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万見
- PDB-8qh5: CryoEM structure of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1-DDA1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qh5
タイトルCryoEM structure of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1-DDA1
要素
  • DET1- and DDB1-associated protein 1
  • DNA damage-binding protein 1
  • DNA excision repair protein ERCC-8
  • UV-stimulated scaffold protein A
キーワードLIGASE / Ubiquitin ligase / DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / nucleotide-excision repair complex / single strand break repair / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont ...regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / nucleotide-excision repair complex / single strand break repair / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / WD40-repeat domain binding / ubiquitin ligase complex scaffold activity / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / RNA polymerase II complex binding / cullin family protein binding / viral release from host cell / response to X-ray / ectopic germ cell programmed cell death / proteasomal protein catabolic process / protein autoubiquitination / transcription-coupled nucleotide-excision repair / positive regulation of viral genome replication / response to UV / positive regulation of gluconeogenesis / positive regulation of DNA repair / nucleotide-excision repair / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / regulation of circadian rhythm / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual Incision in GG-NER / Wnt signaling pathway / Formation of Incision Complex in GG-NER / nuclear matrix / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / positive regulation of protein catabolic process / protein polyubiquitination / cellular response to UV / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / rhythmic process / chromosome / Neddylation / protein-macromolecule adaptor activity / site of double-strand break / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to oxidative stress / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / protein ubiquitination / DNA repair / DNA damage response / protein-containing complex binding / apoptotic process / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UV-stimulated scaffold protein A / : / : / Uncharacterized conserved protein (DUF2043) / UVSSA N-terminal domain / DET1- and DDB1-associated protein 1, N-terminal / DET1- and DDB1-associated protein 1 / DNA excision repair protein Rad28/ERCC8/Ckn1/ATCSA-1 / Det1 complexing ubiquitin ligase / ENTH/VHS ...UV-stimulated scaffold protein A / : / : / Uncharacterized conserved protein (DUF2043) / UVSSA N-terminal domain / DET1- and DDB1-associated protein 1, N-terminal / DET1- and DDB1-associated protein 1 / DNA excision repair protein Rad28/ERCC8/Ckn1/ATCSA-1 / Det1 complexing ubiquitin ligase / ENTH/VHS / : / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / CPSF A subunit region / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA excision repair protein ERCC-8 / DNA damage-binding protein 1 / UV-stimulated scaffold protein A / DET1- and DDB1-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Lee, S.-H. / Sixma, T.K.
資金援助 オランダ, European Union, 2件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)TOP 714.017.003 オランダ
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 1159-2019European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1-DDA1
著者: Lee, S.-H. / Sixma, T.K.
履歴
登録2023年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: UV-stimulated scaffold protein A
A: DNA excision repair protein ERCC-8
B: DNA damage-binding protein 1
C: DET1- and DDB1-associated protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)274,6854
ポリマ－274,6854
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 UV-stimulated scaffold protein A


分子量: 82923.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The construct contains an N-terminal His tag. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UVSSA, KIAA1530
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q2YD98
#2: タンパク質 DNA excision repair protein ERCC-8 / Cockayne syndrome WD repeat protein CSA


分子量: 45465.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The construct contains a Strep tag II at the C-terminus
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERCC8, CKN1, CSA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13216
#3: タンパク質 DNA damage-binding protein 1 / DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / ...DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / HBV X-associated protein 1 / XAP-1 / UV-damaged DNA-binding factor / UV-damaged DNA-binding protein 1 / UV-DDB 1 / XPE-binding factor / XPE-BF / Xeroderma pigmentosum group E-complementing protein / XPCe


分子量: 129298.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The construct contains an N-terminal His tag. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDB1, XAP1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q16531
#4: タンパク質 DET1- and DDB1-associated protein 1 / Placenta cross-immune reaction antigen 1 / PCIA-1


分子量: 16997.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The construct contains a TwinStrep tag and a Flag tag at the C-terminus.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDA1, C19orf58, PCIA1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9BW61

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ternary complex of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1-DDA1 / タイプ: COMPLEX
詳細: Ternary complex of ubiquitinated UVSSA-USP7-CSA-DDB1-DDA1. USP7 is invisible in the cryoEM map.
Entity ID: #2-#4, #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.21 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESHEPES1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
30.5 mMtris(2-carboxyethyl)phosphineTCEP1
試料濃度: 0.13 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was glutaraldehyde crosslinked
試料支持詳細: The grid was coated with graphene oxide. / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
詳細: Collected on Krios 1 at Netherlands Center for Electron Nanoscopy (NeCEN)
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1382
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz粒子像選択
4cryoSPARCCTF補正
5RELIONCTF補正
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデルフィッティング
10Cootモデルフィッティング
12PHENIXモデル精密化
13cryoSPARC初期オイラー角割当
14RELION3.1.3初期オイラー角割当
15RELION3.1.3最終オイラー角割当
17RELION3.3.3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 723908
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 294142
詳細: Combined from focused maps reconstructed with various particle numbers.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: Additional densities are observed near several cysteine residues (A/Cys222, A/Cys260, A/Cys288, B/Cys363, B/Cys725, B/Cys1008). We expect these are oxidized products or crosslinking side products.
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeChain-IDChain residue range詳細Initial refinement model-IDPdb chain residue rangeSource nameタイプ
17OO3

7oo3

P7OO3P1-396CSA11-396PDBexperimental model
27OO3

7oo3

T7OO3T1-1140DDB1(BPA/BPC)11-1140PDBexperimental model
36ZX9

6zx9

A6ZX9A393-709DDB1(BPB)2393-709PDBexperimental model
46UD7

6ud7

D6UD7D4-76DDA134-76PDBexperimental model
5Q2YD98A1-150UVSSA(VHS)4AlphaFoldin silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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