[日本語] English
万見
- PDB-8qh2: Crystal structure of chimeric UAP1L1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qh2
タイトルCrystal structure of chimeric UAP1L1
要素UDP-N-acetylhexosamine pyrophosphorylase,UDP-N-acetylhexosamine pyrophosphorylase-like protein 1
キーワードTRANSFERASE / Chimera / UAP1L1
機能・相同性
機能・相同性情報


protein serine pyrophosphorylase activity / UDP-N-acetylgalactosamine diphosphorylase / UDP-N-acetylgalactosamine diphosphorylase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; リン酸基に移すもの / Synthesis of UDP-N-acetyl-glucosamine / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase activity / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / positive regulation of type I interferon production / antiviral innate immune response ...protein serine pyrophosphorylase activity / UDP-N-acetylgalactosamine diphosphorylase / UDP-N-acetylgalactosamine diphosphorylase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; リン酸基に移すもの / Synthesis of UDP-N-acetyl-glucosamine / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase activity / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / positive regulation of type I interferon production / antiviral innate immune response / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
UDP-sugar pyrophosphorylase / UDPGP family / UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
UDP-N-acetylhexosamine pyrophosphorylase / UDP-N-acetylhexosamine pyrophosphorylase-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Chen, X. / Yan, K. / Bartual, S. / van Aalten, D.
資金援助 英国, デンマーク, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust110061 英国
Novo Nordisk FoundationNNF21OC0065969 デンマーク
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: UAP1L1 is an active pyrophosphorylase with an active site disulfide regulating protein thermostability
著者: Chen, X. / Yan, K. / Bartual, S. / Ferenbach, A. / van Aalten, D.
履歴
登録2023年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylhexosamine pyrophosphorylase,UDP-N-acetylhexosamine pyrophosphorylase-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7141
ポリマ－57,7141
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area22820 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)113.523, 113.523, 43.966
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
Space group name HallP4w
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 UDP-N-acetylhexosamine pyrophosphorylase,UDP-N-acetylhexosamine pyrophosphorylase-like protein 1 / Antigen X / AGX / Sperm-associated antigen 2


分子量: 57713.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UAP1, SPAG2, UAP1L1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q16222, UniProt: Q3KQV9, UDP-N-acetylgalactosamine diphosphorylase, UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.89 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.49 M sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.91 M potassium phosphate dibasic, pH 6.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9163 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9163 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→43.97 Å / Num. obs: 14923 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 78.64 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / Num. unique obs: 2141 / CC1/2: 0.67

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2-4158-000精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.75→41 Å / SU ML: 0.5079 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.6981
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2835 672 4.51 %
Rwork0.2327 14233 -
obs0.2351 14905 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 86.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3810 0 0 0 3810
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00873898
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06255274
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0543566
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0094698
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.04231465
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.960.3831150.3872807X-RAY DIFFRACTION99.86
