PDB-8qgz: NbE201 a nanobody binding human neutrophil elastase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qgz

タイトル

NbE201 a nanobody binding human neutrophil elastase

要素

NbE201

キーワード

IMMUNE SYSTEM / nanobody / elastase / inhibitor / single-domain antibody

機能・相同性

ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Redeghieri, P. / Morales-Yanez, F. / Moray, J. / Dumoulin, M. / Kerff, F.

資金援助

ベルギー, 2件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Enzymatic, structural, and biophysical characterization of a single-domain antibody (VHH) selectively and tightly inhibiting neutrophil elastase and exhibiting favorable developability properties.
著者: Redeghieri, P. / Moray, J. / Kerff, F. / Gohy, S. / Leal, T. / Muyldermans, S. / Vanbever, R. / Morales-Yanez, F.J. / Dumoulin, M.

履歴

登録	2023年9月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qgz.cif.gz	188.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qgz.ent.gz	151.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qgz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8qgz_validation.pdf.gz	466.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qgz_full_validation.pdf.gz	470.2 KB	表示
XML形式データ	8qgz_validation.xml.gz	26.2 KB	表示
CIF形式データ	8qgz_validation.cif.gz	34.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/8qgz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/8qgz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qgxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

B: NbE201

A: NbE201

C: NbE201

D: NbE201

ヘテロ分子

57.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: NbE201

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.4 kDa, 1 ポリマー
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2

A: NbE201

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: NbE201

登録者が定義した集合体
14.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: NbE201

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	61.680, 88.680, 86.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	NbE201 分子量: 14351.014 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / Cell: B lymphocytes / プラスミド: pHEN6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: The crystals were grown at 20oC using the sitting drop vapor diffusion method. The drop contained 0.2 uL of NbE201 at a concentration of 15 mg/mL-1 and 0.2 uL of PBS buffer pH 7.4, 10 mM ...詳細: The crystals were grown at 20oC using the sitting drop vapor diffusion method. The drop contained 0.2 uL of NbE201 at a concentration of 15 mg/mL-1 and 0.2 uL of PBS buffer pH 7.4, 10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4, 137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, in a cryo-protectant solution of 0.2 M Ca Acetate, 0. 1M Na Cacodylate pH 6.5 with 18% (%v/v) polyethylene glycol 8000 et 33% (%v/v) glycerol before being frozen in liquid nitrogen.

結晶

マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.35 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: The crystals were grown at 20oC using the sitting drop vapor diffusion method. The drop contained 0.2 uL of NbE201 at a concentration of 15 mg/mL-1 and 0.2 uL of PBS buffer pH 7.4, 10 mM ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98011 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→44.35 Å / Num. obs: 43692 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 9.5 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 8.24
反射シェル	解像度: 1.8→1.85 Å / Num. unique obs: 3201 / CC_1/2: 0.626 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→44.34 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1 / 位相誤差: 29.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2543	4100	4.98 %
R_work	0.2169	-	-
obs	0.2188	43692	96.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3808	0	12	245	4065

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3958
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.884	5376
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.999	2355
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	576
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	697

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8212	0.3968	140	0.3896	2673	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8212-1.8434	0.4816	145	0.3903	2702	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8434-1.8667	0.4369	144	0.3856	2721	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8667-1.8913	0.3645	143	0.3466	2716	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8913-1.9172	0.2885	141	0.3186	2686	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9172-1.9446	0.3249	141	0.3051	2698	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9446-1.9736	0.3188	142	0.2854	2774	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9736-2.0045	0.2995	142	0.2775	2708	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0045-2.0373	0.2632	138	0.261	2684	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0373-2.0724	0.2766	138	0.2573	2702	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0724-2.1101	0.2733	145	0.2534	2721	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1101-2.1507	0.346	141	0.2475	2671	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1507-2.1946	0.2636	146	0.2484	2724	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1946-2.2423	0.2662	143	0.2313	2690	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2423-2.2945	0.2531	142	0.229	2736	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2945-2.3519	0.2737	138	0.2173	2717	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3519-2.4155	0.312	138	0.2271	2695	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4155-2.4865	0.2311	145	0.2132	2732	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4865-2.5668	0.2796	144	0.2098	2696	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5668-2.6585	0.2345	143	0.2026	2704	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6585-2.7649	0.2996	142	0.2035	2730	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7649-2.8907	0.2521	139	0.2022	2713	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8907-3.0431	0.1973	143	0.1992	2707	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0431-3.2337	0.2647	141	0.2028	2715	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2337-3.4833	0.2377	140	0.1956	2671	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4833-3.8337	0.2765	140	0.1791	2688	X-RAY DIFFRACTION	96
3.8337-4.388	0.1942	140	0.1723	2649	X-RAY DIFFRACTION	95
4.388-5.5267	0.1918	137	0.1737	2655	X-RAY DIFFRACTION	95
5.5267-44.34	0.2236	139	0.2223	2607	X-RAY DIFFRACTION	94

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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