	chain 'B' and (resid 135 through 150 )	B	B	135 - 150	127 - 142

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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