2.96-3.260.40251420.32272803X-RAY DIFFRACTION99.97
3.26-3.730.33351280.27782848X-RAY DIFFRACTION100
3.73-4.70.26851400.22112848X-RAY DIFFRACTION99.97
4.7-410.24121470.18292927X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.05193609763-1.25544852506-0.1580138595931.79079657216-0.09943920316550.448079385037-0.8985189022590.826224049977-1.01011460804-0.2944214184941.616107826590.8336589255730.173775940059-0.2789866312930.7417305245320.242257819242-0.3784395786340.3455988894450.762801493783-0.2680058178631.34694933623-40.1961631648-56.7683310831-18.7775386695
20.11793256228-0.3313676083070.106292195282.512488629010.2144426634170.4113346787420.535906841031-0.444460689512-0.1625867795431.479758746830.2381702110750.125429601758-0.1436142905840.4949605810710.3479763878140.5736041783090.07672807554670.1897631136050.7205399170050.09559652715490.792325692549-40.1647132702-46.6556229148-3.66310882844
31.88870932490.0703692274785-0.1292776337590.08398405210430.02515316200910.04449657694610.0400507058325-1.12465094351-0.1233843212860.4273639010220.19242507120.2403464228260.347517732638-0.0256871238179-0.000739065868441.31557572343-0.0327754831677-0.2602457606320.6266881291220.0952849593010.661737525962-28.1839528544-21.817967607514.8153394513
40.005865088839710.0106119168122-0.009189105844710.0163827620906-0.01517312077660.0180001239305-0.149107757305-0.118384881596-0.0449206432012-0.1155697555130.113200556726-0.104535861232-0.1968473657190.152072089212-0.0003241137867051.62832548584-0.355777774909-0.4239694484561.12691469182-0.02057572917631.12619086452-3.21180259304-20.903371890918.0644486576
50.6774426757380.0178979491490.2992003321246.99260988009E-5-0.005220196303751.146912728880.230472348253-0.899091592845-0.3608400197851.08316380768-0.439617804062-0.255249827065-1.07907697161-0.0924086158720.5527907117751.01572986399-0.466995547642-0.7394581623920.7312046011790.3156794605880.927942599449-4.68912094633-35.925131164414.2425503212
6-0.009012834279940.01127976345440.001945333798970.018952787638-0.0221478894737-0.002606822164150.3863544682070.646783024003-0.4279389997330.31067209292-0.161775902947-0.1840596704810.1485285940410.06306208371810.000124854587670.5323389541160.11240074973-0.09203303231750.890793051028-0.3940487521770.893213573237-21.0428305837-34.5561754195-10.6071907016
70.506855882997-0.2046533824120.08962414426950.741210868224-0.07476281226070.0197065271987-0.2109306514661.21436418048-0.0401311879032-0.4518123063520.202916639711-0.441384288093-0.555590246669-1.027770746930.004135804641980.4949278744580.057737759103-0.1480163448480.976227354861-0.3405008758090.711788418629-8.46225174964-34.3940109509-13.4839910496
81.348776648440.542309182601-0.9545151440360.930350250794-0.2164409065360.6255916380470.6093537880310.141232040048-1.895200659320.718212313196-0.297460014829-0.9524609156710.316252837996-0.208653091669-0.3780048303740.6053255169290.064674935265-0.4459781222230.555407282461-0.126934364011.28050135087-5.49831594747-42.0876848718-1.03452200682
90.674169120403-0.00530423071141-0.01520064389831.32046495674-0.9628023373020.517295677023-0.4095234427581.09551725072-0.6243058217310.7525978237860.462969280697-0.4785686046680.125063604576-0.0801413511722-0.195896069050.445790779856-0.118301396182-0.1283924901960.595202096707-0.1861985792990.946305040733-24.2593167328-45.9850579926-5.41798201126
102.33132557268-0.246343013104-0.462820227990.003983038121850.001170077695740.09540218417610.8898820788170.0844421406001-0.9768187408290.774978832632-0.875856314769-0.399656595528-0.0150386343167-0.546073844498-0.2807475792471.03307299405-0.0387607682062-0.4928488840330.3902518137160.2143313263720.680102915964-12.3144217108-36.27379844319.49938664794
110.107949309887-0.00399717042511-0.01674083508310.4013069926520.1901315785780.2671032011890.3299541900110.0707565912954-0.08742274605641.30048673972-0.2295507550560.2393540873980.0942034496765-0.782783273499-0.01058771246541.14928393620.05183391234980.007412882762810.631922094370.07063104311010.462985987197-25.8034814787-21.16552273046.09830014981
120.0708517620426-0.0827916461783-0.07366118572960.08310752393470.08045165504040.076341527072-0.1178375815820.4161154762750.0162887091364-0.513053990476-0.281303000040.27448635804-0.170164512476-0.2188244952350.01833501952841.08905541065-0.204320368028-0.05454624024271.60861784586-0.06795912560730.444467558147-29.5552474093-26.27386832253.4306953503
130.117384620314-0.02687310808130.08239847310940.135877042750.0223486836140.05177226902620.4118038870540.3124450483790.89737836403-0.1130732008260.384887794051-0.1217770565540.447623246085-0.0985623291820.002633148301911.025215976330.120864042910.3377912970331.132829989010.4118687848310.928991592508-32.2700379586-15.09701652064.26797035164
140.0123963342709-0.0271924256052-0.01122434772370.04307366651870.02252201647330.01536862378590.272757408652-0.2606985974920.41887735796-0.334101915876-0.3442990276210.05681453067890.3973222782930.3890064877680.0008630708521560.790084476083-0.171754987985-0.06654358478480.8517679671210.09431687087181.17151041341-25.358328467-11.569922604810.3676743387
152.6023914522-0.6162918965950.3351978678490.784193431599-0.0132312917270.06277338080050.6655311793140.190993994669-0.7317041469290.869522927846-0.574198354570.121209477624-0.762504897247-0.556469206011-0.09802375978521.047081875810.119886180233-0.1025738593840.6479250758430.1051464260590.449463797899-23.6198598655-38.858728136410.4455016645
160.231927283506-0.309946924419-0.03653599291350.2726036116940.1129517782040.06736034691260.1377320305360.2202320205040.291726532015-0.789350650760.7819869818740.4125337698-0.342512455397-0.03896341441730.002766977089640.912579123091-0.2056466489090.07962499898570.9393778576890.1718546240570.900739344621-37.7987289098-35.9748650564-14.9586008396
173.4397012825-0.213028609375-0.07526256012250.6678767732050.1888609885110.1698080328031.010297412291.08111159681-0.1689990431420.867754666583-0.4618836661730.252024175261-0.341439614111-0.1787028362120.1737948669791.065757587890.0749052395004-0.09992353756920.5826588741680.0437707845970.453950301304-16.9409287386-26.1374165022-0.849180269492
182.14682097757-0.886564866854-0.7033332751790.6149261520151.006265777752.320380576290.2176400678510.5955645413770.9421880133190.120135717303-0.08383192426080.461229671317-1.367677528330.4665140650070.5597501357781.05311065404-0.303875952035-0.300195196960.8945020240180.03864207169710.6864351097925.32949905286-14.5955599181-5.59629584237
190.3041413085990.105094840499-0.8775185258290.148609949422-0.4825534050633.150682769970.7511279109510.163895025469-0.6116270482650.670470970073-0.06411174491650.445017190734-2.111253635340.04980290086281.252066744070.838948217883-0.279859756323-0.3989773562670.7524929041820.05265086445390.7380176803567.29416591791-23.6885716279-3.0414854696
200.241166168962-0.00434290502545-0.2090322851960.160007072468-0.004896969824140.183805106598-0.2645681650760.016765420465-0.148522211193-0.0458822977451-0.3093355759550.0160196169021-0.2846695944970.0382308578263-0.2998967319471.05371777991-0.305990504261-0.4831009848940.6924767783050.1760162713250.9823462583718.5080686505-28.9211405975-7.81664019494
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and resid -3:34)-3 - 341 - 38
22(chain A and resid 35:55)35 - 5539 - 59
33(chain A and resid 56:80)56 - 8060 - 74
44(chain A and resid 84:89)84 - 8975 - 80
55(chain A and resid 90:109)90 - 10981 - 100
66(chain A and resid 110:119)110 - 119101 - 110
77(chain A and resid 120:139)120 - 139111 - 130
88(chain A and resid 140:183)140 - 183131 - 174
99(chain A and resid 184:239)184 - 239175 - 230
1010(chain A and resid 240:280)240 - 280231 - 271
1111(chain A and resid 281:301)281 - 301272 - 292
1212(chain A and resid 302:307)302 - 307293 - 298
1313(chain A and resid 308:318)308 - 318299 - 309
1414(chain A and resid 319:325)319 - 325310 - 316
1515(chain A and resid 326:351)326 - 351317 - 342
1616(chain A and resid 352:382)352 - 382343 - 373
1717(chain A and resid 383:428)383 - 428374 - 419
1818(chain A and resid 429:461)429 - 461420 - 442
1919(chain A and resid 462:490)462 - 490443 - 471
2020(chain A and resid 491:495)491 - 495472 - 476

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る